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authorAlain <alain.bastide@univ-reunion.fr>
Wed, 17 Jun 2020 11:48:47 +0000 (15:48 +0400)
committerAlain <alain.bastide@univ-reunion.fr>
Wed, 17 Jun 2020 11:48:47 +0000 (15:48 +0400)
CMakeLists.txt [new file with mode: 0644]
LICENSE.md
docs/Doxyfile.in [new file with mode: 0644]
docs/test.txt [new file with mode: 0644]
docs/test.vtk [new file with mode: 0644]
src/main_2019.c [new file with mode: 0644]
src/mmd.h [new file with mode: 0644]
src/tensor.c [new file with mode: 0644]
src/tensor.h [new file with mode: 0644]

diff --git a/CMakeLists.txt b/CMakeLists.txt
new file mode 100644 (file)
index 0000000..f2443f7
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,67 @@
+cmake_minimum_required(VERSION 2.8)
+
+## #include(optimizeArch.cmake)
+
+project(MMD_1_03_2020)
+file(GLOB SRC_FILES ${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/*.c  ${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/*.cpp)
+
+if(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
+  set(CMAKE_BUILD_TYPE Release)
+endif()
+
+set(CMAKE_C_FLAGS "-Wall -Wextra")
+set(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG "-g -DDEBUG -march=skylake     -mtune=skylake")
+set(CMAKE_C_FLAGS_RELEASE "-O3 -DNDEBUG -march=skylake         -mtune=skylake")
+
+if(CMAKE_BUILD_TYPE EQUAL "DEBUGRelease")
+    set(CMAKE_C_FLAGS_RELEASE "-g -DNDEBUG -march=skylake      -mtune=skylake")
+endif()
+
+#OptimizeForArchitecture()
+
+set (VTK_DIR "/usr/include/vtk-7.1")
+
+find_package(VTK REQUIRED)
+find_package(VTK COMPONENTS
+  vtkCommonCore
+  vtkCommonDataModel
+  vtkIOLegacy QUIET)
+include(${VTK_USE_FILE})
+IF(VTK_FOUND)
+  message("found VTK. Version:" ${VTK_VERSION}. VTK_DIR: ${VTK_DIR})
+ELSE(VTK_FOUND)
+  MESSAGE(FATAL_ERROR
+    "Cannot build the executable without VTK. Please set the VTK_DIR")
+ENDIF(VTK_FOUND)
+
+add_executable(${PROJECT_NAME} ${SRC_FILES})
+target_link_libraries(${PROJECT_NAME} m)
+
+message("CXXFLAGS:" ${CMAKE_CXX_FLAGS})
+message("CFLAGS  :" ${CMAKE_C_FLAGS})
+
+
+
+## first we can indicate the documentation build as an option and set it to ON by default
+#option(BUILD_DOC "Build documentation" ON)
+
+## check if Doxygen is installed
+#find_package(Doxygen)
+#if (DOXYGEN_FOUND)
+#    # set input and output files
+#    set(DOXYGEN_IN ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/docs/Doxyfile.in)
+#    set(DOXYGEN_OUT ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/Doxyfile)
+
+#    # request to configure the file
+#    configure_file(${DOXYGEN_IN} ${DOXYGEN_OUT} @ONLY)
+#    message("Doxygen build started")
+
+#    # note the option ALL which allows to build the docs together with the application
+#    add_custom_target( doc_doxygen ALL
+#        COMMAND ${DOXYGEN_EXECUTABLE} ${DOXYGEN_OUT}
+#        WORKING_DIRECTORY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
+#        COMMENT "Generating API documentation with Doxygen"
+#        VERBATIM )
+#else (DOXYGEN_FOUND)
+#  message("Doxygen need to be installed to generate the doxygen documentation")
+#endif (DOXYGEN_FOUND)
index 6968a92..86aef60 100644 (file)
@@ -1,2 +1,2 @@
 
-Copyright (C) 2020 Alain
+Copyright (C) 2019-2020 Alain Bastide
diff --git a/docs/Doxyfile.in b/docs/Doxyfile.in
new file mode 100644 (file)
index 0000000..6102d49
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,2310 @@
+# Doxyfile 1.8.7
+
+# This file describes the settings to be used by the documentation system
+# doxygen (www.doxygen.org) for a project.
+#
+# All text after a double hash (##) is considered a comment and is placed in
+# front of the TAG it is preceding.
+#
+# All text after a single hash (#) is considered a comment and will be ignored.
+# The format is:
+# TAG = value [value, ...]
+# For lists, items can also be appended using:
+# TAG += value [value, ...]
+# Values that contain spaces should be placed between quotes (\" \").
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Project related configuration options
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# This tag specifies the encoding used for all characters in the config file
+# that follow. The default is UTF-8 which is also the encoding used for all text
+# before the first occurrence of this tag. Doxygen uses libiconv (or the iconv
+# built into libc) for the transcoding. See http://www.gnu.org/software/libiconv
+# for the list of possible encodings.
+# The default value is: UTF-8.
+
+DOXYFILE_ENCODING      = UTF-8
+
+# The PROJECT_NAME tag is a single word (or a sequence of words surrounded by
+# double-quotes, unless you are using Doxywizard) that should identify the
+# project for which the documentation is generated. This name is used in the
+# title of most generated pages and in a few other places.
+# The default value is: My Project.
+
+PROJECT_NAME           = "MMD"
+
+# The PROJECT_NUMBER tag can be used to enter a project or revision number. This
+# could be handy for archiving the generated documentation or if some version
+# control system is used.
+
+PROJECT_NUMBER         = 0.0.1
+
+# Using the PROJECT_BRIEF tag one can provide an optional one line description
+# for a project that appears at the top of each page and should give viewer a
+# quick idea about the purpose of the project. Keep the description short.
+
+PROJECT_BRIEF          =
+
+# With the PROJECT_LOGO tag one can specify an logo or icon that is included in
+# the documentation. The maximum height of the logo should not exceed 55 pixels
+# and the maximum width should not exceed 200 pixels. Doxygen will copy the logo
+# to the output directory.
+
+PROJECT_LOGO           =
+
+# The OUTPUT_DIRECTORY tag is used to specify the (relative or absolute) path
+# into which the generated documentation will be written. If a relative path is
+# entered, it will be relative to the location where doxygen was started. If
+# left blank the current directory will be used.
+
+OUTPUT_DIRECTORY       = @CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR@/doc_doxygen/
+
+# If the CREATE_SUBDIRS tag is set to YES, then doxygen will create 4096 sub-
+# directories (in 2 levels) under the output directory of each output format and
+# will distribute the generated files over these directories. Enabling this
+# option can be useful when feeding doxygen a huge amount of source files, where
+# putting all generated files in the same directory would otherwise causes
+# performance problems for the file system.
+# The default value is: NO.
+
+CREATE_SUBDIRS         = NO
+
+# If the ALLOW_UNICODE_NAMES tag is set to YES, doxygen will allow non-ASCII
+# characters to appear in the names of generated files. If set to NO, non-ASCII
+# characters will be escaped, for example _xE3_x81_x84 will be used for Unicode
+# U+3044.
+# The default value is: NO.
+
+ALLOW_UNICODE_NAMES    = NO
+
+# The OUTPUT_LANGUAGE tag is used to specify the language in which all
+# documentation generated by doxygen is written. Doxygen will use this
+# information to generate all constant output in the proper language.
+# Possible values are: Afrikaans, Arabic, Armenian, Brazilian, Catalan, Chinese,
+# Chinese-Traditional, Croatian, Czech, Danish, Dutch, English (United States),
+# Esperanto, Farsi (Persian), Finnish, French, German, Greek, Hungarian,
+# Indonesian, Italian, Japanese, Japanese-en (Japanese with English messages),
+# Korean, Korean-en (Korean with English messages), Latvian, Lithuanian,
+# Macedonian, Norwegian, Persian (Farsi), Polish, Portuguese, Romanian, Russian,
+# Serbian, Serbian-Cyrillic, Slovak, Slovene, Spanish, Swedish, Turkish,
+# Ukrainian and Vietnamese.
+# The default value is: English.
+
+OUTPUT_LANGUAGE        = English
+
+# If the BRIEF_MEMBER_DESC tag is set to YES doxygen will include brief member
+# descriptions after the members that are listed in the file and class
+# documentation (similar to Javadoc). Set to NO to disable this.
+# The default value is: YES.
+
+BRIEF_MEMBER_DESC      = YES
+
+# If the REPEAT_BRIEF tag is set to YES doxygen will prepend the brief
+# description of a member or function before the detailed description
+#
+# Note: If both HIDE_UNDOC_MEMBERS and BRIEF_MEMBER_DESC are set to NO, the
+# brief descriptions will be completely suppressed.
+# The default value is: YES.
+
+REPEAT_BRIEF           = YES
+
+# This tag implements a quasi-intelligent brief description abbreviator that is
+# used to form the text in various listings. Each string in this list, if found
+# as the leading text of the brief description, will be stripped from the text
+# and the result, after processing the whole list, is used as the annotated
+# text. Otherwise, the brief description is used as-is. If left blank, the
+# following values are used ($name is automatically replaced with the name of
+# the entity):The $name class, The $name widget, The $name file, is, provides,
+# specifies, contains, represents, a, an and the.
+
+ABBREVIATE_BRIEF       =
+
+# If the ALWAYS_DETAILED_SEC and REPEAT_BRIEF tags are both set to YES then
+# doxygen will generate a detailed section even if there is only a brief
+# description.
+# The default value is: NO.
+
+ALWAYS_DETAILED_SEC    = NO
+
+# If the INLINE_INHERITED_MEMB tag is set to YES, doxygen will show all
+# inherited members of a class in the documentation of that class as if those
+# members were ordinary class members. Constructors, destructors and assignment
+# operators of the base classes will not be shown.
+# The default value is: NO.
+
+INLINE_INHERITED_MEMB  = NO
+
+# If the FULL_PATH_NAMES tag is set to YES doxygen will prepend the full path
+# before files name in the file list and in the header files. If set to NO the
+# shortest path that makes the file name unique will be used
+# The default value is: YES.
+
+FULL_PATH_NAMES        = YES
+
+# The STRIP_FROM_PATH tag can be used to strip a user-defined part of the path.
+# Stripping is only done if one of the specified strings matches the left-hand
+# part of the path. The tag can be used to show relative paths in the file list.
+# If left blank the directory from which doxygen is run is used as the path to
+# strip.
+#
+# Note that you can specify absolute paths here, but also relative paths, which
+# will be relative from the directory where doxygen is started.
+# This tag requires that the tag FULL_PATH_NAMES is set to YES.
+
+STRIP_FROM_PATH        =
+
+# The STRIP_FROM_INC_PATH tag can be used to strip a user-defined part of the
+# path mentioned in the documentation of a class, which tells the reader which
+# header file to include in order to use a class. If left blank only the name of
+# the header file containing the class definition is used. Otherwise one should
+# specify the list of include paths that are normally passed to the compiler
+# using the -I flag.
+
+STRIP_FROM_INC_PATH    =
+
+# If the SHORT_NAMES tag is set to YES, doxygen will generate much shorter (but
+# less readable) file names. This can be useful is your file systems doesn't
+# support long names like on DOS, Mac, or CD-ROM.
+# The default value is: NO.
+
+SHORT_NAMES            = NO
+
+# If the JAVADOC_AUTOBRIEF tag is set to YES then doxygen will interpret the
+# first line (until the first dot) of a Javadoc-style comment as the brief
+# description. If set to NO, the Javadoc-style will behave just like regular Qt-
+# style comments (thus requiring an explicit @brief command for a brief
+# description.)
+# The default value is: NO.
+
+JAVADOC_AUTOBRIEF      = NO
+
+# If the QT_AUTOBRIEF tag is set to YES then doxygen will interpret the first
+# line (until the first dot) of a Qt-style comment as the brief description. If
+# set to NO, the Qt-style will behave just like regular Qt-style comments (thus
+# requiring an explicit \brief command for a brief description.)
+# The default value is: NO.
+
+QT_AUTOBRIEF           = NO
+
+# The MULTILINE_CPP_IS_BRIEF tag can be set to YES to make doxygen treat a
+# multi-line C++ special comment block (i.e. a block of //! or /// comments) as
+# a brief description. This used to be the default behavior. The new default is
+# to treat a multi-line C++ comment block as a detailed description. Set this
+# tag to YES if you prefer the old behavior instead.
+#
+# Note that setting this tag to YES also means that rational rose comments are
+# not recognized any more.
+# The default value is: NO.
+
+MULTILINE_CPP_IS_BRIEF = NO
+
+# If the INHERIT_DOCS tag is set to YES then an undocumented member inherits the
+# documentation from any documented member that it re-implements.
+# The default value is: YES.
+
+INHERIT_DOCS           = YES
+
+# If the SEPARATE_MEMBER_PAGES tag is set to YES, then doxygen will produce a
+# new page for each member. If set to NO, the documentation of a member will be
+# part of the file/class/namespace that contains it.
+# The default value is: NO.
+
+SEPARATE_MEMBER_PAGES  = NO
+
+# The TAB_SIZE tag can be used to set the number of spaces in a tab. Doxygen
+# uses this value to replace tabs by spaces in code fragments.
+# Minimum value: 1, maximum value: 16, default value: 4.
+
+TAB_SIZE               = 4
+
+# This tag can be used to specify a number of aliases that act as commands in
+# the documentation. An alias has the form:
+# name=value
+# For example adding
+# "sideeffect=@par Side Effects:\n"
+# will allow you to put the command \sideeffect (or @sideeffect) in the
+# documentation, which will result in a user-defined paragraph with heading
+# "Side Effects:". You can put \n's in the value part of an alias to insert
+# newlines.
+
+ALIASES                =
+
+# This tag can be used to specify a number of word-keyword mappings (TCL only).
+# A mapping has the form "name=value". For example adding "class=itcl::class"
+# will allow you to use the command class in the itcl::class meaning.
+
+TCL_SUBST              =
+
+# Set the OPTIMIZE_OUTPUT_FOR_C tag to YES if your project consists of C sources
+# only. Doxygen will then generate output that is more tailored for C. For
+# instance, some of the names that are used will be different. The list of all
+# members will be omitted, etc.
+# The default value is: NO.
+
+OPTIMIZE_OUTPUT_FOR_C  = YES
+
+# Set the OPTIMIZE_OUTPUT_JAVA tag to YES if your project consists of Java or
+# Python sources only. Doxygen will then generate output that is more tailored
+# for that language. For instance, namespaces will be presented as packages,
+# qualified scopes will look different, etc.
+# The default value is: NO.
+
+OPTIMIZE_OUTPUT_JAVA   = NO
+
+# Set the OPTIMIZE_FOR_FORTRAN tag to YES if your project consists of Fortran
+# sources. Doxygen will then generate output that is tailored for Fortran.
+# The default value is: NO.
+
+OPTIMIZE_FOR_FORTRAN   = NO
+
+# Set the OPTIMIZE_OUTPUT_VHDL tag to YES if your project consists of VHDL
+# sources. Doxygen will then generate output that is tailored for VHDL.
+# The default value is: NO.
+
+OPTIMIZE_OUTPUT_VHDL   = NO
+
+# Doxygen selects the parser to use depending on the extension of the files it
+# parses. With this tag you can assign which parser to use for a given
+# extension. Doxygen has a built-in mapping, but you can override or extend it
+# using this tag. The format is ext=language, where ext is a file extension, and
+# language is one of the parsers supported by doxygen: IDL, Java, Javascript,
+# C#, C, C++, D, PHP, Objective-C, Python, Fortran (fixed format Fortran:
+# FortranFixed, free formatted Fortran: FortranFree, unknown formatted Fortran:
+# Fortran. In the later case the parser tries to guess whether the code is fixed
+# or free formatted code, this is the default for Fortran type files), VHDL. For
+# instance to make doxygen treat .inc files as Fortran files (default is PHP),
+# and .f files as C (default is Fortran), use: inc=Fortran f=C.
+#
+# Note For files without extension you can use no_extension as a placeholder.
+#
+# Note that for custom extensions you also need to set FILE_PATTERNS otherwise
+# the files are not read by doxygen.
+
+EXTENSION_MAPPING      =
+
+# If the MARKDOWN_SUPPORT tag is enabled then doxygen pre-processes all comments
+# according to the Markdown format, which allows for more readable
+# documentation. See http://daringfireball.net/projects/markdown/ for details.
+# The output of markdown processing is further processed by doxygen, so you can
+# mix doxygen, HTML, and XML commands with Markdown formatting. Disable only in
+# case of backward compatibilities issues.
+# The default value is: YES.
+
+MARKDOWN_SUPPORT       = YES
+
+# When enabled doxygen tries to link words that correspond to documented
+# classes, or namespaces to their corresponding documentation. Such a link can
+# be prevented in individual cases by by putting a % sign in front of the word
+# or globally by setting AUTOLINK_SUPPORT to NO.
+# The default value is: YES.
+
+AUTOLINK_SUPPORT       = YES
+
+# If you use STL classes (i.e. std::string, std::vector, etc.) but do not want
+# to include (a tag file for) the STL sources as input, then you should set this
+# tag to YES in order to let doxygen match functions declarations and
+# definitions whose arguments contain STL classes (e.g. func(std::string);
+# versus func(std::string) {}). This also make the inheritance and collaboration
+# diagrams that involve STL classes more complete and accurate.
+# The default value is: NO.
+
+BUILTIN_STL_SUPPORT    = YES
+
+# If you use Microsoft's C++/CLI language, you should set this option to YES to
+# enable parsing support.
+# The default value is: NO.
+
+CPP_CLI_SUPPORT        = NO
+
+# Set the SIP_SUPPORT tag to YES if your project consists of sip (see:
+# http://www.riverbankcomputing.co.uk/software/sip/intro) sources only. Doxygen
+# will parse them like normal C++ but will assume all classes use public instead
+# of private inheritance when no explicit protection keyword is present.
+# The default value is: NO.
+
+SIP_SUPPORT            = NO
+
+# For Microsoft's IDL there are propget and propput attributes to indicate
+# getter and setter methods for a property. Setting this option to YES will make
+# doxygen to replace the get and set methods by a property in the documentation.
+# This will only work if the methods are indeed getting or setting a simple
+# type. If this is not the case, or you want to show the methods anyway, you
+# should set this option to NO.
+# The default value is: YES.
+
+IDL_PROPERTY_SUPPORT   = YES
+
+# If member grouping is used in the documentation and the DISTRIBUTE_GROUP_DOC
+# tag is set to YES, then doxygen will reuse the documentation of the first
+# member in the group (if any) for the other members of the group. By default
+# all members of a group must be documented explicitly.
+# The default value is: NO.
+
+DISTRIBUTE_GROUP_DOC   = NO
+
+# Set the SUBGROUPING tag to YES to allow class member groups of the same type
+# (for instance a group of public functions) to be put as a subgroup of that
+# type (e.g. under the Public Functions section). Set it to NO to prevent
+# subgrouping. Alternatively, this can be done per class using the
+# \nosubgrouping command.
+# The default value is: YES.
+
+SUBGROUPING            = YES
+
+# When the INLINE_GROUPED_CLASSES tag is set to YES, classes, structs and unions
+# are shown inside the group in which they are included (e.g. using \ingroup)
+# instead of on a separate page (for HTML and Man pages) or section (for LaTeX
+# and RTF).
+#
+# Note that this feature does not work in combination with
+# SEPARATE_MEMBER_PAGES.
+# The default value is: NO.
+
+INLINE_GROUPED_CLASSES = NO
+
+# When the INLINE_SIMPLE_STRUCTS tag is set to YES, structs, classes, and unions
+# with only public data fields or simple typedef fields will be shown inline in
+# the documentation of the scope in which they are defined (i.e. file,
+# namespace, or group documentation), provided this scope is documented. If set
+# to NO, structs, classes, and unions are shown on a separate page (for HTML and
+# Man pages) or section (for LaTeX and RTF).
+# The default value is: NO.
+
+INLINE_SIMPLE_STRUCTS  = NO
+
+# When TYPEDEF_HIDES_STRUCT tag is enabled, a typedef of a struct, union, or
+# enum is documented as struct, union, or enum with the name of the typedef. So
+# typedef struct TypeS {} TypeT, will appear in the documentation as a struct
+# with name TypeT. When disabled the typedef will appear as a member of a file,
+# namespace, or class. And the struct will be named TypeS. This can typically be
+# useful for C code in case the coding convention dictates that all compound
+# types are typedef'ed and only the typedef is referenced, never the tag name.
