Bonjour,

Alors, il ne s'agit pas d'un bug, mais d'une fonctionnalité. Sans rire, c'est un comportement normal. Je m'explique:

MassChroQ va quantifier un ensemble de peptides dans un ensemble de fichier mzXML. Cette définition est effectué avec les groupes. Les différents mzXML sont mis dans un groupe que l'on demande ensuite de quantifier. Que va faire MassChroQ:

1. Il liste l'ensemble des peptides identifiés dans les mzXML du groupe
2. Il va ensuite essayer d'extraire le XIC de ces peptides (couple m/z - rt) dans l'ensemble des  mzXML du groupe

De ce faite, un peptide peux être quantifé dans un échantillon sans y avoir été identifiés.  Par contre, il faut bien entendu que les mzXML qui ont été regroupés soient comparable.

Le soucis que vous observé est que le peptide n'est pas quantifié dans l'échantillon dans lequel il est identifié. Il s'gait surement d'un problème de quantification. IL faut dans ce cas regarder les paramètres de quantification afin d'affiner la détection des peaks.

J'ai vu dans le masschroqML que vous avez utilisé les paramètres par défault. Ils sont normalement pour un spectromètre Orbitrap. De plus, le nombre de peptide est assez faible ce qui peux engendrer des problèmes d'alignement. Essayer de refaire tourner masschroq en tracant le peptide en question (<peptide_traces format="tsv" output_dir="peplist_xics_traces/" peptide_ids="pep0 pep1"/> ajouter le pep19) afin de voir si il y a bien un peak...

Benoit

Bonjour à tous,

J'ai tenté une quantification à l'aide de masschroq mais je me suis rendu compte qu'il attribuait des peptides à des runs, qui ne l'avaient pas identifié et vice versa. Je m'explique.

Pour l'exemple, je n'ai utilisé que 2 runs, or j'en ai 400, mais l'erreur se produit déjà sur juste 2 runs.

Voici lien où trouver les fichiers de recherche xtandem (d'ou j'ai fait l'export masschroqml) et les résultats masschroq, ainsi que les fichiers mzxml: ftp://ftp.espci.fr/incoming/spectro/masschroq

Pour l'identification de la protéine A1Z784_DROME, j'ai identifié divers peptides sur ses 2 runs, dont le peptide AILIEDEGEQR (636.82541), qui n'apparait que sur le run G080703_0400_c_ymv, or après avoir fait tourné masschroq, il disparait pour ce run et apparait pour l'autre, le G080703_0358_c_ymv... Sur les recherches xtandem et le fichier masschroqml l'information est correct.

Avez-vous déjà rencontré ce problème?

Merci d'avance,

Iman