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1 EMULSION: Epidemiological Multi-Level Simulation framework
2 ======================
4 ![Version](https://img.shields.io/badge/version-1.0.5-f16152.svg)
5 ![License](https://img.shields.io/badge/license-Apache--2.0-8cd0c3.svg)
7 <!-- markdown-toc start - Don't edit this section. Run M-x markdown-toc-refresh-toc -->
8 **Table of Contents**
10 - [EMULSION - Quick Start](#emulsion---quick-start)
11     - [Part A - General information](#part-a---general-information)
12     - [Part B - Getting Started](#part-b---getting-started)
13     - [Part C - Content of the repository](#part-c---content-of-the-repository)
15 <!-- markdown-toc end -->
18 Part A - General information
19 ----------------------------
21 Framework EMULSION is intended for modellers in epidemiology, to help
22 them design, simulate, and revise complex mechanistic stochastic
23 models, without having to write or rewrite huge amounts of code.
25 It comes with a Domain-Specific Language to represent all components
26 of epidemiological models (assumptions, model structure, parameters…)
27 in an explicit, intelligible and revisable way, and thus facilitate
28 interactions with other scientists (biologists, veterinarians,
29 economists…) throughout the modelling process. EMULSION models are
30 automatically processed by a modular simulation engine, which, if
31 needed, can also incorporate small code add-ons for representing very
32 specific features of a model.
34 Models can use classical modelling paradigms (compartments,
35 individual-based models, metapopulations) and multiple scales (from
36 individuals to metapopulations), thanks to recent research in
37 Artificial Intelligence.
39 - **Version 1.0.5**
40 - **License:** Apache-2.0
41 - **Contributors and contact:**
42   - Sébastien Picault (`sebastien.picault@inra.fr`)
43   - Yu-Lin Huang
44   - Vianney Sicard
45   - Sandie Arnoux
46   - Gaël Beaunée
47   - Pauline Ezanno (`pauline.ezanno@inra.fr`)
48 - **How to cite:**
49   S. Picault, Y.-L. Huang, V. Sicard, P. Ezanno (2017). "Enhancing
50   Sustainability of Complex Epidemiological Models through a Generic
51   Multilevel Agent-based Approach", in: C. Sierra (ed.), _26th
52   International Joint Conference on Artificial Intelligence (IJCAI)_,
53   AAAI, p. 374-380. DOI: `10.24963/ijcai.2017/53`
55   BibTeX:
57       @InProceedings{ijcai2017-emulsion,
58         author =       {Picault, Sébastien and Huang, Yu-Lin and Sicard,
59                         Vianney and Ezanno, Pauline},
60         title =        {Enhancing Sustainability of Complex Epidemiological
61                         Models through a Generic Multilevel Agent-based
62                         Approach},
63         booktitle =    {Proceedings of the 26th International Joint
64                         Conference on Artificial Intelligence (IJCAI'2017)},
65         year =         {2017},
66         editor =       {Sierra, Carles},
67         publisher =    {AAAI},
68         pages =        {374--380},
69         DOI =          {10.24963/ijcai.2017/53},
70         ISBN =         {978-0-9992411-0-3},
71       }
73 - **Acknowledgements** This research was funded by the French Research
74  Agency (ANR) through projects MIHMES (ANR-10-BINF-07) and CADENCE
75  (ANR-16-CE32-0007-01), the European fund for the Regional Development
76  (FEDER) of Pays-de-la-Loire, and the Animal Health Division of
77  INRA. This work was also supported by the SANT'Innov project of the
78  For and On Regional Development (PSDR) French research programme,
79  which is funded by INRA, the National Research Institute of Science
80  and Technology for Environment and Agriculture (IRSTEA), and the
81  French regions of Bretagne, Pays de la Loire, Normandie and Nouvelle
82  Aquitaine.
85 Part B - Getting Started
86 ---------------------
88 Please refer to [EMULSION on-line documentation](https://sourcesup.renater.fr/emulsion-public/).
91 Part C - Content of the repository
92 ----------------------------------
94   | File name           | Role                                                          |
95   |---------------------|---------------------------------------------------------------|
96   | `README.md`         | This file |
97   | `LICENSE`         | The license |
98   | `NOTICE`         | Complements to license |
99   | `doc/`              | Location for technical report and web documentation |
100   | `models/`           | Location for models (YAML and Python files) |
101   | `models/X/outputs/` | Default location for outputs of model X |
102   | `models/X/img/`     | Default location for image files generated by model X (plots, diagrams, maps...) |
103   | `scripts/`       | Location for (shell/R) utility scripts and syntactic rules    |
104   | `src/`       | Location of EMULSION source files  |
107 -----
108 _Last update: 2019-01-30, S. Picault (`sebastien.picault@inra.fr`)_