+# The default value is: NO.
+
+TYPEDEF_HIDES_STRUCT   = NO
+
+# The size of the symbol lookup cache can be set using LOOKUP_CACHE_SIZE. This
+# cache is used to resolve symbols given their name and scope. Since this can be
+# an expensive process and often the same symbol appears multiple times in the
+# code, doxygen keeps a cache of pre-resolved symbols. If the cache is too small
+# doxygen will become slower. If the cache is too large, memory is wasted. The
+# cache size is given by this formula: 2^(16+LOOKUP_CACHE_SIZE). The valid range
+# is 0..9, the default is 0, corresponding to a cache size of 2^16=65536
+# symbols. At the end of a run doxygen will report the cache usage and suggest
+# the optimal cache size from a speed point of view.
+# Minimum value: 0, maximum value: 9, default value: 0.
+
+LOOKUP_CACHE_SIZE      = 0
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Build related configuration options
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the EXTRACT_ALL tag is set to YES doxygen will assume all entities in
+# documentation are documented, even if no documentation was available. Private
+# class members and static file members will be hidden unless the
+# EXTRACT_PRIVATE respectively EXTRACT_STATIC tags are set to YES.
+# Note: This will also disable the warnings about undocumented members that are
+# normally produced when WARNINGS is set to YES.
+# The default value is: NO.
+
+EXTRACT_ALL            = YES
+
+# If the EXTRACT_PRIVATE tag is set to YES all private members of a class will
+# be included in the documentation.
+# The default value is: NO.
+
+EXTRACT_PRIVATE        = YES
+
+# If the EXTRACT_PACKAGE tag is set to YES all members with package or internal
+# scope will be included in the documentation.
+# The default value is: NO.
+
+EXTRACT_PACKAGE        = NO
+
+# If the EXTRACT_STATIC tag is set to YES all static members of a file will be
+# included in the documentation.
+# The default value is: NO.
+
+EXTRACT_STATIC         = YES
+
+# If the EXTRACT_LOCAL_CLASSES tag is set to YES classes (and structs) defined
+# locally in source files will be included in the documentation. If set to NO
+# only classes defined in header files are included. Does not have any effect
+# for Java sources.
+# The default value is: YES.
+
+EXTRACT_LOCAL_CLASSES  = YES
+
+# This flag is only useful for Objective-C code. When set to YES local methods,
+# which are defined in the implementation section but not in the interface are
+# included in the documentation. If set to NO only methods in the interface are
+# included.
+# The default value is: NO.
+
+EXTRACT_LOCAL_METHODS  = NO
+
+# If this flag is set to YES, the members of anonymous namespaces will be
+# extracted and appear in the documentation as a namespace called
+# 'anonymous_namespace{file}', where file will be replaced with the base name of
+# the file that contains the anonymous namespace. By default anonymous namespace
+# are hidden.
+# The default value is: NO.
+
+EXTRACT_ANON_NSPACES   = YES
+
+# If the HIDE_UNDOC_MEMBERS tag is set to YES, doxygen will hide all
+# undocumented members inside documented classes or files. If set to NO these
+# members will be included in the various overviews, but no documentation
+# section is generated. This option has no effect if EXTRACT_ALL is enabled.
+# The default value is: NO.
+
+HIDE_UNDOC_MEMBERS     = NO
+
+# If the HIDE_UNDOC_CLASSES tag is set to YES, doxygen will hide all
+# undocumented classes that are normally visible in the class hierarchy. If set
+# to NO these classes will be included in the various overviews. This option has
+# no effect if EXTRACT_ALL is enabled.
+# The default value is: NO.
+
+HIDE_UNDOC_CLASSES     = NO
+
+# If the HIDE_FRIEND_COMPOUNDS tag is set to YES, doxygen will hide all friend
+# (class|struct|union) declarations. If set to NO these declarations will be
+# included in the documentation.
+# The default value is: NO.
+
+HIDE_FRIEND_COMPOUNDS  = NO
+
+# If the HIDE_IN_BODY_DOCS tag is set to YES, doxygen will hide any
+# documentation blocks found inside the body of a function. If set to NO these
+# blocks will be appended to the function's detailed documentation block.
+# The default value is: NO.
+
+HIDE_IN_BODY_DOCS      = NO
+
+# The INTERNAL_DOCS tag determines if documentation that is typed after a
+# \internal command is included. If the tag is set to NO then the documentation
+# will be excluded. Set it to YES to include the internal documentation.
+# The default value is: NO.
+
+INTERNAL_DOCS          = NO
+
+# If the CASE_SENSE_NAMES tag is set to NO then doxygen will only generate file
+# names in lower-case letters. If set to YES upper-case letters are also
+# allowed. This is useful if you have classes or files whose names only differ
+# in case and if your file system supports case sensitive file names. Windows
+# and Mac users are advised to set this option to NO.
+# The default value is: system dependent.
+
+CASE_SENSE_NAMES       = NO
+
+# If the HIDE_SCOPE_NAMES tag is set to NO then doxygen will show members with
+# their full class and namespace scopes in the documentation. If set to YES the
+# scope will be hidden.
+# The default value is: NO.
+
+HIDE_SCOPE_NAMES       = NO
+
+# If the SHOW_INCLUDE_FILES tag is set to YES then doxygen will put a list of
+# the files that are included by a file in the documentation of that file.
+# The default value is: YES.
+
+SHOW_INCLUDE_FILES     = YES
+
+# If the SHOW_GROUPED_MEMB_INC tag is set to YES then Doxygen will add for each
+# grouped member an include statement to the documentation, telling the reader
+# which file to include in order to use the member.
+# The default value is: NO.
+
+SHOW_GROUPED_MEMB_INC  = NO
+
+# If the FORCE_LOCAL_INCLUDES tag is set to YES then doxygen will list include
+# files with double quotes in the documentation rather than with sharp brackets.
+# The default value is: NO.
+
+FORCE_LOCAL_INCLUDES   = NO
+
+# If the INLINE_INFO tag is set to YES then a tag [inline] is inserted in the
+# documentation for inline members.
+# The default value is: YES.
+
+INLINE_INFO            = YES
+
+# If the SORT_MEMBER_DOCS tag is set to YES then doxygen will sort the
+# (detailed) documentation of file and class members alphabetically by member
+# name. If set to NO the members will appear in declaration order.
+# The default value is: YES.
+
+SORT_MEMBER_DOCS       = YES
+
+# If the SORT_BRIEF_DOCS tag is set to YES then doxygen will sort the brief
+# descriptions of file, namespace and class members alphabetically by member
+# name. If set to NO the members will appear in declaration order. Note that
+# this will also influence the order of the classes in the class list.
+# The default value is: NO.
+
+SORT_BRIEF_DOCS        = NO
+
+# If the SORT_MEMBERS_CTORS_1ST tag is set to YES then doxygen will sort the
+# (brief and detailed) documentation of class members so that constructors and
+# destructors are listed first. If set to NO the constructors will appear in the
+# respective orders defined by SORT_BRIEF_DOCS and SORT_MEMBER_DOCS.
+# Note: If SORT_BRIEF_DOCS is set to NO this option is ignored for sorting brief
+# member documentation.
+# Note: If SORT_MEMBER_DOCS is set to NO this option is ignored for sorting
+# detailed member documentation.
+# The default value is: NO.
+
+SORT_MEMBERS_CTORS_1ST = NO
+
+# If the SORT_GROUP_NAMES tag is set to YES then doxygen will sort the hierarchy
+# of group names into alphabetical order. If set to NO the group names will
+# appear in their defined order.
+# The default value is: NO.
+
+SORT_GROUP_NAMES       = NO
+
+# If the SORT_BY_SCOPE_NAME tag is set to YES, the class list will be sorted by
+# fully-qualified names, including namespaces. If set to NO, the class list will
+# be sorted only by class name, not including the namespace part.
+# Note: This option is not very useful if HIDE_SCOPE_NAMES is set to YES.
+# Note: This option applies only to the class list, not to the alphabetical
+# list.
+# The default value is: NO.
+
+SORT_BY_SCOPE_NAME     = NO
+
+# If the STRICT_PROTO_MATCHING option is enabled and doxygen fails to do proper
+# type resolution of all parameters of a function it will reject a match between
+# the prototype and the implementation of a member function even if there is
+# only one candidate or it is obvious which candidate to choose by doing a
+# simple string match. By disabling STRICT_PROTO_MATCHING doxygen will still
+# accept a match between prototype and implementation in such cases.
+# The default value is: NO.
+
+STRICT_PROTO_MATCHING  = NO
+
+# The GENERATE_TODOLIST tag can be used to enable ( YES) or disable ( NO) the
+# todo list. This list is created by putting \todo commands in the
+# documentation.
+# The default value is: YES.
+
+GENERATE_TODOLIST      = YES
+
+# The GENERATE_TESTLIST tag can be used to enable ( YES) or disable ( NO) the
+# test list. This list is created by putting \test commands in the
+# documentation.
+# The default value is: YES.
+
+GENERATE_TESTLIST      = YES
+
+# The GENERATE_BUGLIST tag can be used to enable ( YES) or disable ( NO) the bug
+# list. This list is created by putting \bug commands in the documentation.
+# The default value is: YES.
+
+GENERATE_BUGLIST       = YES
+
+# The GENERATE_DEPRECATEDLIST tag can be used to enable ( YES) or disable ( NO)
+# the deprecated list. This list is created by putting \deprecated commands in
+# the documentation.
+# The default value is: YES.
+
+GENERATE_DEPRECATEDLIST= YES
+
+# The ENABLED_SECTIONS tag can be used to enable conditional documentation
+# sections, marked by \if <section_label> ... \endif and \cond <section_label>
+# ... \endcond blocks.
+
+ENABLED_SECTIONS       =
+
+# The MAX_INITIALIZER_LINES tag determines the maximum number of lines that the
+# initial value of a variable or macro / define can have for it to appear in the
+# documentation. If the initializer consists of more lines than specified here
+# it will be hidden. Use a value of 0 to hide initializers completely. The
+# appearance of the value of individual variables and macros / defines can be
+# controlled using \showinitializer or \hideinitializer command in the
+# documentation regardless of this setting.
+# Minimum value: 0, maximum value: 10000, default value: 30.
+
+MAX_INITIALIZER_LINES  = 30
+
+# Set the SHOW_USED_FILES tag to NO to disable the list of files generated at
+# the bottom of the documentation of classes and structs. If set to YES the list
+# will mention the files that were used to generate the documentation.
+# The default value is: YES.
+
+SHOW_USED_FILES        = YES
+
+# Set the SHOW_FILES tag to NO to disable the generation of the Files page. This
+# will remove the Files entry from the Quick Index and from the Folder Tree View
+# (if specified).
+# The default value is: YES.
+
+SHOW_FILES             = YES
+
+# Set the SHOW_NAMESPACES tag to NO to disable the generation of the Namespaces
+# page. This will remove the Namespaces entry from the Quick Index and from the
+# Folder Tree View (if specified).
+# The default value is: YES.
+
+SHOW_NAMESPACES        = YES
+
+# The FILE_VERSION_FILTER tag can be used to specify a program or script that
+# doxygen should invoke to get the current version for each file (typically from
+# the version control system). Doxygen will invoke the program by executing (via
+# popen()) the command command input-file, where command is the value of the
+# FILE_VERSION_FILTER tag, and input-file is the name of an input file provided
+# by doxygen. Whatever the program writes to standard output is used as the file
+# version. For an example see the documentation.
+
+FILE_VERSION_FILTER    =
+
+# The LAYOUT_FILE tag can be used to specify a layout file which will be parsed
+# by doxygen. The layout file controls the global structure of the generated
+# output files in an output format independent way. To create the layout file
+# that represents doxygen's defaults, run doxygen with the -l option. You can
+# optionally specify a file name after the option, if omitted DoxygenLayout.xml
+# will be used as the name of the layout file.
+#
+# Note that if you run doxygen from a directory containing a file called
+# DoxygenLayout.xml, doxygen will parse it automatically even if the LAYOUT_FILE
+# tag is left empty.
+
+LAYOUT_FILE            =
+
+# The CITE_BIB_FILES tag can be used to specify one or more bib files containing
+# the reference definitions. This must be a list of .bib files. The .bib
+# extension is automatically appended if omitted. This requires the bibtex tool
+# to be installed. See also http://en.wikipedia.org/wiki/BibTeX for more info.
+# For LaTeX the style of the bibliography can be controlled using
+# LATEX_BIB_STYLE. To use this feature you need bibtex and perl available in the
+# search path. Do not use file names with spaces, bibtex cannot handle them. See
+# also \cite for info how to create references.
+
+CITE_BIB_FILES         =
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Configuration options related to warning and progress messages
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# The QUIET tag can be used to turn on/off the messages that are generated to
+# standard output by doxygen. If QUIET is set to YES this implies that the
+# messages are off.
+# The default value is: NO.
+
+QUIET                  = NO
+
+# The WARNINGS tag can be used to turn on/off the warning messages that are
+# generated to standard error ( stderr) by doxygen. If WARNINGS is set to YES
+# this implies that the warnings are on.
+#
+# Tip: Turn warnings on while writing the documentation.
+# The default value is: YES.
+
+WARNINGS               = YES
+
+# If the WARN_IF_UNDOCUMENTED tag is set to YES, then doxygen will generate
+# warnings for undocumented members. If EXTRACT_ALL is set to YES then this flag
+# will automatically be disabled.
+# The default value is: YES.
+
+WARN_IF_UNDOCUMENTED   = YES
+
+# If the WARN_IF_DOC_ERROR tag is set to YES, doxygen will generate warnings for
+# potential errors in the documentation, such as not documenting some parameters
+# in a documented function, or documenting parameters that don't exist or using
+# markup commands wrongly.
+# The default value is: YES.
+
+WARN_IF_DOC_ERROR      = YES
+
+# This WARN_NO_PARAMDOC option can be enabled to get warnings for functions that
+# are documented, but have no documentation for their parameters or return
+# value. If set to NO doxygen will only warn about wrong or incomplete parameter
+# documentation, but not about the absence of documentation.
+# The default value is: NO.
+
+WARN_NO_PARAMDOC       = NO
+
+# The WARN_FORMAT tag determines the format of the warning messages that doxygen
+# can produce. The string should contain the $file, $line, and $text tags, which
+# will be replaced by the file and line number from which the warning originated
+# and the warning text. Optionally the format may contain $version, which will
+# be replaced by the version of the file (if it could be obtained via
+# FILE_VERSION_FILTER)
+# The default value is: $file:$line: $text.
+
+WARN_FORMAT            = "$file:$line: $text"
+
+# The WARN_LOGFILE tag can be used to specify a file to which warning and error
+# messages should be written. If left blank the output is written to standard
+# error (stderr).
+
+WARN_LOGFILE           =
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Configuration options related to the input files
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# The INPUT tag is used to specify the files and/or directories that contain
+# documented source files. You may enter file names like myfile.cpp or
+# directories like /usr/src/myproject. Separate the files or directories with
+# spaces.
+# Note: If this tag is empty the current directory is searched.
+
+INPUT                  = @CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR@/src/ @CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR@/docs
+
+# This tag can be used to specify the character encoding of the source files
+# that doxygen parses. Internally doxygen uses the UTF-8 encoding. Doxygen uses
+# libiconv (or the iconv built into libc) for the transcoding. See the libiconv
+# documentation (see: http://www.gnu.org/software/libiconv) for the list of
+# possible encodings.
+# The default value is: UTF-8.
+
+INPUT_ENCODING         = UTF-8
+
+# If the value of the INPUT tag contains directories, you can use the
+# FILE_PATTERNS tag to specify one or more wildcard patterns (like *.cpp and
+# *.h) to filter out the source-files in the directories. If left blank the
+# following patterns are tested:*.c, *.cc, *.cxx, *.cpp, *.c++, *.java, *.ii,
+# *.ixx, *.ipp, *.i++, *.inl, *.idl, *.ddl, *.odl, *.h, *.hh, *.hxx, *.hpp,
+# *.h++, *.cs, *.d, *.php, *.php4, *.php5, *.phtml, *.inc, *.m, *.markdown,
+# *.md, *.mm, *.dox, *.py, *.f90, *.f, *.for, *.tcl, *.vhd, *.vhdl, *.ucf,
+# *.qsf, *.as and *.js.
+
+FILE_PATTERNS          =
+
+# The RECURSIVE tag can be used to specify whether or not subdirectories should
+# be searched for input files as well.
+# The default value is: NO.
+
+RECURSIVE              = YES
+
+# The EXCLUDE tag can be used to specify files and/or directories that should be
+# excluded from the INPUT source files. This way you can easily exclude a
+# subdirectory from a directory tree whose root is specified with the INPUT tag.
+#
+# Note that relative paths are relative to the directory from which doxygen is
+# run.
+
+EXCLUDE                =
+
+# The EXCLUDE_SYMLINKS tag can be used to select whether or not files or
+# directories that are symbolic links (a Unix file system feature) are excluded
+# from the input.
+# The default value is: NO.
+
+EXCLUDE_SYMLINKS       = NO
+
+# If the value of the INPUT tag contains directories, you can use the
+# EXCLUDE_PATTERNS tag to specify one or more wildcard patterns to exclude
+# certain files from those directories.
+#
+# Note that the wildcards are matched against the file with absolute path, so to
+# exclude all test directories for example use the pattern */test/*
+
+EXCLUDE_PATTERNS       =
+
+# The EXCLUDE_SYMBOLS tag can be used to specify one or more symbol names
+# (namespaces, classes, functions, etc.) that should be excluded from the
+# output. The symbol name can be a fully qualified name, a word, or if the
+# wildcard * is used, a substring. Examples: ANamespace, AClass,
+# AClass::ANamespace, ANamespace::*Test
+#
+# Note that the wildcards are matched against the file with absolute path, so to
+# exclude all test directories use the pattern */test/*
+
+EXCLUDE_SYMBOLS        =
+
+# The EXAMPLE_PATH tag can be used to specify one or more files or directories
+# that contain example code fragments that are included (see the \include
+# command).
+
+EXAMPLE_PATH           =
+
+# If the value of the EXAMPLE_PATH tag contains directories, you can use the
+# EXAMPLE_PATTERNS tag to specify one or more wildcard pattern (like *.cpp and
+# *.h) to filter out the source-files in the directories. If left blank all
+# files are included.
+
+EXAMPLE_PATTERNS       =
+
+# If the EXAMPLE_RECURSIVE tag is set to YES then subdirectories will be
+# searched for input files to be used with the \include or \dontinclude commands
+# irrespective of the value of the RECURSIVE tag.
+# The default value is: NO.
+
+EXAMPLE_RECURSIVE      = NO
+
+# The IMAGE_PATH tag can be used to specify one or more files or directories
+# that contain images that are to be included in the documentation (see the
+# \image command).
+
+IMAGE_PATH             =
+
+# The INPUT_FILTER tag can be used to specify a program that doxygen should
+# invoke to filter for each input file. Doxygen will invoke the filter program
+# by executing (via popen()) the command:
+#
+# <filter> <input-file>
+#
+# where <filter> is the value of the INPUT_FILTER tag, and <input-file> is the
+# name of an input file. Doxygen will then use the output that the filter
+# program writes to standard output. If FILTER_PATTERNS is specified, this tag
+# will be ignored.
+#
+# Note that the filter must not add or remove lines; it is applied before the
+# code is scanned, but not when the output code is generated. If lines are added
+# or removed, the anchors will not be placed correctly.
+
+INPUT_FILTER           =
+
+# The FILTER_PATTERNS tag can be used to specify filters on a per file pattern
+# basis. Doxygen will compare the file name with each pattern and apply the
+# filter if there is a match. The filters are a list of the form: pattern=filter
+# (like *.cpp=my_cpp_filter). See INPUT_FILTER for further information on how
+# filters are used. If the FILTER_PATTERNS tag is empty or if none of the
+# patterns match the file name, INPUT_FILTER is applied.
