Task Detail
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Submitted by: Michel Zivy(mzivy) |
Permalink: https://sourcesup.renater.fr/pm/t_follow.php/4574 |
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Category: None |
Task Detail Information (JSON): application/json or text/plain |
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Percent Complete: 0% |
Priority: 3 |
Subscribe to task |
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Start Date: 2017-05-05 |
End Date: 2017-05-12 |
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Task Summary: grouping sur la base de données de séquences |
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Original Comment: Il faudrait que le grouping puisse se faire sur la base de données et non sur les peptides identifiés dans les échantillons. De cette façon, 1) les groupes correspondraient effectivement à des ensembles fonctionnels (alors qu'actuellement il y a une "sous-connectivité" qui nous empèche de dire que le nbre de groupes correspond au nombre de fonctions); 2) cela permettrait de ne pas avoir à refaire passer la moulinette xtandempipeline sur tous les échantillons chaque fois qu'on veut en ajouter un nouveau à l'expérience. De même ça permettrait de comparer des résultats obtenus dans des expériences différentes. On pourrait imaginer qu'on passe les bases de donnée d'intérêt (au hasard, maïs et arabidopsis) à la moulinette du grouping une fois pour toutes. Si ensuite on demande l'interrogation d'une de ces bases, xtandempipeline compendrait qu'il n'a plus qu'à ordonner les résultats xtandem en fction d'un grouping déjà fait. |
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Hours 20 |
Status Open |
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| Comment | Date | By |
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Je propose que l'on fasse le grouping de séquence dans un outil séparé. On a déjà l'outil en ligne de commande, le top serait de le mettre dans le futur fastamanager en C++. En effet, les 2 grouping ont leur utilité et peuvent être complémentaires : - on a besoin du grouping "peptide/masse" (X!TandemPipeline) pour éliminer la redondance et quantifier une liste de prot unique. - on a besoin du grouping de "séquences" pour avoir des références de fonctions de séquences |
2017-05-05 13:28 | olangella |
Task Change History
| Field | Old Value | Date | By |
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| assigned_to | Nobody | 2017-05-05 14:04 | olangella |
| dependent_on | 100 | 2017-05-05 14:04 | olangella |
| dependent_on | 100 | 2017-05-05 13:28 | olangella |