+
+FILTER_PATTERNS        =
+
+# If the FILTER_SOURCE_FILES tag is set to YES, the input filter (if set using
+# INPUT_FILTER ) will also be used to filter the input files that are used for
+# producing the source files to browse (i.e. when SOURCE_BROWSER is set to YES).
+# The default value is: NO.
+
+FILTER_SOURCE_FILES    = NO
+
+# The FILTER_SOURCE_PATTERNS tag can be used to specify source filters per file
+# pattern. A pattern will override the setting for FILTER_PATTERN (if any) and
+# it is also possible to disable source filtering for a specific pattern using
+# *.ext= (so without naming a filter).
+# This tag requires that the tag FILTER_SOURCE_FILES is set to YES.
+
+FILTER_SOURCE_PATTERNS =
+
+# If the USE_MDFILE_AS_MAINPAGE tag refers to the name of a markdown file that
+# is part of the input, its contents will be placed on the main page
+# (index.html). This can be useful if you have a project on for instance GitHub
+# and want to reuse the introduction page also for the doxygen output.
+
+USE_MDFILE_AS_MAINPAGE =
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Configuration options related to source browsing
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the SOURCE_BROWSER tag is set to YES then a list of source files will be
+# generated. Documented entities will be cross-referenced with these sources.
+#
+# Note: To get rid of all source code in the generated output, make sure that
+# also VERBATIM_HEADERS is set to NO.
+# The default value is: NO.
+
+SOURCE_BROWSER         = YES
+
+# Setting the INLINE_SOURCES tag to YES will include the body of functions,
+# classes and enums directly into the documentation.
+# The default value is: NO.
+
+INLINE_SOURCES         = YES
+
+# Setting the STRIP_CODE_COMMENTS tag to YES will instruct doxygen to hide any
+# special comment blocks from generated source code fragments. Normal C, C++ and
+# Fortran comments will always remain visible.
+# The default value is: YES.
+
+STRIP_CODE_COMMENTS    = YES
+
+# If the REFERENCED_BY_RELATION tag is set to YES then for each documented
+# function all documented functions referencing it will be listed.
+# The default value is: NO.
+
+REFERENCED_BY_RELATION = YES
+
+# If the REFERENCES_RELATION tag is set to YES then for each documented function
+# all documented entities called/used by that function will be listed.
+# The default value is: NO.
+
+REFERENCES_RELATION    = YES
+
+# If the REFERENCES_LINK_SOURCE tag is set to YES and SOURCE_BROWSER tag is set
+# to YES, then the hyperlinks from functions in REFERENCES_RELATION and
+# REFERENCED_BY_RELATION lists will link to the source code. Otherwise they will
+# link to the documentation.
+# The default value is: YES.
+
+REFERENCES_LINK_SOURCE = YES
+
+# If SOURCE_TOOLTIPS is enabled (the default) then hovering a hyperlink in the
+# source code will show a tooltip with additional information such as prototype,
+# brief description and links to the definition and documentation. Since this
+# will make the HTML file larger and loading of large files a bit slower, you
+# can opt to disable this feature.
+# The default value is: YES.
+# This tag requires that the tag SOURCE_BROWSER is set to YES.
+
+SOURCE_TOOLTIPS        = YES
+
+# If the USE_HTAGS tag is set to YES then the references to source code will
+# point to the HTML generated by the htags(1) tool instead of doxygen built-in
+# source browser. The htags tool is part of GNU's global source tagging system
+# (see http://www.gnu.org/software/global/global.html). You will need version
+# 4.8.6 or higher.
+#
+# To use it do the following:
+# - Install the latest version of global
+# - Enable SOURCE_BROWSER and USE_HTAGS in the config file
+# - Make sure the INPUT points to the root of the source tree
+# - Run doxygen as normal
+#
+# Doxygen will invoke htags (and that will in turn invoke gtags), so these
+# tools must be available from the command line (i.e. in the search path).
+#
+# The result: instead of the source browser generated by doxygen, the links to
+# source code will now point to the output of htags.
+# The default value is: NO.
+# This tag requires that the tag SOURCE_BROWSER is set to YES.
+
+USE_HTAGS              = NO
+
+# If the VERBATIM_HEADERS tag is set the YES then doxygen will generate a
+# verbatim copy of the header file for each class for which an include is
+# specified. Set to NO to disable this.
+# See also: Section \class.
+# The default value is: YES.
+
+VERBATIM_HEADERS       = YES
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Configuration options related to the alphabetical class index
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the ALPHABETICAL_INDEX tag is set to YES, an alphabetical index of all
+# compounds will be generated. Enable this if the project contains a lot of
+# classes, structs, unions or interfaces.
+# The default value is: YES.
+
+ALPHABETICAL_INDEX     = YES
+
+# The COLS_IN_ALPHA_INDEX tag can be used to specify the number of columns in
+# which the alphabetical index list will be split.
+# Minimum value: 1, maximum value: 20, default value: 5.
+# This tag requires that the tag ALPHABETICAL_INDEX is set to YES.
+
+COLS_IN_ALPHA_INDEX    = 5
+
+# In case all classes in a project start with a common prefix, all classes will
+# be put under the same header in the alphabetical index. The IGNORE_PREFIX tag
+# can be used to specify a prefix (or a list of prefixes) that should be ignored
+# while generating the index headers.
+# This tag requires that the tag ALPHABETICAL_INDEX is set to YES.
+
+IGNORE_PREFIX          =
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Configuration options related to the HTML output
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the GENERATE_HTML tag is set to YES doxygen will generate HTML output
+# The default value is: YES.
+
+GENERATE_HTML          = YES
+
+# The HTML_OUTPUT tag is used to specify where the HTML docs will be put. If a
+# relative path is entered the value of OUTPUT_DIRECTORY will be put in front of
+# it.
+# The default directory is: html.
+# This tag requires that the tag GENERATE_HTML is set to YES.
+
+HTML_OUTPUT            = html
+
+# The HTML_FILE_EXTENSION tag can be used to specify the file extension for each
+# generated HTML page (for example: .htm, .php, .asp).
+# The default value is: .html.
+# This tag requires that the tag GENERATE_HTML is set to YES.
+
+HTML_FILE_EXTENSION    = .html
+
+# The HTML_HEADER tag can be used to specify a user-defined HTML header file for
+# each generated HTML page. If the tag is left blank doxygen will generate a
+# standard header.
+#
+# To get valid HTML the header file that includes any scripts and style sheets
+# that doxygen needs, which is dependent on the configuration options used (e.g.
+# the setting GENERATE_TREEVIEW). It is highly recommended to start with a
+# default header using
+# doxygen -w html new_header.html new_footer.html new_stylesheet.css
+# YourConfigFile
+# and then modify the file new_header.html. See also section "Doxygen usage"
+# for information on how to generate the default header that doxygen normally
+# uses.
+# Note: The header is subject to change so you typically have to regenerate the
+# default header when upgrading to a newer version of doxygen. For a description
+# of the possible markers and block names see the documentation.
+# This tag requires that the tag GENERATE_HTML is set to YES.
+
+HTML_HEADER            =
+
+# The HTML_FOOTER tag can be used to specify a user-defined HTML footer for each
+# generated HTML page. If the tag is left blank doxygen will generate a standard
+# footer. See HTML_HEADER for more information on how to generate a default
+# footer and what special commands can be used inside the footer. See also
+# section "Doxygen usage" for information on how to generate the default footer
+# that doxygen normally uses.
+# This tag requires that the tag GENERATE_HTML is set to YES.
+
+HTML_FOOTER            =
+
+# The HTML_STYLESHEET tag can be used to specify a user-defined cascading style
+# sheet that is used by each HTML page. It can be used to fine-tune the look of
+# the HTML output. If left blank doxygen will generate a default style sheet.
+# See also section "Doxygen usage" for information on how to generate the style
+# sheet that doxygen normally uses.
+# Note: It is recommended to use HTML_EXTRA_STYLESHEET instead of this tag, as
+# it is more robust and this tag (HTML_STYLESHEET) will in the future become
+# obsolete.
+# This tag requires that the tag GENERATE_HTML is set to YES.
+
+HTML_STYLESHEET        =
+
+# The HTML_EXTRA_STYLESHEET tag can be used to specify an additional user-
+# defined cascading style sheet that is included after the standard style sheets
+# created by doxygen. Using this option one can overrule certain style aspects.
+# This is preferred over using HTML_STYLESHEET since it does not replace the
+# standard style sheet and is therefor more robust against future updates.
+# Doxygen will copy the style sheet file to the output directory. For an example
+# see the documentation.
+# This tag requires that the tag GENERATE_HTML is set to YES.
+
+HTML_EXTRA_STYLESHEET  =
+
+# The HTML_EXTRA_FILES tag can be used to specify one or more extra images or
+# other source files which should be copied to the HTML output directory. Note
+# that these files will be copied to the base HTML output directory. Use the
+# $relpath^ marker in the HTML_HEADER and/or HTML_FOOTER files to load these
+# files. In the HTML_STYLESHEET file, use the file name only. Also note that the
+# files will be copied as-is; there are no commands or markers available.
+# This tag requires that the tag GENERATE_HTML is set to YES.
+
+HTML_EXTRA_FILES       =
+
+# The HTML_COLORSTYLE_HUE tag controls the color of the HTML output. Doxygen
+# will adjust the colors in the stylesheet and background images according to
+# this color. Hue is specified as an angle on a colorwheel, see
+# http://en.wikipedia.org/wiki/Hue for more information. For instance the value
+# 0 represents red, 60 is yellow, 120 is green, 180 is cyan, 240 is blue, 300
+# purple, and 360 is red again.
+# Minimum value: 0, maximum value: 359, default value: 220.
+# This tag requires that the tag GENERATE_HTML is set to YES.
+
+HTML_COLORSTYLE_HUE    = 220
+
+# The HTML_COLORSTYLE_SAT tag controls the purity (or saturation) of the colors
+# in the HTML output. For a value of 0 the output will use grayscales only. A
+# value of 255 will produce the most vivid colors.
+# Minimum value: 0, maximum value: 255, default value: 100.
+# This tag requires that the tag GENERATE_HTML is set to YES.
+
+HTML_COLORSTYLE_SAT    = 100
+
+# The HTML_COLORSTYLE_GAMMA tag controls the gamma correction applied to the
+# luminance component of the colors in the HTML output. Values below 100
+# gradually make the output lighter, whereas values above 100 make the output
+# darker. The value divided by 100 is the actual gamma applied, so 80 represents
+# a gamma of 0.8, The value 220 represents a gamma of 2.2, and 100 does not
+# change the gamma.
+# Minimum value: 40, maximum value: 240, default value: 80.
+# This tag requires that the tag GENERATE_HTML is set to YES.
+
+HTML_COLORSTYLE_GAMMA  = 80
+
+# If the HTML_TIMESTAMP tag is set to YES then the footer of each generated HTML
+# page will contain the date and time when the page was generated. Setting this
+# to NO can help when comparing the output of multiple runs.
+# The default value is: YES.
+# This tag requires that the tag GENERATE_HTML is set to YES.
+
+HTML_TIMESTAMP         = YES
+
+# If the HTML_DYNAMIC_SECTIONS tag is set to YES then the generated HTML
+# documentation will contain sections that can be hidden and shown after the
+# page has loaded.
+# The default value is: NO.
+# This tag requires that the tag GENERATE_HTML is set to YES.
+
+HTML_DYNAMIC_SECTIONS  = NO
+
+# With HTML_INDEX_NUM_ENTRIES one can control the preferred number of entries
+# shown in the various tree structured indices initially; the user can expand
+# and collapse entries dynamically later on. Doxygen will expand the tree to
+# such a level that at most the specified number of entries are visible (unless
+# a fully collapsed tree already exceeds this amount). So setting the number of
+# entries 1 will produce a full collapsed tree by default. 0 is a special value
+# representing an infinite number of entries and will result in a full expanded
+# tree by default.
+# Minimum value: 0, maximum value: 9999, default value: 100.
+# This tag requires that the tag GENERATE_HTML is set to YES.
+
+HTML_INDEX_NUM_ENTRIES = 100
+
+# If the GENERATE_DOCSET tag is set to YES, additional index files will be
+# generated that can be used as input for Apple's Xcode 3 integrated development
+# environment (see: http://developer.apple.com/tools/xcode/), introduced with
+# OSX 10.5 (Leopard). To create a documentation set, doxygen will generate a
+# Makefile in the HTML output directory. Running make will produce the docset in
+# that directory and running make install will install the docset in
+# ~/Library/Developer/Shared/Documentation/DocSets so that Xcode will find it at
+# startup. See http://developer.apple.com/tools/creatingdocsetswithdoxygen.html
+# for more information.
+# The default value is: NO.
+# This tag requires that the tag GENERATE_HTML is set to YES.
+
+GENERATE_DOCSET        = NO
+
+# This tag determines the name of the docset feed. A documentation feed provides
+# an umbrella under which multiple documentation sets from a single provider
+# (such as a company or product suite) can be grouped.
+# The default value is: Doxygen generated docs.
+# This tag requires that the tag GENERATE_DOCSET is set to YES.
+
+DOCSET_FEEDNAME        = "Doxygen generated docs"
+
+# This tag specifies a string that should uniquely identify the documentation
+# set bundle. This should be a reverse domain-name style string, e.g.
+# com.mycompany.MyDocSet. Doxygen will append .docset to the name.
+# The default value is: org.doxygen.Project.
+# This tag requires that the tag GENERATE_DOCSET is set to YES.
+
+DOCSET_BUNDLE_ID       = org.doxygen.Project
+
+# The DOCSET_PUBLISHER_ID tag specifies a string that should uniquely identify
+# the documentation publisher. This should be a reverse domain-name style
+# string, e.g. com.mycompany.MyDocSet.documentation.
+# The default value is: org.doxygen.Publisher.
+# This tag requires that the tag GENERATE_DOCSET is set to YES.
+
+DOCSET_PUBLISHER_ID    = org.doxygen.Publisher
+
+# The DOCSET_PUBLISHER_NAME tag identifies the documentation publisher.
+# The default value is: Publisher.
+# This tag requires that the tag GENERATE_DOCSET is set to YES.
+
+DOCSET_PUBLISHER_NAME  = Publisher
+
+# If the GENERATE_HTMLHELP tag is set to YES then doxygen generates three
+# additional HTML index files: index.hhp, index.hhc, and index.hhk. The
+# index.hhp is a project file that can be read by Microsoft's HTML Help Workshop
+# (see: http://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=21138) on
+# Windows.
+#
+# The HTML Help Workshop contains a compiler that can convert all HTML output
+# generated by doxygen into a single compiled HTML file (.chm). Compiled HTML
+# files are now used as the Windows 98 help format, and will replace the old
+# Windows help format (.hlp) on all Windows platforms in the future. Compressed
+# HTML files also contain an index, a table of contents, and you can search for
+# words in the documentation. The HTML workshop also contains a viewer for
+# compressed HTML files.
+# The default value is: NO.
+# This tag requires that the tag GENERATE_HTML is set to YES.
+
+GENERATE_HTMLHELP      = NO
+
+# The CHM_FILE tag can be used to specify the file name of the resulting .chm
+# file. You can add a path in front of the file if the result should not be
+# written to the html output directory.
+# This tag requires that the tag GENERATE_HTMLHELP is set to YES.
+
+CHM_FILE               =
+
+# The HHC_LOCATION tag can be used to specify the location (absolute path
+# including file name) of the HTML help compiler ( hhc.exe). If non-empty
+# doxygen will try to run the HTML help compiler on the generated index.hhp.
+# The file has to be specified with full path.
+# This tag requires that the tag GENERATE_HTMLHELP is set to YES.
+
+HHC_LOCATION           =
+
+# The GENERATE_CHI flag controls if a separate .chi index file is generated (
+# YES) or that it should be included in the master .chm file ( NO).
+# The default value is: NO.
+# This tag requires that the tag GENERATE_HTMLHELP is set to YES.
+
+GENERATE_CHI           = NO
+
+# The CHM_INDEX_ENCODING is used to encode HtmlHelp index ( hhk), content ( hhc)
+# and project file content.
+# This tag requires that the tag GENERATE_HTMLHELP is set to YES.
+
+CHM_INDEX_ENCODING     =
+
+# The BINARY_TOC flag controls whether a binary table of contents is generated (
+# YES) or a normal table of contents ( NO) in the .chm file. Furthermore it
+# enables the Previous and Next buttons.
+# The default value is: NO.
+# This tag requires that the tag GENERATE_HTMLHELP is set to YES.
+
+BINARY_TOC             = NO
+
+# The TOC_EXPAND flag can be set to YES to add extra items for group members to
+# the table of contents of the HTML help documentation and to the tree view.
+# The default value is: NO.
+# This tag requires that the tag GENERATE_HTMLHELP is set to YES.
+
+TOC_EXPAND             = NO
+
+# If the GENERATE_QHP tag is set to YES and both QHP_NAMESPACE and
+# QHP_VIRTUAL_FOLDER are set, an additional index file will be generated that
+# can be used as input for Qt's qhelpgenerator to generate a Qt Compressed Help
+# (.qch) of the generated HTML documentation.
+# The default value is: NO.
+# This tag requires that the tag GENERATE_HTML is set to YES.
+
+GENERATE_QHP           = NO
+
+# If the QHG_LOCATION tag is specified, the QCH_FILE tag can be used to specify
+# the file name of the resulting .qch file. The path specified is relative to
+# the HTML output folder.
+# This tag requires that the tag GENERATE_QHP is set to YES.
+
+QCH_FILE               =
+
+# The QHP_NAMESPACE tag specifies the namespace to use when generating Qt Help
+# Project output. For more information please see Qt Help Project / Namespace
+# (see: http://qt-project.org/doc/qt-4.8/qthelpproject.html#namespace).
+# The default value is: org.doxygen.Project.
+# This tag requires that the tag GENERATE_QHP is set to YES.
+
+QHP_NAMESPACE          = org.doxygen.Project
+
+# The QHP_VIRTUAL_FOLDER tag specifies the namespace to use when generating Qt
+# Help Project output. For more information please see Qt Help Project / Virtual
+# Folders (see: http://qt-project.org/doc/qt-4.8/qthelpproject.html#virtual-
+# folders).
+# The default value is: doc.
+# This tag requires that the tag GENERATE_QHP is set to YES.
+
+QHP_VIRTUAL_FOLDER     = doc
+
+# If the QHP_CUST_FILTER_NAME tag is set, it specifies the name of a custom
+# filter to add. For more information please see Qt Help Project / Custom
+# Filters (see: http://qt-project.org/doc/qt-4.8/qthelpproject.html#custom-
+# filters).
+# This tag requires that the tag GENERATE_QHP is set to YES.
+
+QHP_CUST_FILTER_NAME   =
+
+# The QHP_CUST_FILTER_ATTRS tag specifies the list of the attributes of the
+# custom filter to add. For more information please see Qt Help Project / Custom
+# Filters (see: http://qt-project.org/doc/qt-4.8/qthelpproject.html#custom-
+# filters).
+# This tag requires that the tag GENERATE_QHP is set to YES.
+
+QHP_CUST_FILTER_ATTRS  =
+
+# The QHP_SECT_FILTER_ATTRS tag specifies the list of the attributes this
+# project's filter section matches. Qt Help Project / Filter Attributes (see:
+# http://qt-project.org/doc/qt-4.8/qthelpproject.html#filter-attributes).
+# This tag requires that the tag GENERATE_QHP is set to YES.
+
+QHP_SECT_FILTER_ATTRS  =
+
+# The QHG_LOCATION tag can be used to specify the location of Qt's
+# qhelpgenerator. If non-empty doxygen will try to run qhelpgenerator on the
+# generated .qhp file.
+# This tag requires that the tag GENERATE_QHP is set to YES.
+
+QHG_LOCATION           =
+
+# If the GENERATE_ECLIPSEHELP tag is set to YES, additional index files will be
+# generated, together with the HTML files, they form an Eclipse help plugin. To
+# install this plugin and make it available under the help contents menu in
+# Eclipse, the contents of the directory containing the HTML and XML files needs
+# to be copied into the plugins directory of eclipse. The name of the directory
+# within the plugins directory should be the same as the ECLIPSE_DOC_ID value.
+# After copying Eclipse needs to be restarted before the help appears.
+# The default value is: NO.
+# This tag requires that the tag GENERATE_HTML is set to YES.
+
+GENERATE_ECLIPSEHELP   = NO
+
+# A unique identifier for the Eclipse help plugin. When installing the plugin
+# the directory name containing the HTML and XML files should also have this
+# name. Each documentation set should have its own identifier.
+# The default value is: org.doxygen.Project.
+# This tag requires that the tag GENERATE_ECLIPSEHELP is set to YES.
+
+ECLIPSE_DOC_ID         = org.doxygen.Project
+
+# If you want full control over the layout of the generated HTML pages it might
+# be necessary to disable the index and replace it with your own. The
+# DISABLE_INDEX tag can be used to turn on/off the condensed index (tabs) at top
+# of each HTML page. A value of NO enables the index and the value YES disables
+# it. Since the tabs in the index contain the same information as the navigation
+# tree, you can set this option to YES if you also set GENERATE_TREEVIEW to YES.
+# The default value is: NO.
+# This tag requires that the tag GENERATE_HTML is set to YES.
+
+DISABLE_INDEX          = NO
+
+# The GENERATE_TREEVIEW tag is used to specify whether a tree-like index
+# structure should be generated to display hierarchical information. If the tag
+# value is set to YES, a side panel will be generated containing a tree-like
+# index structure (just like the one that is generated for HTML Help). For this
+# to work a browser that supports JavaScript, DHTML, CSS and frames is required
+# (i.e. any modern browser). Windows users are probably better off using the
+# HTML help feature. Via custom stylesheets (see HTML_EXTRA_STYLESHEET) one can
+# further fine-tune the look of the index. As an example, the default style
+# sheet generated by doxygen has an example that shows how to put an image at
+# the root of the tree instead of the PROJECT_NAME. Since the tree basically has
+# the same information as the tab index, you could consider setting
+# DISABLE_INDEX to YES when enabling this option.
+# The default value is: NO.
+# This tag requires that the tag GENERATE_HTML is set to YES.
+
+GENERATE_TREEVIEW      = NO
+
+# The ENUM_VALUES_PER_LINE tag can be used to set the number of enum values that
+# doxygen will group on one line in the generated HTML documentation.
+#
+# Note that a value of 0 will completely suppress the enum values from appearing
+# in the overview section.
+# Minimum value: 0, maximum value: 20, default value: 4.
+# This tag requires that the tag GENERATE_HTML is set to YES.
+
+ENUM_VALUES_PER_LINE   = 4
+
+# If the treeview is enabled (see GENERATE_TREEVIEW) then this tag can be used
+# to set the initial width (in pixels) of the frame in which the tree is shown.
+# Minimum value: 0, maximum value: 1500, default value: 250.
+# This tag requires that the tag GENERATE_HTML is set to YES.
+
+TREEVIEW_WIDTH         = 250
+
+# When the EXT_LINKS_IN_WINDOW option is set to YES doxygen will open links to
+# external symbols imported via tag files in a separate window.
+# The default value is: NO.
+# This tag requires that the tag GENERATE_HTML is set to YES.
+
+EXT_LINKS_IN_WINDOW    = NO
+
+# Use this tag to change the font size of LaTeX formulas included as images in
+# the HTML documentation. When you change the font size after a successful
+# doxygen run you need to manually remove any form_*.png images from the HTML
+# output directory to force them to be regenerated.
+# Minimum value: 8, maximum value: 50, default value: 10.
+# This tag requires that the tag GENERATE_HTML is set to YES.
+
+FORMULA_FONTSIZE       = 10
+
+# Use the FORMULA_TRANPARENT tag to determine whether or not the images
+# generated for formulas are transparent PNGs. Transparent PNGs are not
+# supported properly for IE 6.0, but are supported on all modern browsers.
+#
+# Note that when changing this option you need to delete any form_*.png files in
+# the HTML output directory before the changes have effect.
+# The default value is: YES.
+# This tag requires that the tag GENERATE_HTML is set to YES.
+
+FORMULA_TRANSPARENT    = YES
+
+# Enable the USE_MATHJAX option to render LaTeX formulas using MathJax (see
+# http://www.mathjax.org) which uses client side Javascript for the rendering
+# instead of using prerendered bitmaps. Use this if you do not have LaTeX
+# installed or if you want to formulas look prettier in the HTML output. When
+# enabled you may also need to install MathJax separately and configure the path
+# to it using the MATHJAX_RELPATH option.
+# The default value is: NO.
+# This tag requires that the tag GENERATE_HTML is set to YES.
+
+USE_MATHJAX            = NO
+
+# When MathJax is enabled you can set the default output format to be used for
+# the MathJax output. See the MathJax site (see:
+# http://docs.mathjax.org/en/latest/output.html) for more details.
+# Possible values are: HTML-CSS (which is slower, but has the best
+# compatibility), NativeMML (i.e. MathML) and SVG.
+# The default value is: HTML-CSS.
+# This tag requires that the tag USE_MATHJAX is set to YES.
+
+MATHJAX_FORMAT         = HTML-CSS
+
+# When MathJax is enabled you need to specify the location relative to the HTML
+# output directory using the MATHJAX_RELPATH option. The destination directory
+# should contain the MathJax.js script. For instance, if the mathjax directory
+# is located at the same level as the HTML output directory, then
+# MATHJAX_RELPATH should be ../mathjax. The default value points to the MathJax
+# Content Delivery Network so you can quickly see the result without installing
+# MathJax. However, it is strongly recommended to install a local copy of
+# MathJax from http://www.mathjax.org before deployment.
+# The default value is: http://cdn.mathjax.org/mathjax/latest.
+# This tag requires that the tag USE_MATHJAX is set to YES.
+
+MATHJAX_RELPATH        = http://cdn.mathjax.org/mathjax/latest
+
+# The MATHJAX_EXTENSIONS tag can be used to specify one or more MathJax
+# extension names that should be enabled during MathJax rendering. For example
+# MATHJAX_EXTENSIONS = TeX/AMSmath TeX/AMSsymbols
+# This tag requires that the tag USE_MATHJAX is set to YES.
+
+MATHJAX_EXTENSIONS     =
+
+# The MATHJAX_CODEFILE tag can be used to specify a file with javascript pieces
+# of code that will be used on startup of the MathJax code. See the MathJax site
+# (see: http://docs.mathjax.org/en/latest/output.html) for more details. For an
+# example see the documentation.
+# This tag requires that the tag USE_MATHJAX is set to YES.
+
+MATHJAX_CODEFILE       =
+
+# When the SEARCHENGINE tag is enabled doxygen will generate a search box for
+# the HTML output. The underlying search engine uses javascript and DHTML and
+# should work on any modern browser. Note that when using HTML help
+# (GENERATE_HTMLHELP), Qt help (GENERATE_QHP), or docsets (GENERATE_DOCSET)
+# there is already a search function so this one should typically be disabled.
+# For large projects the javascript based search engine can be slow, then
+# enabling SERVER_BASED_SEARCH may provide a better solution. It is possible to
+# search using the keyboard; to jump to the search box use <access key> + S
+# (what the <access key> is depends on the OS and browser, but it is typically
+# <CTRL>, <ALT>/<option>, or both). Inside the search box use the <cursor down
+# key> to jump into the search results window, the results can be navigated
+# using the <cursor keys>. Press <Enter> to select an item or <escape> to cancel
+# the search. The filter options can be selected when the cursor is inside the
+# search box by pressing <Shift>+<cursor down>. Also here use the <cursor keys>
+# to select a filter and <Enter> or <escape> to activate or cancel the filter
+# option.
+# The default value is: YES.
+# This tag requires that the tag GENERATE_HTML is set to YES.
+
+SEARCHENGINE           = YES
+
+# When the SERVER_BASED_SEARCH tag is enabled the search engine will be
+# implemented using a web server instead of a web client using Javascript. There
+# are two flavors of web server based searching depending on the EXTERNAL_SEARCH
+# setting. When disabled, doxygen will generate a PHP script for searching and
+# an index file used by the script. When EXTERNAL_SEARCH is enabled the indexing
+# and searching needs to be provided by external tools. See the section
+# "External Indexing and Searching" for details.
+# The default value is: NO.
+# This tag requires that the tag SEARCHENGINE is set to YES.
+
+SERVER_BASED_SEARCH    = NO
+
+# When EXTERNAL_SEARCH tag is enabled doxygen will no longer generate the PHP
+# script for searching. Instead the search results are written to an XML file
+# which needs to be processed by an external indexer. Doxygen will invoke an
+# external search engine pointed to by the SEARCHENGINE_URL option to obtain the
+# search results.
+#
+# Doxygen ships with an example indexer ( doxyindexer) and search engine
+# (doxysearch.cgi) which are based on the open source search engine library
+# Xapian (see: http://xapian.org/).
+#
+# See the section "External Indexing and Searching" for details.
+# The default value is: NO.
+# This tag requires that the tag SEARCHENGINE is set to YES.
+
+EXTERNAL_SEARCH        = NO
+
+# The SEARCHENGINE_URL should point to a search engine hosted by a web server
+# which will return the search results when EXTERNAL_SEARCH is enabled.
+#
+# Doxygen ships with an example indexer ( doxyindexer) and search engine
+# (doxysearch.cgi) which are based on the open source search engine library
+# Xapian (see: http://xapian.org/). See the section "External Indexing and
+# Searching" for details.
+# This tag requires that the tag SEARCHENGINE is set to YES.
+
+SEARCHENGINE_URL       =
+
+# When SERVER_BASED_SEARCH and EXTERNAL_SEARCH are both enabled the unindexed
+# search data is written to a file for indexing by an external tool. With the
+# SEARCHDATA_FILE tag the name of this file can be specified.
+# The default file is: searchdata.xml.
+# This tag requires that the tag SEARCHENGINE is set to YES.
+
+SEARCHDATA_FILE        = searchdata.xml
+
+# When SERVER_BASED_SEARCH and EXTERNAL_SEARCH are both enabled the
+# EXTERNAL_SEARCH_ID tag can be used as an identifier for the project. This is
+# useful in combination with EXTRA_SEARCH_MAPPINGS to search through multiple
+# projects and redirect the results back to the right project.
+# This tag requires that the tag SEARCHENGINE is set to YES.
+
+EXTERNAL_SEARCH_ID     =
+
+# The EXTRA_SEARCH_MAPPINGS tag can be used to enable searching through doxygen
+# projects other than the one defined by this configuration file, but that are
+# all added to the same external search index. Each project needs to have a
+# unique id set via EXTERNAL_SEARCH_ID. The search mapping then maps the id of
+# to a relative location where the documentation can be found. The format is:
+# EXTRA_SEARCH_MAPPINGS = tagname1=loc1 tagname2=loc2 ...
+# This tag requires that the tag SEARCHENGINE is set to YES.
+
+EXTRA_SEARCH_MAPPINGS  =
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Configuration options related to the LaTeX output
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the GENERATE_LATEX tag is set to YES doxygen will generate LaTeX output.
+# The default value is: YES.
+
+GENERATE_LATEX         = NO
+
+# The LATEX_OUTPUT tag is used to specify where the LaTeX docs will be put. If a
+# relative path is entered the value of OUTPUT_DIRECTORY will be put in front of
+# it.
+# The default directory is: latex.
+# This tag requires that the tag GENERATE_LATEX is set to YES.
+
+LATEX_OUTPUT           = latex
+
+# The LATEX_CMD_NAME tag can be used to specify the LaTeX command name to be
+# invoked.
+#
+# Note that when enabling USE_PDFLATEX this option is only used for generating
+# bitmaps for formulas in the HTML output, but not in the Makefile that is
+# written to the output directory.
+# The default file is: latex.
+# This tag requires that the tag GENERATE_LATEX is set to YES.
+
+LATEX_CMD_NAME         = latex
+
+# The MAKEINDEX_CMD_NAME tag can be used to specify the command name to generate
+# index for LaTeX.
+# The default file is: makeindex.
+# This tag requires that the tag GENERATE_LATEX is set to YES.
+
+MAKEINDEX_CMD_NAME     = makeindex
+
+# If the COMPACT_LATEX tag is set to YES doxygen generates more compact LaTeX
+# documents. This may be useful for small projects and may help to save some
+# trees in general.
+# The default value is: NO.
+# This tag requires that the tag GENERATE_LATEX is set to YES.
+
+COMPACT_LATEX          = NO
+
+# The PAPER_TYPE tag can be used to set the paper type that is used by the
+# printer.
+# Possible values are: a4 (210 x 297 mm), letter (8.5 x 11 inches), legal (8.5 x
+# 14 inches) and executive (7.25 x 10.5 inches).
+# The default value is: a4.
+# This tag requires that the tag GENERATE_LATEX is set to YES.
+
+PAPER_TYPE             = a4
+
+# The EXTRA_PACKAGES tag can be used to specify one or more LaTeX package names
+# that should be included in the LaTeX output. To get the times font for
+# instance you can specify
+# EXTRA_PACKAGES=times
+# If left blank no extra packages will be included.
+# This tag requires that the tag GENERATE_LATEX is set to YES.
+
+EXTRA_PACKAGES         =
+
+# The LATEX_HEADER tag can be used to specify a personal LaTeX header for the
+# generated LaTeX document. The header should contain everything until the first
+# chapter. If it is left blank doxygen will generate a standard header. See
+# section "Doxygen usage" for information on how to let doxygen write the
+# default header to a separate file.
+#
+# Note: Only use a user-defined header if you know what you are doing! The
+# following commands have a special meaning inside the header: $title,
+# $datetime, $date, $doxygenversion, $projectname, $projectnumber. Doxygen will
+# replace them by respectively the title of the page, the current date and time,
+# only the current date, the version number of doxygen, the project name (see
+# PROJECT_NAME), or the project number (see PROJECT_NUMBER).
+# This tag requires that the tag GENERATE_LATEX is set to YES.
+
+LATEX_HEADER           =
+
+# The LATEX_FOOTER tag can be used to specify a personal LaTeX footer for the
+# generated LaTeX document. The footer should contain everything after the last
+# chapter. If it is left blank doxygen will generate a standard footer.
+#
+# Note: Only use a user-defined footer if you know what you are doing!
+# This tag requires that the tag GENERATE_LATEX is set to YES.
+
+LATEX_FOOTER           =
+
+# The LATEX_EXTRA_FILES tag can be used to specify one or more extra images or
+# other source files which should be copied to the LATEX_OUTPUT output
+# directory. Note that the files will be copied as-is; there are no commands or
+# markers available.
+# This tag requires that the tag GENERATE_LATEX is set to YES.
+
+LATEX_EXTRA_FILES      =
+
+# If the PDF_HYPERLINKS tag is set to YES, the LaTeX that is generated is
+# prepared for conversion to PDF (using ps2pdf or pdflatex). The PDF file will
+# contain links (just like the HTML output) instead of page references. This
+# makes the output suitable for online browsing using a PDF viewer.
+# The default value is: YES.
+# This tag requires that the tag GENERATE_LATEX is set to YES.
+
+PDF_HYPERLINKS         = YES
+
+# If the LATEX_PDFLATEX tag is set to YES, doxygen will use pdflatex to generate
+# the PDF file directly from the LaTeX files. Set this option to YES to get a
+# higher quality PDF documentation.
+# The default value is: YES.
+# This tag requires that the tag GENERATE_LATEX is set to YES.
+
+USE_PDFLATEX           = YES
+
+# If the LATEX_BATCHMODE tag is set to YES, doxygen will add the \batchmode
+# command to the generated LaTeX files. This will instruct LaTeX to keep running
+# if errors occur, instead of asking the user for help. This option is also used
+# when generating formulas in HTML.
+# The default value is: NO.
+# This tag requires that the tag GENERATE_LATEX is set to YES.
+
+LATEX_BATCHMODE        = NO
+
+# If the LATEX_HIDE_INDICES tag is set to YES then doxygen will not include the
+# index chapters (such as File Index, Compound Index, etc.) in the output.
+# The default value is: NO.
+# This tag requires that the tag GENERATE_LATEX is set to YES.
+
+LATEX_HIDE_INDICES     = NO
+
+# If the LATEX_SOURCE_CODE tag is set to YES then doxygen will include source
+# code with syntax highlighting in the LaTeX output.
+#
+# Note that which sources are shown also depends on other settings such as
+# SOURCE_BROWSER.
+# The default value is: NO.
+# This tag requires that the tag GENERATE_LATEX is set to YES.
+
+LATEX_SOURCE_CODE      = NO
+
+# The LATEX_BIB_STYLE tag can be used to specify the style to use for the
+# bibliography, e.g. plainnat, or ieeetr. See
+# http://en.wikipedia.org/wiki/BibTeX and \cite for more info.
+# The default value is: plain.
+# This tag requires that the tag GENERATE_LATEX is set to YES.
+
+LATEX_BIB_STYLE        = plain
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Configuration options related to the RTF output
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the GENERATE_RTF tag is set to YES doxygen will generate RTF output. The
+# RTF output is optimized for Word 97 and may not look too pretty with other RTF
+# readers/editors.
+# The default value is: NO.
+
+GENERATE_RTF           = NO
+
+# The RTF_OUTPUT tag is used to specify where the RTF docs will be put. If a
+# relative path is entered the value of OUTPUT_DIRECTORY will be put in front of
+# it.
+# The default directory is: rtf.
+# This tag requires that the tag GENERATE_RTF is set to YES.
+
+RTF_OUTPUT             = rtf
+
+# If the COMPACT_RTF tag is set to YES doxygen generates more compact RTF
+# documents. This may be useful for small projects and may help to save some
+# trees in general.
+# The default value is: NO.
+# This tag requires that the tag GENERATE_RTF is set to YES.
+
+COMPACT_RTF            = NO
+
+# If the RTF_HYPERLINKS tag is set to YES, the RTF that is generated will
+# contain hyperlink fields. The RTF file will contain links (just like the HTML
+# output) instead of page references. This makes the output suitable for online
+# browsing using Word or some other Word compatible readers that support those
+# fields.
+#
+# Note: WordPad (write) and others do not support links.
+# The default value is: NO.
+# This tag requires that the tag GENERATE_RTF is set to YES.
+
+RTF_HYPERLINKS         = NO
+
+# Load stylesheet definitions from file. Syntax is similar to doxygen's config
+# file, i.e. a series of assignments. You only have to provide replacements,
+# missing definitions are set to their default value.
+#
+# See also section "Doxygen usage" for information on how to generate the
+# default style sheet that doxygen normally uses.
+# This tag requires that the tag GENERATE_RTF is set to YES.
+
+RTF_STYLESHEET_FILE    =
+
+# Set optional variables used in the generation of an RTF document. Syntax is
+# similar to doxygen's config file. A template extensions file can be generated
+# using doxygen -e rtf extensionFile.
+# This tag requires that the tag GENERATE_RTF is set to YES.
+
+RTF_EXTENSIONS_FILE    =
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Configuration options related to the man page output
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the GENERATE_MAN tag is set to YES doxygen will generate man pages for
+# classes and files.
+# The default value is: NO.
+
+GENERATE_MAN           = NO
+
+# The MAN_OUTPUT tag is used to specify where the man pages will be put. If a
+# relative path is entered the value of OUTPUT_DIRECTORY will be put in front of
+# it. A directory man3 will be created inside the directory specified by
+# MAN_OUTPUT.
+# The default directory is: man.
+# This tag requires that the tag GENERATE_MAN is set to YES.
+
+MAN_OUTPUT             = man
+
+# The MAN_EXTENSION tag determines the extension that is added to the generated
+# man pages. In case the manual section does not start with a number, the number
+# 3 is prepended. The dot (.) at the beginning of the MAN_EXTENSION tag is
+# optional.
+# The default value is: .3.
+# This tag requires that the tag GENERATE_MAN is set to YES.
+
+MAN_EXTENSION          = .3
+
+# The MAN_SUBDIR tag determines the name of the directory created within
+# MAN_OUTPUT in which the man pages are placed. If defaults to man followed by
+# MAN_EXTENSION with the initial . removed.
+# This tag requires that the tag GENERATE_MAN is set to YES.
+
+MAN_SUBDIR             =
+
+# If the MAN_LINKS tag is set to YES and doxygen generates man output, then it
+# will generate one additional man file for each entity documented in the real
+# man page(s). These additional files only source the real man page, but without
+# them the man command would be unable to find the correct page.
+# The default value is: NO.
+# This tag requires that the tag GENERATE_MAN is set to YES.
+
+MAN_LINKS              = NO
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Configuration options related to the XML output
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the GENERATE_XML tag is set to YES doxygen will generate an XML file that
+# captures the structure of the code including all documentation.
+# The default value is: NO.
+
+GENERATE_XML           = NO
+
+# The XML_OUTPUT tag is used to specify where the XML pages will be put. If a
+# relative path is entered the value of OUTPUT_DIRECTORY will be put in front of
+# it.
+# The default directory is: xml.
+# This tag requires that the tag GENERATE_XML is set to YES.
+
+XML_OUTPUT             = xml
+
+# If the XML_PROGRAMLISTING tag is set to YES doxygen will dump the program
+# listings (including syntax highlighting and cross-referencing information) to
+# the XML output. Note that enabling this will significantly increase the size
+# of the XML output.
+# The default value is: YES.
+# This tag requires that the tag GENERATE_XML is set to YES.
+
+XML_PROGRAMLISTING     = YES
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Configuration options related to the DOCBOOK output
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the GENERATE_DOCBOOK tag is set to YES doxygen will generate Docbook files
+# that can be used to generate PDF.
+# The default value is: NO.
+
+GENERATE_DOCBOOK       = NO
+
+# The DOCBOOK_OUTPUT tag is used to specify where the Docbook pages will be put.
+# If a relative path is entered the value of OUTPUT_DIRECTORY will be put in
+# front of it.
+# The default directory is: docbook.
+# This tag requires that the tag GENERATE_DOCBOOK is set to YES.
+
+DOCBOOK_OUTPUT         = docbook
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Configuration options for the AutoGen Definitions output
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the GENERATE_AUTOGEN_DEF tag is set to YES doxygen will generate an AutoGen
+# Definitions (see http://autogen.sf.net) file that captures the structure of
+# the code including all documentation. Note that this feature is still
+# experimental and incomplete at the moment.
+# The default value is: NO.
+
+GENERATE_AUTOGEN_DEF   = NO
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Configuration options related to the Perl module output
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the GENERATE_PERLMOD tag is set to YES doxygen will generate a Perl module
+# file that captures the structure of the code including all documentation.
+#
+# Note that this feature is still experimental and incomplete at the moment.
+# The default value is: NO.
+
+GENERATE_PERLMOD       = NO
+
+# If the PERLMOD_LATEX tag is set to YES doxygen will generate the necessary
+# Makefile rules, Perl scripts and LaTeX code to be able to generate PDF and DVI
+# output from the Perl module output.
+# The default value is: NO.
+# This tag requires that the tag GENERATE_PERLMOD is set to YES.
+
+PERLMOD_LATEX          = NO
+
+# If the PERLMOD_PRETTY tag is set to YES the Perl module output will be nicely
+# formatted so it can be parsed by a human reader. This is useful if you want to
+# understand what is going on. On the other hand, if this tag is set to NO the
+# size of the Perl module output will be much smaller and Perl will parse it
+# just the same.
+# The default value is: YES.
+# This tag requires that the tag GENERATE_PERLMOD is set to YES.
+
+PERLMOD_PRETTY         = YES
+
+# The names of the make variables in the generated doxyrules.make file are
+# prefixed with the string contained in PERLMOD_MAKEVAR_PREFIX. This is useful
+# so different doxyrules.make files included by the same Makefile don't
+# overwrite each other's variables.
+# This tag requires that the tag GENERATE_PERLMOD is set to YES.
+
+PERLMOD_MAKEVAR_PREFIX =
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Configuration options related to the preprocessor
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the ENABLE_PREPROCESSING tag is set to YES doxygen will evaluate all
+# C-preprocessor directives found in the sources and include files.
+# The default value is: YES.
+
+ENABLE_PREPROCESSING   = YES
+
+# If the MACRO_EXPANSION tag is set to YES doxygen will expand all macro names
+# in the source code. If set to NO only conditional compilation will be
+# performed. Macro expansion can be done in a controlled way by setting
+# EXPAND_ONLY_PREDEF to YES.
+# The default value is: NO.
+# This tag requires that the tag ENABLE_PREPROCESSING is set to YES.
+
+MACRO_EXPANSION        = YES
+
+# If the EXPAND_ONLY_PREDEF and MACRO_EXPANSION tags are both set to YES then
+# the macro expansion is limited to the macros specified with the PREDEFINED and
+# EXPAND_AS_DEFINED tags.
+# The default value is: NO.
+# This tag requires that the tag ENABLE_PREPROCESSING is set to YES.
+
+EXPAND_ONLY_PREDEF     = NO
+
+# If the SEARCH_INCLUDES tag is set to YES the includes files in the
+# INCLUDE_PATH will be searched if a #include is found.
+# The default value is: YES.
+# This tag requires that the tag ENABLE_PREPROCESSING is set to YES.
+
+SEARCH_INCLUDES        = YES
+
+# The INCLUDE_PATH tag can be used to specify one or more directories that
+# contain include files that are not input files but should be processed by the
+# preprocessor.
+# This tag requires that the tag SEARCH_INCLUDES is set to YES.
+
+INCLUDE_PATH           =
+
+# You can use the INCLUDE_FILE_PATTERNS tag to specify one or more wildcard
+# patterns (like *.h and *.hpp) to filter out the header-files in the
+# directories. If left blank, the patterns specified with FILE_PATTERNS will be
+# used.
+# This tag requires that the tag ENABLE_PREPROCESSING is set to YES.
+
+INCLUDE_FILE_PATTERNS  =
+
+# The PREDEFINED tag can be used to specify one or more macro names that are
+# defined before the preprocessor is started (similar to the -D option of e.g.
+# gcc). The argument of the tag is a list of macros of the form: name or
+# name=definition (no spaces). If the definition and the "=" are omitted, "=1"
+# is assumed. To prevent a macro definition from being undefined via #undef or
+# recursively expanded use the := operator instead of the = operator.
+# This tag requires that the tag ENABLE_PREPROCESSING is set to YES.
+
+PREDEFINED             =
+
+# If the MACRO_EXPANSION and EXPAND_ONLY_PREDEF tags are set to YES then this
+# tag can be used to specify a list of macro names that should be expanded. The
+# macro definition that is found in the sources will be used. Use the PREDEFINED
+# tag if you want to use a different macro definition that overrules the
+# definition found in the source code.
+# This tag requires that the tag ENABLE_PREPROCESSING is set to YES.
+
+EXPAND_AS_DEFINED      =
+
+# If the SKIP_FUNCTION_MACROS tag is set to YES then doxygen's preprocessor will
+# remove all references to function-like macros that are alone on a line, have
+# an all uppercase name, and do not end with a semicolon. Such function macros
+# are typically used for boiler-plate code, and will confuse the parser if not
+# removed.
+# The default value is: YES.
+# This tag requires that the tag ENABLE_PREPROCESSING is set to YES.
+
+SKIP_FUNCTION_MACROS   = YES
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Configuration options related to external references
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# The TAGFILES tag can be used to specify one or more tag files. For each tag
+# file the location of the external documentation should be added. The format of
+# a tag file without this location is as follows:
+# TAGFILES = file1 file2 ...
+# Adding location for the tag files is done as follows:
+# TAGFILES = file1=loc1 "file2 = loc2" ...
+# where loc1 and loc2 can be relative or absolute paths or URLs. See the
+# section "Linking to external documentation" for more information about the use
+# of tag files.
+# Note: Each tag file must have a unique name (where the name does NOT include
+# the path). If a tag file is not located in the directory in which doxygen is
+# run, you must also specify the path to the tagfile here.
+
+TAGFILES               =
+
+# When a file name is specified after GENERATE_TAGFILE, doxygen will create a
+# tag file that is based on the input files it reads. See section "Linking to
+# external documentation" for more information about the usage of tag files.
+
+GENERATE_TAGFILE       =
+
+# If the ALLEXTERNALS tag is set to YES all external class will be listed in the
+# class index. If set to NO only the inherited external classes will be listed.
+# The default value is: NO.
+
+ALLEXTERNALS           = NO
+
+# If the EXTERNAL_GROUPS tag is set to YES all external groups will be listed in
+# the modules index. If set to NO, only the current project's groups will be
+# listed.
+# The default value is: YES.
+
+EXTERNAL_GROUPS        = YES
+
+# If the EXTERNAL_PAGES tag is set to YES all external pages will be listed in
+# the related pages index. If set to NO, only the current project's pages will
+# be listed.
+# The default value is: YES.
+
+EXTERNAL_PAGES         = YES
+
+# The PERL_PATH should be the absolute path and name of the perl script
+# interpreter (i.e. the result of 'which perl').
+# The default file (with absolute path) is: /usr/bin/perl.
+
+PERL_PATH              = /usr/bin/perl
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Configuration options related to the dot tool
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the CLASS_DIAGRAMS tag is set to YES doxygen will generate a class diagram
+# (in HTML and LaTeX) for classes with base or super classes. Setting the tag to
+# NO turns the diagrams off. Note that this option also works with HAVE_DOT
+# disabled, but it is recommended to install and use dot, since it yields more
+# powerful graphs.
+# The default value is: YES.
+
+CLASS_DIAGRAMS         = YES
+
+# You can define message sequence charts within doxygen comments using the \msc
+# command. Doxygen will then run the mscgen tool (see:
+# http://www.mcternan.me.uk/mscgen/)) to produce the chart and insert it in the
+# documentation. The MSCGEN_PATH tag allows you to specify the directory where
+# the mscgen tool resides. If left empty the tool is assumed to be found in the
+# default search path.
+
+MSCGEN_PATH            =
+
+# You can include diagrams made with dia in doxygen documentation. Doxygen will
+# then run dia to produce the diagram and insert it in the documentation. The
+# DIA_PATH tag allows you to specify the directory where the dia binary resides.
+# If left empty dia is assumed to be found in the default search path.
+
+DIA_PATH               =
+
+# If set to YES, the inheritance and collaboration graphs will hide inheritance
+# and usage relations if the target is undocumented or is not a class.
+# The default value is: YES.
+
+HIDE_UNDOC_RELATIONS   = NO
+
+# If you set the HAVE_DOT tag to YES then doxygen will assume the dot tool is
+# available from the path. This tool is part of Graphviz (see:
+# http://www.graphviz.org/), a graph visualization toolkit from AT&T and Lucent
+# Bell Labs. The other options in this section have no effect if this option is
+# set to NO
+# The default value is: NO.
+
+HAVE_DOT               = YES
+
+# The DOT_NUM_THREADS specifies the number of dot invocations doxygen is allowed
+# to run in parallel. When set to 0 doxygen will base this on the number of
+# processors available in the system. You can set it explicitly to a value
+# larger than 0 to get control over the balance between CPU load and processing
+# speed.
+# Minimum value: 0, maximum value: 32, default value: 0.
+# This tag requires that the tag HAVE_DOT is set to YES.
+
+DOT_NUM_THREADS        = 0
+
+# When you want a differently looking font n the dot files that doxygen
+# generates you can specify the font name using DOT_FONTNAME. You need to make
+# sure dot is able to find the font, which can be done by putting it in a
+# standard location or by setting the DOTFONTPATH environment variable or by
+# setting DOT_FONTPATH to the directory containing the font.
+# The default value is: Helvetica.
+# This tag requires that the tag HAVE_DOT is set to YES.
+
+DOT_FONTNAME           = Helvetica
+
+# The DOT_FONTSIZE tag can be used to set the size (in points) of the font of
+# dot graphs.
+# Minimum value: 4, maximum value: 24, default value: 10.
+# This tag requires that the tag HAVE_DOT is set to YES.
+
+DOT_FONTSIZE           = 10
+
+# By default doxygen will tell dot to use the default font as specified with
+# DOT_FONTNAME. If you specify a different font using DOT_FONTNAME you can set
+# the path where dot can find it using this tag.
+# This tag requires that the tag HAVE_DOT is set to YES.
+
+DOT_FONTPATH           =
+
+# If the CLASS_GRAPH tag is set to YES then doxygen will generate a graph for
+# each documented class showing the direct and indirect inheritance relations.
+# Setting this tag to YES will force the CLASS_DIAGRAMS tag to NO.
+# The default value is: YES.
+# This tag requires that the tag HAVE_DOT is set to YES.
+
+CLASS_GRAPH            = YES
+
+# If the COLLABORATION_GRAPH tag is set to YES then doxygen will generate a
+# graph for each documented class showing the direct and indirect implementation
+# dependencies (inheritance, containment, and class references variables) of the
+# class with other documented classes.
+# The default value is: YES.
+# This tag requires that the tag HAVE_DOT is set to YES.
+
+COLLABORATION_GRAPH    = YES
+
+# If the GROUP_GRAPHS tag is set to YES then doxygen will generate a graph for
+# groups, showing the direct groups dependencies.
+# The default value is: YES.
+# This tag requires that the tag HAVE_DOT is set to YES.
+
+GROUP_GRAPHS           = YES
+
+# If the UML_LOOK tag is set to YES doxygen will generate inheritance and
+# collaboration diagrams in a style similar to the OMG's Unified Modeling
+# Language.
+# The default value is: NO.
+# This tag requires that the tag HAVE_DOT is set to YES.
+
+UML_LOOK               = NO
+
+# If the UML_LOOK tag is enabled, the fields and methods are shown inside the
+# class node. If there are many fields or methods and many nodes the graph may
+# become too big to be useful. The UML_LIMIT_NUM_FIELDS threshold limits the
+# number of items for each type to make the size more manageable. Set this to 0
+# for no limit. Note that the threshold may be exceeded by 50% before the limit
+# is enforced. So when you set the threshold to 10, up to 15 fields may appear,
+# but if the number exceeds 15, the total amount of fields shown is limited to
+# 10.
+# Minimum value: 0, maximum value: 100, default value: 10.
+# This tag requires that the tag HAVE_DOT is set to YES.
+
+UML_LIMIT_NUM_FIELDS   = 10
+
+# If the TEMPLATE_RELATIONS tag is set to YES then the inheritance and
+# collaboration graphs will show the relations between templates and their
+# instances.
+# The default value is: NO.
+# This tag requires that the tag HAVE_DOT is set to YES.
+
+TEMPLATE_RELATIONS     = NO
+
+# If the INCLUDE_GRAPH, ENABLE_PREPROCESSING and SEARCH_INCLUDES tags are set to
+# YES then doxygen will generate a graph for each documented file showing the
+# direct and indirect include dependencies of the file with other documented
+# files.
+# The default value is: YES.
+# This tag requires that the tag HAVE_DOT is set to YES.
+
+INCLUDE_GRAPH          = YES
+
+# If the INCLUDED_BY_GRAPH, ENABLE_PREPROCESSING and SEARCH_INCLUDES tags are
+# set to YES then doxygen will generate a graph for each documented file showing
+# the direct and indirect include dependencies of the file with other documented
+# files.
+# The default value is: YES.
+# This tag requires that the tag HAVE_DOT is set to YES.
+
+INCLUDED_BY_GRAPH      = YES
+
+# If the CALL_GRAPH tag is set to YES then doxygen will generate a call
+# dependency graph for every global function or class method.
+#
+# Note that enabling this option will significantly increase the time of a run.
+# So in most cases it will be better to enable call graphs for selected
+# functions only using the \callgraph command.
+# The default value is: NO.
+# This tag requires that the tag HAVE_DOT is set to YES.
+
+CALL_GRAPH             = YES
+
+# If the CALLER_GRAPH tag is set to YES then doxygen will generate a caller
+# dependency graph for every global function or class method.
+#
+# Note that enabling this option will significantly increase the time of a run.
+# So in most cases it will be better to enable caller graphs for selected
+# functions only using the \callergraph command.
+# The default value is: NO.
+# This tag requires that the tag HAVE_DOT is set to YES.
+
+CALLER_GRAPH           = YES
+
+# If the GRAPHICAL_HIERARCHY tag is set to YES then doxygen will graphical
+# hierarchy of all classes instead of a textual one.
+# The default value is: YES.
+# This tag requires that the tag HAVE_DOT is set to YES.
+
+GRAPHICAL_HIERARCHY    = YES
+
+# If the DIRECTORY_GRAPH tag is set to YES then doxygen will show the
+# dependencies a directory has on other directories in a graphical way. The
+# dependency relations are determined by the #include relations between the
+# files in the directories.
+# The default value is: YES.
+# This tag requires that the tag HAVE_DOT is set to YES.
+
+DIRECTORY_GRAPH        = YES
+
+# The DOT_IMAGE_FORMAT tag can be used to set the image format of the images
+# generated by dot.
+# Note: If you choose svg you need to set HTML_FILE_EXTENSION to xhtml in order
+# to make the SVG files visible in IE 9+ (other browsers do not have this
+# requirement).
+# Possible values are: png, jpg, gif and svg.
+# The default value is: png.
+# This tag requires that the tag HAVE_DOT is set to YES.
+
+DOT_IMAGE_FORMAT       = png
+
+# If DOT_IMAGE_FORMAT is set to svg, then this option can be set to YES to
+# enable generation of interactive SVG images that allow zooming and panning.
+#
+# Note that this requires a modern browser other than Internet Explorer. Tested
+# and working are Firefox, Chrome, Safari, and Opera.
+# Note: For IE 9+ you need to set HTML_FILE_EXTENSION to xhtml in order to make
+# the SVG files visible. Older versions of IE do not have SVG support.
+# The default value is: NO.
+# This tag requires that the tag HAVE_DOT is set to YES.
+
+INTERACTIVE_SVG        = YES
+
+# The DOT_PATH tag can be used to specify the path where the dot tool can be
+# found. If left blank, it is assumed the dot tool can be found in the path.
+# This tag requires that the tag HAVE_DOT is set to YES.
+
+DOT_PATH               =
+
+# The DOTFILE_DIRS tag can be used to specify one or more directories that
+# contain dot files that are included in the documentation (see the \dotfile
+# command).
+# This tag requires that the tag HAVE_DOT is set to YES.
+
+DOTFILE_DIRS           =
+
+# The MSCFILE_DIRS tag can be used to specify one or more directories that
+# contain msc files that are included in the documentation (see the \mscfile
+# command).
+
+MSCFILE_DIRS           =
+
+# The DIAFILE_DIRS tag can be used to specify one or more directories that
+# contain dia files that are included in the documentation (see the \diafile
+# command).
+
+DIAFILE_DIRS           =
+
+# The DOT_GRAPH_MAX_NODES tag can be used to set the maximum number of nodes
+# that will be shown in the graph. If the number of nodes in a graph becomes
+# larger than this value, doxygen will truncate the graph, which is visualized
+# by representing a node as a red box. Note that doxygen if the number of direct
+# children of the root node in a graph is already larger than
+# DOT_GRAPH_MAX_NODES then the graph will not be shown at all. Also note that
+# the size of a graph can be further restricted by MAX_DOT_GRAPH_DEPTH.
+# Minimum value: 0, maximum value: 10000, default value: 50.
+# This tag requires that the tag HAVE_DOT is set to YES.
+
+DOT_GRAPH_MAX_NODES    = 50
+
+# The MAX_DOT_GRAPH_DEPTH tag can be used to set the maximum depth of the graphs
+# generated by dot. A depth value of 3 means that only nodes reachable from the
+# root by following a path via at most 3 edges will be shown. Nodes that lay
+# further from the root node will be omitted. Note that setting this option to 1
+# or 2 may greatly reduce the computation time needed for large code bases. Also
+# note that the size of a graph can be further restricted by
+# DOT_GRAPH_MAX_NODES. Using a depth of 0 means no depth restriction.
+# Minimum value: 0, maximum value: 1000, default value: 0.
+# This tag requires that the tag HAVE_DOT is set to YES.
+
+MAX_DOT_GRAPH_DEPTH    = 0
+
+# Set the DOT_TRANSPARENT tag to YES to generate images with a transparent
+# background. This is disabled by default, because dot on Windows does not seem
+# to support this out of the box.
+#
+# Warning: Depending on the platform used, enabling this option may lead to
+# badly anti-aliased labels on the edges of a graph (i.e. they become hard to
+# read).
+# The default value is: NO.
+# This tag requires that the tag HAVE_DOT is set to YES.
+
+DOT_TRANSPARENT        = NO
+
+# Set the DOT_MULTI_TARGETS tag to YES allow dot to generate multiple output
+# files in one run (i.e. multiple -o and -T options on the command line). This
+# makes dot run faster, but since only newer versions of dot (>1.8.10) support
+# this, this feature is disabled by default.
+# The default value is: NO.
+# This tag requires that the tag HAVE_DOT is set to YES.
+
+DOT_MULTI_TARGETS      = NO
+
+# If the GENERATE_LEGEND tag is set to YES doxygen will generate a legend page
+# explaining the meaning of the various boxes and arrows in the dot generated
+# graphs.
+# The default value is: YES.
+# This tag requires that the tag HAVE_DOT is set to YES.
+
+GENERATE_LEGEND        = YES
+
+# If the DOT_CLEANUP tag is set to YES doxygen will remove the intermediate dot
+# files that are used to generate the various graphs.
+# The default value is: YES.
+# This tag requires that the tag HAVE_DOT is set to YES.
+
+DOT_CLEANUP            = YES
diff --git a/docs/test.txt b/docs/test.txt
new file mode 100644 (file)
index 0000000..bd54eb7
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,207 @@
+18:05:54: Starting /home/alain/CloudStation/MMD_QM/MMD/build-MMD_1_11_2019-Desktop-Debug/MMD_1_11_2019...
+myPrimalMesh->vertex                     : 0 (0.000000,0.000000,0.000000)
+myPrimalMesh->vertex                     : 1 (0.000000,0.000000,1.000000)
+myPrimalMesh->vertex                     : 2 (0.000000,0.000000,2.000000)
+myPrimalMesh->vertex                     : 3 (0.000000,1.000000,0.000000)
+myPrimalMesh->vertex                     : 4 (0.000000,1.000000,1.000000)
+myPrimalMesh->vertex                     : 5 (0.000000,1.000000,2.000000)
+myPrimalMesh->vertex                     : 6 (0.000000,2.000000,0.000000)
+myPrimalMesh->vertex                     : 7 (0.000000,2.000000,1.000000)
+myPrimalMesh->vertex                     : 8 (0.000000,2.000000,2.000000)
+myPrimalMesh->vertex                     : 9 (1.000000,0.000000,0.000000)
+myPrimalMesh->vertex                     : 10 (1.000000,0.000000,1.000000)
+myPrimalMesh->vertex                     : 11 (1.000000,0.000000,2.000000)
+myPrimalMesh->vertex                     : 12 (1.000000,1.000000,0.000000)
+myPrimalMesh->vertex                     : 13 (1.000000,1.000000,1.000000)
+myPrimalMesh->vertex                     : 14 (1.000000,1.000000,2.000000)
+myPrimalMesh->vertex                     : 15 (1.000000,2.000000,0.000000)
+myPrimalMesh->vertex                     : 16 (1.000000,2.000000,1.000000)
+myPrimalMesh->vertex                     : 17 (1.000000,2.000000,2.000000)
+myPrimalMesh->vertex                     : 18 (2.000000,0.000000,0.000000)
+myPrimalMesh->vertex                     : 19 (2.000000,0.000000,1.000000)
+myPrimalMesh->vertex                     : 20 (2.000000,0.000000,2.000000)
+myPrimalMesh->vertex                     : 21 (2.000000,1.000000,0.000000)
+myPrimalMesh->vertex                     : 22 (2.000000,1.000000,1.000000)
+myPrimalMesh->vertex                     : 23 (2.000000,1.000000,2.000000)
+myPrimalMesh->vertex                     : 24 (2.000000,2.000000,0.000000)
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+18:05:54: /home/alain/CloudStation/MMD_QM/MMD/build-MMD_1_11_2019-Desktop-Debug/MMD_1_11_2019 exited with code 0
diff --git a/docs/test.vtk b/docs/test.vtk
new file mode 100644 (file)
index 0000000..67bab7c
--- /dev/null
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+8 8 9 17 16 10 11 19 18
+8 10 11 19 18 12 13 21 20
+8 12 13 21 20 14 15 23 22
+
+CELL_TYPES 6
+12
+12
+12
+12
+12
+12
+
+
diff --git a/src/main_2019.c b/src/main_2019.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..d90555c
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,2523 @@
+#include "mmd.h"
+#include "tensor.h"
+#include <signal.h>
+
+connectivity_int  hexaedron_localNodeList[HEXAHEDRON_FACES][QUAD]={ \
+  {0,3,2,1}, \
+  {0,1,5,4}, \
+  {0,4,7,3}, \
+  {1,2,6,5}, \
+  {4,5,6,7}, \
+  {3,7,6,2} \
+};
+
+
+connectivity_int  hexaedron_localNodeListNumbers[HEXAHEDRON_FACES]={ \
+  QUAD, \
+  QUAD, \
+  QUAD, \
+  QUAD, \
+  QUAD, \
+  QUAD \
+};
+
+
+
+connectivity_int  hexaedron_localSegmentList[HEXAHEDRON_SEGMENTS][SEGMENTVERTEX]={ \
+  {0,1}, \
+  {1,5}, \
+  {5,4}, \
+  {4,0}, \
+  {4,7}, \
+  {1,2}, \
+  {2,3}, \
+  {3,7}, \
+  {7,6}, \
+  {6,2}, \
+  {5,6}, \
+  {0,3} \
+};
+
+
+connectivity_int  hexaedron_localSegmentsListNumbers[HEXAHEDRON_SEGMENTS]={ \
+  SEGMENTVERTEX, \
+  SEGMENTVERTEX, \
+  SEGMENTVERTEX, \
+  SEGMENTVERTEX, \
+  SEGMENTVERTEX, \
+  SEGMENTVERTEX, \
+  SEGMENTVERTEX, \
+  SEGMENTVERTEX, \
+  SEGMENTVERTEX, \
+  SEGMENTVERTEX, \
+  SEGMENTVERTEX, \
+  SEGMENTVERTEX \
+};
+
+void rotate(connectivity_int arr[], connectivity_int n)
+{
+  connectivity_int x = arr[0], i;
+  for (i = 0; i <n-1; i++)
+    arr[i] = arr[i+1];
+  arr[n-1] = x;
+}
+
+clock_t startFunction(const char * functionName)
+{
+  affiche("%-40s :", functionName);
+
+  return clock();
+}
+
+void endFunction(const char * functionName, clock_t t)
+{
+  t = clock() - t;
+  double time_taken = ((double)t) / CLOCKS_PER_SEC; // in seconds
+
+  affiche(" %f seconds to execute \n", time_taken);
+
+}
+
+void removeDuplicates(connectivity_int arr[], connectivity_int * size)
+{
+  for(connectivity_int i=0; i<(*size); i++)
+    {
+      for(connectivity_int j=i+1; j<(*size); j++)
+        {
+          /* If any duplicate found */
+          if(arr[i] == arr[j])
+            {
+              /* Delete the current duplicate element */
+              for(connectivity_int k=j; k<(*size)-1; k++)
+                {
+                  arr[k] = arr[k + 1];
+                }
+
+              /* Decrement size after removing duplicate element */
+              (*size)--;
+
+              /* If shifting of elements occur then don't increment j */
+              j--;
+            }
+        }
+    }
+}
+
+void sortListConnectivity(connectivity_int a[], connectivity_int  n)
+{
+  connectivity_int tmp = 0;
+
+  for (connectivity_int i = 0; i < n; i++)                     //Loop for ascending ordering
+    {
+      for (connectivity_int j = 0; j < n; j++)             //Loop for comparing other values
+        {
+          if (a[j] > a[i])                //Comparing other array elements
+            {
+              tmp = a[i];         //Using temporary variable for storing last value
+              a[i] = a[j];            //replacing value
+              a[j] = tmp;             //storing last value
+            }
+        }
+    }
+
+}
+
+
+void sortList(connectivity_int ** vector,connectivity_int vectorSize, connectivity_int position)
+{
+
+  for(connectivity_int ii=0;ii<position;ii++)
+    rotate(*vector, vectorSize);
+
+}
+
+long findInList(connectivity_int * vector,connectivity_int vectorSize, connectivity_int value)
+{
+
+  for(connectivity_int ii=0;ii<vectorSize;ii++)
+    {
+      if(vector[ii]==value)
+        {
+          return (long)(ii);
+        }
+    }
+
+  return -1;
+
+}
+connectivity_int findMinInList(connectivity_int * vector,connectivity_int vectorSize)
+{
+
+  connectivity_int              position=0;
+
+  for(connectivity_int ii=1;ii<vectorSize;ii++)
+    {
+      if(vector[position]>vector[ii])
+        {
+          position=ii;
+        }
+    }
+
+  return(position);
+}
+
+
+void invertListSort(connectivity_int ** result,connectivity_int * vector,connectivity_int vectorSize)
+{
+  connectivity_int position = 0;
+
+  for(connectivity_int ii=0;ii<vectorSize;ii++)
+    (*result)[ii] = vector[vectorSize -1 - ii];
+  position = findMinInList((*result),vectorSize);
+  sortList(result, vectorSize, position);
+
+}
+
+void findListFromList(connectivity_int ** matrix, connectivity_int * matrixRowNumbers, connectivity_int size, connectivity_int * whatToFind, connectivity_int sizewhatToFind )
+{
+
+  //connectivity_int tmp = 0;
+
+  for (connectivity_int i = 0; i < size; i++)
+    {
+      if(findInList(matrix[i],matrixRowNumbers[i], whatToFind[0])!=-1)
+        {
+          for (connectivity_int j = 0; j < matrixRowNumbers[i]; j++)
+            {
+
+              for (connectivity_int k=1;k<sizewhatToFind;k++)
+                {
+
+                }
+
+            }
+        }
+    }
+
+}
+
+
+
+
+//#define allocMemoryForMatrix(x,y,z) _Generic((x), dataType: allocMemoryForMatrixDataType, char: allocMemoryForMatrixDataType)(x,y,z);
+void allocMemoryForMatrixDataType(dataType *** result, connectivity_int N, connectivity_int M )
+{
+
+  //    affiche("\n");
+  connectivity_int sum=0;
+
+  (*result) = (dataType **) malloc(N * sizeof(dataType *));
+  if((*result)==NULL)
+    {
+      debug_print("ERROR : %s %d %s\n",__FUNCTION__, __LINE__, __FILE__);
+      exit(1);
+    }
+  for(connectivity_int i=0; i<N; i++)
+    {
+      (*result)[i] = (dataType *) malloc(M * sizeof(dataType));
+      memset((*result)[i], 0.0, M*sizeof(connectivity_int));
+      if((*result)[i]==NULL)
+        {
+          debug_print("ERROR : %s %d %s\n",__FUNCTION__, __LINE__, __FILE__);
+          debug_print("i=%ld M=%ld N=%ld  \n",i, M, N);
+          exit(1);
+        }
+    }
+
+  sum = sizeof(dataType *)*N + M * sizeof(dataType) ;
+
+  affiche("%-40s : (%10ld bytes) : (%8.2f Mo)\n","Allocated Memory",sum, sum/1024000.0);
+
+
+
+}
+
+//#define allocMemoryForMatrix(x,y,z) _Generic((x), dataType: allocMemoryForMatrixDataType, char: allocMemoryForMatrixDataType)(x,y,z);
+void allocMemoryForVectorDataType(dataType ** result, connectivity_int N )
+{
+
+  //    affiche("\n");
+  connectivity_int sum=0;
+
+  (*result) = (dataType *) malloc(N * sizeof(dataType ));
+  if((*result)==NULL)
+    {
+      debug_print("ERROR : %s %d %s\n",__FUNCTION__, __LINE__, __FILE__);
+      exit(1);
+    }
+
+  sum = sizeof(dataType )*N ;
+
+  affiche("%-40s : (%10ld bytes) : (%8.2f Mo)\n","Allocated Memory",sum, sum/1024000.0);
+
+
+
+}
+
+
+//#define allocMemoryForMatrix(x,y,z) _Generic((x), dataType: allocMemoryForMatrixDataType, char: allocMemoryForMatrixDataType)(x,y,z);
+void allocMemoryForVectorConnectivity(connectivity_int ** result, connectivity_int N )
+{
+
+  //    affiche("\n");
+  connectivity_int sum=0;
+
+  (*result) = (connectivity_int *) malloc(N * sizeof(connectivity_int ));
+  if((*result)==NULL)
+    {
+      debug_print("ERROR : %s %d %s\n",__FUNCTION__, __LINE__, __FILE__);
+      exit(1);
+    }
+
+  sum = sizeof(connectivity_int )*N ;
+
+  affiche("%-40s : (%10ld bytes) : (%8.2f Mo)\n","Allocated Memory",sum, sum/1024000.0);
+
+
+
+}
+
+
+//#define allocMemoryForMatrix(x,y,z) _Generic((x), dataType: allocMemoryForMatrixDataType, char: allocMemoryForMatrixDataType)(x,y,z);
+void allocMemoryForMatrixConnectivity(connectivity_int *** result, connectivity_int N, connectivity_int M )
+{
+
+  //    affiche("\n");
+  connectivity_int sum=0;
+
+  (*result) = (connectivity_int **) malloc(N * sizeof(connectivity_int *));
+  if((*result)==NULL)
+    {
+      debug_print("ERROR : %s %d %s\n",__FUNCTION__, __LINE__, __FILE__);
+      exit(1);
+    }
+  for(connectivity_int i=0; i<N; i++)
+    {
+      (*result)[i] = (connectivity_int *) malloc(M * sizeof(connectivity_int));
+      memset((*result)[i], 0.0, M*sizeof(connectivity_int));
+      if((*result)[i]==NULL)
+        {
+          debug_print("ERROR : %s %d %s\n",__FUNCTION__, __LINE__, __FILE__);
+          debug_print("i=%ld M=%ld N=%ld  \n",i, M, N);
+          exit(1);
+        }
+    }
+
+  sum = sizeof(connectivity_int *)*N + M * sizeof(connectivity_int) ;
+
+  affiche("%-40s : (%10ld bytes) : (%8.2f Mo)\n","Allocated Memory",sum, sum/1024000.0);
+
+}
+
+
+void allocMemoryForSpecialMatrixConnectivity(connectivity_int *** result, connectivity_int N, connectivity_short *M )
+{
+
+  connectivity_int sum=0;
+
+  //    affiche("\n");
+
+  (*result) = (connectivity_int **) malloc(N * sizeof(connectivity_int *));
+  if((*result)==NULL)
+    {
+      debug_print("ERROR : %s %d %s\n",__FUNCTION__, __LINE__, __FILE__);
+      exit(1);
+    }
+  for(connectivity_int i=0; i<N; i++)
+    {
+      (*result)[i] = (connectivity_int *) malloc(M[i] * sizeof(connectivity_int));
+      memset((*result)[i], 0.0, M[i]*sizeof(connectivity_int));
+      sum+=M[i] * sizeof(connectivity_int);
+
+      if((*result)[i]==NULL) {
+          debug_print("ERROR : %s %d %s\n",__FUNCTION__, __LINE__, __FILE__);
+          debug_print("i=%ld M=%d N=%ld  \n",i, M[i], N);
+          exit(1);
+        }
+    }
+  sum = sizeof(connectivity_int *)*N + sum ;
+
+  affiche("%-40s : (%10ld bytes) : (%8.2f Mo)\n","Allocated Memory",sum, sum/1024000.0);
+
+}
+
+
+void allocMemory(struct primalMesh * myPrimalMesh)
+{
+  clock_t t=startFunction(__FUNCTION__);
+
+
+
+  //    myPrimalMesh->vertex = (dataType **) malloc(myPrimalMesh->vertexNumber * sizeof(dataType *));
+  //    //ERROR_TEST( (myPrimalMesh->vertex) );
+  //    for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->vertexNumber; i++)
+  //    {
+  //        myPrimalMesh->vertex[i] = (dataType *) malloc(DIM3D * sizeof(dataType));
+  //        memset(myPrimalMesh->vertex[i], 0.0, DIM3D*sizeof(dataType));
+  //    }
+
+  //    myPrimalMesh->cellToVertexNumber = (connectivity_short *) malloc(myPrimalMesh->cellNumber * sizeof(connectivity_short));
+
+
+
+  //    myPrimalMesh->faceToVertexNumber = (connectivity_short *) malloc(myPrimalMesh->faceNumber * sizeof(connectivity_short));
+
+
+  //    myPrimalMesh->faceCentres = (dataType **) malloc(myPrimalMesh->faceNumber * sizeof(dataType *));
+  //    for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->faceNumber; i++)
+  //    {
+  //        myPrimalMesh->faceCentres[i] = (dataType *) malloc(DIM3D * sizeof(dataType));
+  //        memset(myPrimalMesh->faceCentres[i], 0.0, DIM3D*sizeof(dataType));
+  //    }
+
+  //    myPrimalMesh->faceAreas = (dataType **) malloc(myPrimalMesh->faceNumber * sizeof(dataType*));
+  //    for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->faceNumber; i++)
+  //    {
+  //        myPrimalMesh->faceAreas[i] = (dataType *) malloc(DIM3D * sizeof(dataType));
+  //        memset(myPrimalMesh->faceAreas[i], 0.0, DIM3D*sizeof(dataType));
+  //    }
+
+  //    myPrimalMesh->volumeCentroid = (dataType **) malloc(myPrimalMesh->cellNumber * sizeof(dataType*));
+  //    for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->cellNumber; i++)
+  //    {
+  //        myPrimalMesh->volumeCentroid[i] = (dataType *) malloc(DIM3D * sizeof(dataType));
+  //        memset(myPrimalMesh->volumeCentroid[i], 0.0, DIM3D*sizeof(dataType));
+  //    }
+
+  //    //    myPrimalMesh->cellToFacesNumber = (connectivity_short*) malloc(myPrimalMesh->cellNumber * sizeof(connectivity_short));
+
+
+  //    myPrimalMesh->volume  = (dataType *) malloc(myPrimalMesh->cellNumber * sizeof(dataType));
+  //    memset(myPrimalMesh->volume, 0.0, myPrimalMesh->cellNumber*sizeof(dataType));
+
+
+
+  //    myPrimalMesh->segmentToVertex = (connectivity_int **) malloc(myPrimalMesh->segmentNumber * sizeof(connectivity_int*));
+  //    for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->segmentNumber; i++)
+  //    {
+  //        myPrimalMesh->segmentToVertex[i] = (connectivity_int *) malloc( SEGMENTVERTEX * sizeof(connectivity_int));
+  //        memset(myPrimalMesh->segmentToVertex[i], 0.0, SEGMENTVERTEX*sizeof(connectivity_int));
+  //    }
+
+
+
+  //    myPrimalMesh->faceToSegments = (connectivity_int **) malloc(myPrimalMesh->faceNumber * sizeof(connectivity_int*));
+  //    for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->faceNumber; i++)
+  //    {
+  //        myPrimalMesh->faceToSegments[i] = (connectivity_int *) malloc( QUAD * sizeof(connectivity_int));
+  //        memset(myPrimalMesh->faceToSegments[i], 0.0, QUAD*sizeof(connectivity_int));
+  //    }
+
+  //    myPrimalMesh->vertexToSegmentNumber  = (connectivity_short *) malloc(myPrimalMesh->vertexNumber * sizeof(connectivity_short));
+  //    memset(myPrimalMesh->vertexToSegmentNumber, 0.0, myPrimalMesh->vertexNumber*sizeof(connectivity_short));
+
+
+  endFunction(__FUNCTION__, t);
+
+}
+
+
+
+void allocMemory2(struct primalMesh * myPrimalMesh)
+{
+  clock_t t=startFunction(__FUNCTION__);
+
+
+  //    myPrimalMesh->cellToVertex = (connectivity_int **) malloc(myPrimalMesh->cellNumber * sizeof(connectivity_int *));
+  //    for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->cellNumber; i++)
+  //    {
+  //        myPrimalMesh->cellToVertex[i] = (connectivity_int *) malloc(myPrimalMesh->cellToVertexNumber[i] * sizeof(connectivity_int));
+  //        memset(myPrimalMesh->cellToVertex[i], 0, myPrimalMesh->cellToVertexNumber[i]*sizeof(connectivity_int));
+  //    }
+
+  //    myPrimalMesh->faceToVertex = (connectivity_int **) malloc(myPrimalMesh->faceNumber * sizeof(connectivity_int *));
+  //    for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->faceNumber; i++)
+  //    {
+  //        myPrimalMesh->faceToVertex[i] = (connectivity_int *) malloc(myPrimalMesh->faceToVertexNumber[i] * sizeof(connectivity_int));
+  //        memset(myPrimalMesh->faceToVertex[i], 0, myPrimalMesh->faceToVertexNumber[i]*sizeof(connectivity_int));
+  //    }
+
+  //    myPrimalMesh->cellToFaces = (connectivity_int **) malloc(myPrimalMesh->cellNumber * sizeof(connectivity_int *));
+  //    for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->cellNumber; i++)
+  //    {
+  //        myPrimalMesh->cellToFaces[i] = (connectivity_int *) malloc(myPrimalMesh->cellToFacesNumber[i] * sizeof(connectivity_int));
+  //        memset(myPrimalMesh->cellToFaces[i], 0, myPrimalMesh->cellToFacesNumber[i]*sizeof(connectivity_int));
+  //    }
+
+
+
+  endFunction(__FUNCTION__, t);
+
+}
+
+void freeMemory(struct primalMesh * myPrimalMesh)
+{
+  clock_t t=startFunction(__FUNCTION__);
+
+
+  if(myPrimalMesh->vertex!=NULL){
+      for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->vertexNumber; i++)
+        {
+          if(myPrimalMesh->vertex[i]!=NULL)
+            free(myPrimalMesh->vertex[i]);
+        }
+      free(myPrimalMesh->vertex);
+    }
+
+  if(myPrimalMesh->cellToVertexNumber!=NULL){
+      free(myPrimalMesh->cellToVertexNumber);
+    }
+
+  if(myPrimalMesh->cellToVertex!=NULL){
+      for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->cellNumber; i++)
+        {
+          if(myPrimalMesh->cellToVertex[i]!=NULL)
+            free(myPrimalMesh->cellToVertex[i]);
+        }
+      free(myPrimalMesh->cellToVertex);
+    }
+
+  if(myPrimalMesh->faceToVertex!=NULL){
+      for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->faceNumber; i++)
+        {
+          if(myPrimalMesh->faceToVertex[i]!=NULL)
+            free(myPrimalMesh->faceToVertex[i]);
+        }
+      free(myPrimalMesh->faceToVertex);
+    }
+
+  if(myPrimalMesh->faceToVertexNumber!=NULL){
+      free(myPrimalMesh->faceToVertexNumber);
+    }
+
+  if(myPrimalMesh->faceCentres!=NULL){
+      for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->faceNumber; i++)
+        {
+          if(myPrimalMesh->faceCentres[i]!=NULL)
+            free(myPrimalMesh->faceCentres[i]);
+        }
+      free(myPrimalMesh->faceCentres);
+    }
+
+
+  if(myPrimalMesh->faceAreas!=NULL){
+      for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->faceNumber; i++)
+        {
+          if(myPrimalMesh->faceAreas[i]!=NULL)
+            free(myPrimalMesh->faceAreas[i]);
+        }
+      free(myPrimalMesh->faceAreas);
+    }
+
+  if(myPrimalMesh->cellToFaces!=NULL){
+      for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->cellNumber; i++)
+        {
+          if(myPrimalMesh->cellToFaces[i]!=NULL)
+            free(myPrimalMesh->cellToFaces[i]);
+        }
+      free(myPrimalMesh->cellToFaces);
+    }
+
+  if(myPrimalMesh->volumeCentroid!=NULL){
+      for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->cellNumber; i++)
+        {
+          if(myPrimalMesh->volumeCentroid[i]!=NULL)
+            free(myPrimalMesh->volumeCentroid[i]);
+        }
+      free(myPrimalMesh->volumeCentroid);
+    }
+
+  if(myPrimalMesh->cellToFacesNumber!=NULL){
+      free(myPrimalMesh->cellToFacesNumber);
+    }
+
+  if(myPrimalMesh->volume!=NULL){
+      free(myPrimalMesh->volume);
+    }
+
+
+  //  if(myPrimalMesh->segmentToVertex!=NULL){
+  //      for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->segmentNumber; i++)
+  //        {
+  //          if(myPrimalMesh->segmentToVertex[i]!=NULL)
+  //            free(myPrimalMesh->segmentToVertex[i]);
+  //        }
+  //      free(myPrimalMesh->segmentToVertex);
+  //    }
+
+  if(myPrimalMesh->faceToSegments!=NULL){
+      for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->faceNumber; i++)
+        {
+          if(myPrimalMesh->faceToSegments[i]!=NULL)
+            free(myPrimalMesh->faceToSegments[i]);
+        }
+      free(myPrimalMesh->faceToSegments);
+    }
+
+
+  if(myPrimalMesh->vertexToSegmentNumber!=NULL){
+      free(myPrimalMesh->vertexToSegmentNumber);
+    }
+
+
+  if(myPrimalMesh->vertexToSegments!=NULL){
+      for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->vertexNumber; i++)
+        {
+          if(myPrimalMesh->vertexToSegments[i]!=NULL)
+            free(myPrimalMesh->vertexToSegments[i]);
+        }
+      free(myPrimalMesh->vertexToSegments);
+    }
+
+
+
+  if(myPrimalMesh->vertexToCells!=NULL){
+      for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->vertexNumber; i++)
+        {
+          if(myPrimalMesh->vertexToCells[i]!=NULL)
+            free(myPrimalMesh->vertexToCells[i]);
+        }
+      free(myPrimalMesh->vertexToCells);
+    }
+
+
+
+  if(myPrimalMesh->vertexToCells!=NULL){
+
+      free(myPrimalMesh->vertexToCellNumbers);
+    }
+
+
+  if(myPrimalMesh->cellToCellsNumbers!=NULL){
+
+      free(myPrimalMesh->cellToCellsNumbers);
+    }
+
+
+  if(myPrimalMesh->cellToCells!=NULL){
+      for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->cellNumber; i++)
+        {
+          if(myPrimalMesh->cellToCells[i]!=NULL)
+            free(myPrimalMesh->cellToCells[i]);
+        }
+      free(myPrimalMesh->cellToCells);
+    }
+
+
+
+  if(myPrimalMesh->faces!=NULL){
+      for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->faceNumber; i++)
+        {
+          if(myPrimalMesh->faces[i]!=NULL)
+            free(myPrimalMesh->faces[i]);
+        }
+      free(myPrimalMesh->faces);
+    }
+
+
+  if(myPrimalMesh->cellToFacesOwnerNumber!=NULL)
+    free(myPrimalMesh->cellToFacesOwnerNumber);
+  if(myPrimalMesh->cellToFacesNeighbourNumber!=NULL)
+    free(myPrimalMesh->cellToFacesNeighbourNumber);
+
+
+  if(myPrimalMesh->cellToFacesNeighbour!=NULL){
+      for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->cellNumber; i++)
+        {
+          if(myPrimalMesh->cellToFacesNeighbour[i]!=NULL)
+            free(myPrimalMesh->cellToFacesNeighbour[i]);
+        }
+      free(myPrimalMesh->cellToFacesNeighbour);
+    }
+
+
+  if(myPrimalMesh->cellToFacesOwner!=NULL){
+      for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->cellNumber; i++)
+        {
+          if(myPrimalMesh->cellToFacesOwner[i]!=NULL)
+            free(myPrimalMesh->cellToFacesOwner[i]);
+        }
+      free(myPrimalMesh->cellToFacesOwner);
+    }
+
+
+  if(myPrimalMesh->segments!=NULL){
+      for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->segmentNumber; i++)
+        {
+          if(myPrimalMesh->segments[i]!=NULL)
+            free(myPrimalMesh->segments[i]);
+        }
+      free(myPrimalMesh->segments);
+    }
+
+
+
+  if(myPrimalMesh->vertexToSegmentOwner!=NULL){
+      for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->vertexNumber; i++)
+        {
+          if(myPrimalMesh->vertexToSegmentOwner[i]!=NULL)
+            free(myPrimalMesh->vertexToSegmentOwner[i]);
+        }
+      free(myPrimalMesh->vertexToSegmentOwner);
+    }
+
+
+
+  if(myPrimalMesh->vertexToSegmentNeighbour!=NULL){
+      for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->vertexNumber; i++)
+        {
+          if(myPrimalMesh->vertexToSegmentNeighbour[i]!=NULL)
+            free(myPrimalMesh->vertexToSegmentNeighbour[i]);
+        }
+      free(myPrimalMesh->vertexToSegmentNeighbour);
+    }
+
+
+  if(myPrimalMesh->vertexToSegmentOwnerNumber!=NULL)
+    free(myPrimalMesh->vertexToSegmentOwnerNumber);
+  if(myPrimalMesh->vertexToSegmentNeighbourNumber!=NULL)
+    free(myPrimalMesh->vertexToSegmentNeighbourNumber);
+
+
+
+
+  if(myPrimalMesh->segmentToFaceOwnerNumber!=NULL)
+    free(myPrimalMesh->segmentToFaceOwnerNumber);
+
+
+  if(myPrimalMesh->segmentToFaceOwner!=NULL){
+      for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->segmentNumber; i++)
+        {
+          if(myPrimalMesh->segmentToFaceOwner[i]!=NULL)
+            free(myPrimalMesh->segmentToFaceOwner[i]);
+        }
+      free(myPrimalMesh->segmentToFaceOwner);
+    }
+
+  if(myPrimalMesh->segmentToFaceNeighbourNumber!=NULL)
+    free(myPrimalMesh->segmentToFaceNeighbourNumber);
+
+  if(myPrimalMesh->segmentToFaceNeighbour!=NULL){
+      for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->segmentNumber; i++)
+        {
+          if(myPrimalMesh->segmentToFaceNeighbour[i]!=NULL)
+            free(myPrimalMesh->segmentToFaceNeighbour[i]);
+        }
+      free(myPrimalMesh->segmentToFaceNeighbour);
+    }
+
+  endFunction(__FUNCTION__, t);
+
+}
+
+
+
+void setHexahedreVertex(struct primalMesh * myPrimalMesh)
+{
+
+  //    clock_t t;
+  //    t = clock();
+
+  clock_t t=startFunction(__FUNCTION__);
+  affiche("\n");
+
+  // definition des vertex
+  connectivity_int it_vertex=0;
+  //    connectivity_int it_cell=0;
+
+  dataType L=myPrimalMesh->L/myPrimalMesh->M;
+  dataType l=myPrimalMesh->l/myPrimalMesh->N;
+  dataType H=myPrimalMesh->H/myPrimalMesh->P;
+
+  allocMemoryForMatrixDataType(&(myPrimalMesh->vertex) , myPrimalMesh->vertexNumber,DIM3D);
+
+  //    myPrimalMesh->vertex = (dataType **) malloc(myPrimalMesh->vertexNumber * sizeof(dataType *));
+  //    //ERROR_TEST( (myPrimalMesh->vertex) );
+  //    for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->vertexNumber; i++)
+  //    {
+  //        myPrimalMesh->vertex[i] = (dataType *) malloc(DIM3D * sizeof(dataType));
+  //        memset(myPrimalMesh->vertex[i], 0.0, DIM3D*sizeof(dataType));
+  //    }
+
+  for(connectivity_int i=0;i<myPrimalMesh->M+1;i++)
+    for(connectivity_int j=0;j<myPrimalMesh->N+1;j++)
+      for(connectivity_int k=0;k<myPrimalMesh->P+1;k++)
+        {
+          it_vertex = k + j*(myPrimalMesh->P+1) +i*(myPrimalMesh->P+1)*(myPrimalMesh->N+1);
+          myPrimalMesh->vertex[it_vertex][0] = i * L;
+          myPrimalMesh->vertex[it_vertex][1] = j * l;
+          myPrimalMesh->vertex[it_vertex][2] = k * H;
+          debug_print("%-40s : %ld (%f,%f,%f)\n","myPrimalMesh->vertex", it_vertex, myPrimalMesh->vertex[it_vertex][0], myPrimalMesh->vertex[it_vertex][1], myPrimalMesh->vertex[it_vertex][2]);
+        }
+
+  endFunction(__FUNCTION__, t);
+
+
+}
+
+void setHexahedreCellToVertexNumber(struct primalMesh * myPrimalMesh)
+{
+  clock_t t=startFunction(__FUNCTION__);
+
+  // definition des vertex
+  //    connectivity_int it_vertex=0;
+  connectivity_int it_cell=0;
+
+
+  myPrimalMesh->cellToVertexNumber = (connectivity_int *) malloc(myPrimalMesh->cellNumber * sizeof(connectivity_int));
+
+  // hexaedron number of vertex on hexaedron
+  for(connectivity_int i=0;i<myPrimalMesh->M;i++)
+    for(connectivity_int j=0;j<myPrimalMesh->N;j++)
+      for(connectivity_int k=0;k<myPrimalMesh->P;k++)
+        {
+          it_cell     = k + j*myPrimalMesh->P + i*myPrimalMesh->P*myPrimalMesh->N;
+          myPrimalMesh->cellToVertexNumber[it_cell]=HEXAHEDRON;
+          debug_print("%-40s : %ld (%ld)\n","myPrimalMesh->cellToVertexNumber", it_cell, myPrimalMesh->cellToVertexNumber[it_cell] );
+        }
+  endFunction(__FUNCTION__, t);
+
+}
+
+
+//void setHexahedreFaceToVertexNumber(struct primalMesh * myPrimalMesh)
+//{
+//  // vertex number on faces
+//  clock_t t=startFunction(__FUNCTION__);
+
+//  myPrimalMesh->faceToVertexNumber = (connectivity_short *) malloc(myPrimalMesh->faceNumber * sizeof(connectivity_short));
+
+//  for(connectivity_int i=0;i<myPrimalMesh->faceNumber;i++)
+//    {
+
+
+//      myPrimalMesh->faceToVertexNumber[i] = QUAD;
+
+//      debug_print( "%-40s : %ld (%d)\n",
+//                   "myPrimalMesh.faceToVertexNumber",
+//                   i,
+//                   myPrimalMesh->faceToVertexNumber[i]
+//                   );
+
+
+//    }
+//  endFunction(__FUNCTION__, t);
+//}
+
+//void setHexahedreCellToFacesNumber(struct primalMesh * myPrimalMesh)
+//{
+
+//  clock_t t=startFunction(__FUNCTION__);
+
+//  myPrimalMesh->cellToFacesNumber = (connectivity_short*) malloc(myPrimalMesh->cellNumber * sizeof(connectivity_short));
+
+
+//  for (connectivity_int i=0;i<myPrimalMesh->cellNumber;i++)
+//    {
+//      if(myPrimalMesh->cellToVertexNumber[i] == HEXAHEDRON)
+//        myPrimalMesh->cellToFacesNumber[i] = HEXAHEDRON_FACES;
+
+//    }
+
+//  for(connectivity_int ii=0;ii<myPrimalMesh->cellNumber;ii++)
+//    {
+//      debug_print( "%-40s : %ld (%d) \n" ,"myPrimalMesh->cellToFacesNumber", ii, myPrimalMesh->cellToFacesNumber[ii]);
+//    }
+//  endFunction(__FUNCTION__, t);
+//}
+
+
+void setHexahedreCellToVertex(struct primalMesh * myPrimalMesh)
+{
+
+  clock_t t=startFunction(__FUNCTION__);
+
+  connectivity_int it_vertex=0;
+  connectivity_int it_vertex2=0;
+  connectivity_int it_vertex3=0;
+  connectivity_int it_vertex4=0;
+  connectivity_int it_vertex5=0;
+  connectivity_int it_vertex6=0;
+  connectivity_int it_vertex7=0;
+  connectivity_int it_vertex8=0;
+  connectivity_int it_cell=0;
+  // cell 0 : 0 1 9 8 / 2 3 11 10
+  // hexaedron vertex number to define hexaedron
+
+  connectivity_int vN1 = (myPrimalMesh->P+1) ;
+  connectivity_int vN2 = (myPrimalMesh->P+1)*(myPrimalMesh->N+1) ;
+  connectivity_int cN1 = myPrimalMesh->P*myPrimalMesh->N;
+
+
+
+  myPrimalMesh->cellToVertex = (connectivity_int **) malloc(myPrimalMesh->cellNumber * sizeof(connectivity_int *));
+  for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->cellNumber; i++)
+    {
+      myPrimalMesh->cellToVertex[i] = (connectivity_int *) malloc(myPrimalMesh->cellToVertexNumber[i] * sizeof(connectivity_int));
+      memset(myPrimalMesh->cellToVertex[i], 0, myPrimalMesh->cellToVertexNumber[i]*sizeof(connectivity_int));
+    }
+
+
+  for(connectivity_int i=0;i<myPrimalMesh->M;i++)
+    for(connectivity_int j=0;j<myPrimalMesh->N;j++)
+      for(connectivity_int k=0;k<myPrimalMesh->P;k++)
+        {
+          it_cell     = k + j*myPrimalMesh->P + i*cN1; //cN1 = myPrimalMesh->P*myPrimalMesh->N;
+
+          /*
+*                 it_vertex =   k      + j*(myPrimalMesh->P+1) +i*(myPrimalMesh->P+1)*(myPrimalMesh->N+1);
+            it_vertex2 = (k + 1) + j*(myPrimalMesh->P+1) +i*(myPrimalMesh->P+1)*(myPrimalMesh->N+1);
+            it_vertex3 = (k + 1) + j*(myPrimalMesh->P+1) +(i+1)*(myPrimalMesh->P+1)*(myPrimalMesh->N+1);
+            it_vertex4 =  k      + j*(myPrimalMesh->P+1) +(i+1)*(myPrimalMesh->P+1)*(myPrimalMesh->N+1);
+*/
+          it_vertex =   k      + j*vN1 +i*vN2; // vN2 = (myPrimalMesh->P+1)*(myPrimalMesh->N+1);
+          it_vertex2 = it_vertex  + 1;
+          it_vertex3 = it_vertex2 + vN2; // vN2 = (myPrimalMesh->P+1)*(myPrimalMesh->N+1);
+          it_vertex4 = it_vertex3 - 1;
+
+          myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][0]=it_vertex;
+          myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][1]=it_vertex2;
+          myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][2]=it_vertex3;
+          myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][3]=it_vertex4;
+
+
+
+          it_vertex5 =  k      + (j+1)*vN1 +i*vN2;
+          it_vertex6 = (k + 1) + (j+1)*vN1 +i*vN2;
+          it_vertex7 = (k + 1) + (j+1)*vN1 +(i+1)*vN2;
+          it_vertex8 =  k      + (j+1)*vN1 +(i+1)*vN2;
+
+          myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][4]=it_vertex5;
+          myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][5]=it_vertex6;
+          myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][6]=it_vertex7;
+          myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][7]=it_vertex8;
+
+
+
+          debug_print("%-40s : %ld (%ld %ld %ld %ld %ld %ld %ld %ld)\n",
+                      "myPrimalMesh->cellToVertex",
+                      it_cell,
+                      myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][0],
+              myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][1],
+              myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][2],
+              myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][3],
+              myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][4],
+              myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][5],
+              myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][6],
+              myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][7] );
+        }
+  endFunction(__FUNCTION__, t);
+}
+
+
+//void setHexahedreFaceToVertex(struct primalMesh * myPrimalMesh)
+//{
+
+//  clock_t t=startFunction(__FUNCTION__);
+//  affiche("\n");
+
+//  connectivity_int it_cell=0;
+
+//  // vertex number on faces
+//  connectivity_int cN1 =  myPrimalMesh->P*myPrimalMesh->N;
+
+//  connectivity_int it_surface=0;
+//  connectivity_int it_face=0;
+
+
+//  allocMemoryForSpecialMatrixConnectivity(&(myPrimalMesh->faceToVertex),myPrimalMesh->faceNumber, myPrimalMesh->faceToVertexNumber);
+
+
+
+//  for(connectivity_int i=0;i<myPrimalMesh->M;i++)
+//    for(connectivity_int j=0;j<myPrimalMesh->N;j++)
+//      for(connectivity_int k=0;k<myPrimalMesh->P;k++)
+//        {
+//          //it_surface = k + j*(myPrimalMesh->P+1) + i*(myPrimalMesh->P+1)*(myPrimalMesh->N+1);
+//          it_cell     = k + j*myPrimalMesh->P + i*cN1; //cN1 = myPrimalMesh->P*myPrimalMesh->N;
+//          it_face     = 0;
+
+//          if(myPrimalMesh->cellToVertexNumber[it_cell] == HEXAHEDRON)
+//            {
+//              connectivity_int vertexList[HEXAHEDRON];
+//              // FACE 1
+//              myPrimalMesh->faceToVertex[it_surface][0] = myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][0];
+//              myPrimalMesh->faceToVertex[it_surface][1] = myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][3];
+//              myPrimalMesh->faceToVertex[it_surface][2] = myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][2];
+//              myPrimalMesh->faceToVertex[it_surface][3] = myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][1];
+
+//              //                    vertexList[0] = myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][0];
+//              //                    vertexList[1] = myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][3];
+//              //                    vertexList[2] = myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][2];
+//              //                    vertexList[3] = myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][1];
+
+//              //                    // FAIRE TRIER LISTE
+//              //                    // INVERT LISTE et TRIER LISTE
+
+//              //                    myPrimalMesh->faceToVertex[it_surface][0] = vertexList[0];
+//              //                    myPrimalMesh->faceToVertex[it_surface][1] = vertexList[3];
+//              //                    myPrimalMesh->faceToVertex[it_surface][2] = vertexList[2];
+//              //                    myPrimalMesh->faceToVertex[it_surface][3] = vertexList[1];
+
+//              it_surface+=1;
+
+//              // FACE 2
+//              myPrimalMesh->faceToVertex[it_surface][0] = myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][0];
+//              myPrimalMesh->faceToVertex[it_surface][1] = myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][1];
+//              myPrimalMesh->faceToVertex[it_surface][2] = myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][5];
+//              myPrimalMesh->faceToVertex[it_surface][3] = myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][4];
+
+//              it_surface+=1;
+
+
+//              // FACE 3
+//              myPrimalMesh->faceToVertex[it_surface][0] = myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][0];
+//              myPrimalMesh->faceToVertex[it_surface][1] = myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][4];
+//              myPrimalMesh->faceToVertex[it_surface][2] = myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][7];
+//              myPrimalMesh->faceToVertex[it_surface][3] = myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][3];
+
+//              it_surface+=1;
+
+
+//              // FACE 4
+//              myPrimalMesh->faceToVertex[it_surface][0] = myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][1];
+//              myPrimalMesh->faceToVertex[it_surface][1] = myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][2];
+//              myPrimalMesh->faceToVertex[it_surface][2] = myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][6];
+//              myPrimalMesh->faceToVertex[it_surface][3] = myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][5];
+
+//              it_surface+=1;
+
+
+//              // FACE 5
+//              myPrimalMesh->faceToVertex[it_surface][0] = myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][4];
+//              myPrimalMesh->faceToVertex[it_surface][1] = myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][5];
+//              myPrimalMesh->faceToVertex[it_surface][2] = myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][6];
+//              myPrimalMesh->faceToVertex[it_surface][3] = myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][7];
+
+//              it_surface+=1;
+
+
+//              // FACE 6
+//              myPrimalMesh->faceToVertex[it_surface][0] = myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][3];
+//              myPrimalMesh->faceToVertex[it_surface][1] = myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][7];
+//              myPrimalMesh->faceToVertex[it_surface][2] = myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][6];
+//              myPrimalMesh->faceToVertex[it_surface][3] = myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][2];
+
+//              it_surface+=1;
+
+//            }
+
+//        }
+
+//  for(connectivity_int k=0;k<myPrimalMesh->faceNumber;k++)
+//    {
+//      debug_print( "%-40s : %ld ( ","myPrimalMesh->faceToVertex", k);
+
+//      for(connectivity_int ii=0;ii<myPrimalMesh->faceToVertexNumber[k];ii++)
+//        {
+//          debug_print( "%ld " , myPrimalMesh->faceToVertex[k][ii]);
+//        }
+//      debug_print(")\n");
+//    }
+
+
+//  endFunction(__FUNCTION__, t);
+
+//}
+
+void setHexahedreVertexToCellNumbers(struct primalMesh * myPrimalMesh)
+{
+
+  clock_t t=startFunction(__FUNCTION__);
+  affiche("\n");
+
+  myPrimalMesh->vertexToCellNumbers = (connectivity_int *) malloc(myPrimalMesh->vertexNumber * sizeof(connectivity_int));
+  memset(myPrimalMesh->vertexToCellNumbers, 0, myPrimalMesh->vertexNumber*sizeof(connectivity_int));
+
+  for(connectivity_int k=0;k<myPrimalMesh->cellNumber;k++)
+    {
+      for(connectivity_int i=0;i<myPrimalMesh->cellToVertexNumber[k];i++)
+        {
+          myPrimalMesh->vertexToCellNumbers[myPrimalMesh->cellToVertex[k][i]]++;
+        }
+    }
+
+
+  for(connectivity_int k=0;k<myPrimalMesh->cellNumber;k++)
+    {
+      debug_print( "%-40s : %ld ( ","myPrimalMesh->vertexToCellNumbers", k);
+
+      {
+        debug_print( "%ld " , myPrimalMesh->vertexToCellNumbers[k]);
+      }
+      debug_print(")\n");
+    }
+
+  endFunction(__FUNCTION__, t);
+
+}
+
+
+
+
+void setHexahedreVertexToCells(struct primalMesh * myPrimalMesh)
+{
+
+  clock_t t=startFunction(__FUNCTION__);
+  affiche("\n");
+
+  connectivity_int * tmp ;
+
+  myPrimalMesh->vertexToCells = (connectivity_int **) malloc(myPrimalMesh->vertexNumber * sizeof(connectivity_int *));
+
+  for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->vertexNumber; i++)
+    {
+      myPrimalMesh->vertexToCells[i] = (connectivity_int *) malloc(myPrimalMesh->vertexToCellNumbers[i] * sizeof(connectivity_int));
+      memset(myPrimalMesh->vertexToCells[i], 0, myPrimalMesh->vertexToCellNumbers[i]*sizeof(connectivity_int));
+    }
+
+  tmp = (connectivity_int *) malloc(myPrimalMesh->vertexNumber * sizeof(connectivity_int));
+  memset(tmp,0, myPrimalMesh->vertexNumber * sizeof(connectivity_int));
+
+  for(connectivity_int k=0;k<myPrimalMesh->cellNumber;k++)
+    {
+      for(connectivity_int i=0;i<myPrimalMesh->cellToVertexNumber[k];i++)
+        {
+          myPrimalMesh->vertexToCells[myPrimalMesh->cellToVertex[k][i]][tmp[myPrimalMesh->cellToVertex[k][i]]] = k;
+          tmp[myPrimalMesh->cellToVertex[k][i]]++;
+        }
+    }
+
+
+
+
+
+  for(connectivity_int k=0;k<myPrimalMesh->vertexNumber;k++)
+    {
+      debug_print( "%-40s : %ld ( ","myPrimalMesh->vertexToCells", k);
+
+      for(connectivity_int ii=0;ii<myPrimalMesh->vertexToCellNumbers[k];ii++)
+        {
+          debug_print( "%ld " , myPrimalMesh->vertexToCells[k][ii]);
+        }
+      debug_print(")\n");
+    }
+
+  free(tmp);
+
+  endFunction(__FUNCTION__, t);
+
+
+}
+
+
+
+/*
+void setHexahedreSegmentToVertex(struct primalMesh * myPrimalMesh)
+{
+
+    clock_t t=startFunction(__FUNCTION__);
+    affiche("\n");
+
+    connectivity_int it_cell=0;
+
+    // vertex number on faces
+    connectivity_int cN1 =  myPrimalMesh->P*myPrimalMesh->N;
+
+    connectivity_int it_face=0;
+    connectivity_int it_segment=0;
+
+    allocMemoryForMatrixConnectivity(&(myPrimalMesh->segmentToVertex),myPrimalMesh->segmentNumber,SEGMENTVERTEX);
+    connectivity_int * vertexList= (connectivity_int *) malloc(SEGMENTVERTEX * sizeof(connectivity_int));
+    connectivity_int position=0;
+
+    myPrimalMesh->cellToCells = (connectivity_int **) malloc((myPrimalMesh->cellNumber+1) * sizeof(connectivity_int *));
+    //    myPrimalMesh->cellToCellsNumbers = (connectivity_int *) malloc( (myPrimalMesh->cellNumber+1) * sizeof(connectivity_int));
+    connectivity_int * toto=(connectivity_int * ) malloc(sizeof (connectivity_int)*SEGMENTVERTEX);
+    //    connectivity_int * cellList  = (connectivity_int * ) malloc(sizeof (connectivity_int)*cellNumbers);
+    connectivity_int * cellList  = (connectivity_int * ) malloc(sizeof (connectivity_int)*1024);
+
+    for(connectivity_int i=0;i<myPrimalMesh->M;i++)
+        for(connectivity_int j=0;j<myPrimalMesh->N;j++)
+            for(connectivity_int k=0;k<myPrimalMesh->P;k++)
+            {
+                //it_surface = k + j*(myPrimalMesh->P+1) + i*(myPrimalMesh->P+1)*(myPrimalMesh->N+1);
+                it_cell     = k + j*myPrimalMesh->P + i*cN1; //cN1 = myPrimalMesh->P*myPrimalMesh->N;
+                it_face     = 0;
+
+                if(myPrimalMesh->cellToVertexNumber[it_cell] == HEXAHEDRON)
+                {
+
+
+
+                    connectivity_int cellNumbers = 0 ;
+
+                    for (connectivity_short facei=0;facei<HEXAHEDRON_FACES;facei++)
+                    {
+                        for (connectivity_short vertexi=0;vertexi<QUAD;vertexi++)
+                        {
+                            connectivity_int position;
+
+                            //                            myPrimalMesh->segmentToVertex[it_segment][0] =myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][hexaedron_localNodeList[facei][vertexi]];
+                            //                            myPrimalMesh->segmentToVertex[it_segment][1] =myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][hexaedron_localNodeList[facei][(vertexi+1) % QUAD]];
+                            //                            it_segment++;
+                            toto[0] =myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][hexaedron_localNodeList[facei][vertexi]];
+                            toto[1] =myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][hexaedron_localNodeList[facei][(vertexi+1) % QUAD]];
+
+                            // select cells
+
+                            //cellNumbers += myPrimalMesh->vertexToCellNumbers[toto[0]] + myPrimalMesh->vertexToCellNumbers[toto[1]] ;
+
+
+                            connectivity_int jj=0;
+
+                            for(connectivity_int kk=0;kk<SEGMENTVERTEX;kk++)
+                            {
+                                for(connectivity_int ii=0;ii<myPrimalMesh->vertexToCellNumbers[toto[kk]];ii++)
+                                {
+                                    if(findInList(cellList,cellNumbers, myPrimalMesh->vertexToCells[toto[kk]][ii])==-1)
+                                    {
+                                        cellList[cellNumbers + jj]=myPrimalMesh->vertexToCells[toto[kk]][ii];
+
+                                        jj++;
+
+                                        //cellNumbers++;
+                                    }
+                                }
+                            }
+                            cellNumbers+=jj;
+
+                            //                            removeDuplicates(cellList, &cellNumbers);
+                            //                            sortListConnectivity(cellList, cellNumbers);
+
+                            jj=0;
+
+                            debug_print( "%-40s : Celli (%ld) Facei (%d) Vertexi (%d) -> VERTEX (%7ld %7ld) -> CELL LIST ( ","cellList", it_cell, facei, vertexi,toto[0],toto[1]);
+
+                            for(connectivity_int ii=0;ii<cellNumbers;ii++)
+                            {
+
+                                debug_print("%ld ",cellList[jj]);
+                                jj++;
+
+                            }
+
+                            debug_print(")\n");
+
+
+                        }
+                    }
+
+
+                    //                    removeDuplicates(cellList, &cellNumbers);
+                    //                    sortListConnectivity(cellList, cellNumbers);
+
+                    myPrimalMesh->cellToCells[it_cell]=(connectivity_int *) malloc(sizeof (connectivity_int)*cellNumbers);
+
+                    for(connectivity_int kk=0;kk<cellNumbers;kk++)
+                    {
+                        myPrimalMesh->cellToCells[it_cell][kk] = cellList[kk];
+                    }
+
+                    myPrimalMesh->cellToCellsNumbers[it_cell] = cellNumbers;
+
+                }
+
+            }
+
+    for(connectivity_int k=0;k<myPrimalMesh->cellNumber;k++)
+    {
+        debug_print( "%-40s : %ld (%ld) ( ","myPrimalMesh->cellToCells", k, myPrimalMesh->cellToCellsNumbers[k]);
+
+        for(connectivity_int ii=0;ii<myPrimalMesh->cellToCellsNumbers[k];ii++)
+        {
+            debug_print( "%ld " , myPrimalMesh->cellToCells[k][ii]);
+        }
+        debug_print(")\n");
+    }
+
+
+    for(connectivity_int k=0;k<myPrimalMesh->segmentNumber;k++)
+    {
+        debug_print( "%-40s : %ld ( ","myPrimalMesh->segmentToVertex", k);
+
+        for(connectivity_int ii=0;ii<SEGMENTVERTEX;ii++)
+        {
+            debug_print( "%ld " , myPrimalMesh->segmentToVertex[k][ii]);
+        }
+
+        debug_print(")\n");
+    }
+
+
+    free(toto);
+    free(cellList);
+    free(vertexList);
+
+    endFunction(__FUNCTION__, t);
+
+}
+
+*/
+
+void setHexahedreCellToCells(struct primalMesh * myPrimalMesh)
+{
+
+  clock_t t=startFunction(__FUNCTION__);
+  affiche("\n");
+
+  connectivity_int it_cell=0;
+
+  // vertex number on faces
+  connectivity_int cN1 =  myPrimalMesh->P*myPrimalMesh->N;
+
+  connectivity_int it_face=0;
+  //    connectivity_int it_segment=0;
+
+  //  allocMemoryForMatrixConnectivity(&(myPrimalMesh->segmentToVertex),myPrimalMesh->segmentNumber,SEGMENTVERTEX);
+  connectivity_int * vertexList= (connectivity_int *) malloc(SEGMENTVERTEX * sizeof(connectivity_int));
+
+  myPrimalMesh->cellToCells = (connectivity_int **) malloc( (myPrimalMesh->cellNumber) * sizeof(connectivity_int *));
+  myPrimalMesh->cellToCellsNumbers = (connectivity_int *) malloc( (myPrimalMesh->cellNumber) * sizeof(connectivity_int));
+
+  connectivity_int * cellList  = (connectivity_int * ) malloc(sizeof (connectivity_int)*1024*10);
+
+  for(connectivity_int i=0;i<myPrimalMesh->M;i++)
+    for(connectivity_int j=0;j<myPrimalMesh->N;j++)
+      for(connectivity_int k=0;k<myPrimalMesh->P;k++)
+        {
+          //it_surface = k + j*(myPrimalMesh->P+1) + i*(myPrimalMesh->P+1)*(myPrimalMesh->N+1);
+          it_cell     = k + j*myPrimalMesh->P + i*cN1; //cN1 = myPrimalMesh->P*myPrimalMesh->N;
+          it_face     = 0;
+
+          if(myPrimalMesh->cellToVertexNumber[it_cell] == HEXAHEDRON)
+            {
+
+              connectivity_int cellNumbers    = 0 ;
+              connectivity_int vertexSelect   = 0 ;
+
+              for (connectivity_short vertexi=0;vertexi<HEXAHEDRON;vertexi++)
+                {
+
+                  vertexSelect = myPrimalMesh->cellToVertex[it_cell][vertexi];
+
+                  for (connectivity_short celli=0;celli<myPrimalMesh->vertexToCellNumbers[vertexSelect];celli++)
+                    {
+
+                      if(
+                         findInList(cellList,cellNumbers, myPrimalMesh->vertexToCells[vertexSelect][celli])<0
+                         )
+                        {
+
+                          cellList[cellNumbers]=myPrimalMesh->vertexToCells[vertexSelect][celli];
+
+                          cellNumbers++;
+
+                        }
+                    }
+
+
+                  /*
+                        debug_print( "%-40s : Celli (%ld)   -> VERTEX (%7ld) -> CELL LIST ( ","cellList", it_cell, vertexSelect);
+
+                        for(connectivity_int ii=0;ii<cellNumbers;ii++)
+                        {
+                            debug_print("%ld ",cellList[ii]);
+                        }
+
+                        debug_print(")\n");
+*/
+
+                }                        //                        cellNumbers+=jj;
+
+              sortListConnectivity(cellList, cellNumbers);
+
+              myPrimalMesh->cellToCells[it_cell]=(connectivity_int *) malloc(sizeof (connectivity_int)*cellNumbers);
+
+              for(connectivity_int kk=0;kk<cellNumbers;kk++)
+                {
+                  myPrimalMesh->cellToCells[it_cell][kk] = cellList[kk];
+                }
+
+              myPrimalMesh->cellToCellsNumbers[it_cell] = cellNumbers;
+
+            }
+        }
+
+  for(connectivity_int k=0;k<myPrimalMesh->cellNumber;k++)
+    {
+      debug_print( "%-40s : %ld (%ld) ( ","myPrimalMesh->cellToCells", k, myPrimalMesh->cellToCellsNumbers[k]);
+
+      for(connectivity_int ii=0;ii<myPrimalMesh->cellToCellsNumbers[k];ii++)
+        {
+          debug_print( "%ld " , myPrimalMesh->cellToCells[k][ii]);
+        }
+      debug_print(")\n");
+    }
+
+
+  //  for(connectivity_int k=0;k<myPrimalMesh->segmentNumber;k++)
+  //    {
+  //      debug_print( "%-40s : %ld ( ","myPrimalMesh->segmentToVertex", k);
+
+  //      for(connectivity_int ii=0;ii<SEGMENTVERTEX;ii++)
+  //        {
+  //          debug_print( "%ld " , myPrimalMesh->segmentToVertex[k][ii]);
+  //        }
+
+  //      debug_print(")\n");
+  //    }
+
+  free(cellList);
+  free(vertexList);
+
+  endFunction(__FUNCTION__, t);
+
+}
+
+
+
+
+void setHexahedrecellToFacesOwnerNeighbour(struct primalMesh * myPrimalMesh)
+{
+
+  clock_t t=startFunction(__FUNCTION__);
+  affiche("\n");
+
+  connectivity_int position;
+  connectivity_int selectedCell;
+  connectivity_int numberOfVertex;
+
+  connectivity_int * vertexList  = (connectivity_int * ) malloc(sizeof (connectivity_int)*1024*10);
+  connectivity_int * vertexListBase  = (connectivity_int * ) malloc(sizeof (connectivity_int)*1024);
+  connectivity_int * vertexListInverted  = (connectivity_int * ) malloc(sizeof (connectivity_int)*1024);
+  connectivity_int * vertexListInvertedTwo  = (connectivity_int * ) malloc(sizeof (connectivity_int)*1024);
+
+  connectivity_int * cellTest  = (connectivity_int * ) malloc(sizeof (connectivity_int)*myPrimalMesh->cellNumber);
+  memset(cellTest,0,sizeof (connectivity_int)*myPrimalMesh->cellNumber);
+
+  char ** cellFaceTest  = (char ** ) malloc(sizeof (char*)*myPrimalMesh->cellNumber);
+  for(connectivity_int celli=0;celli<myPrimalMesh->cellNumber;celli++)
+    {
+      cellFaceTest[celli]  = (char * ) malloc(sizeof (char)*HEXAHEDRON_FACES);
+      memset(cellFaceTest[celli],0,sizeof (char)*HEXAHEDRON_FACES);
+    }
+
+  myPrimalMesh->cellToFacesOwner  = (connectivity_int ** ) malloc(sizeof (connectivity_int*)*myPrimalMesh->cellNumber);
+  for (connectivity_int ii=0;ii<myPrimalMesh->cellNumber;ii++) {
+      myPrimalMesh->cellToFacesOwner[ii]  =  NULL;//(connectivity_int * ) malloc(sizeof (connectivity_int*)*0);
+    }
+
+  myPrimalMesh->cellToFacesNeighbour  = (connectivity_int ** ) malloc(sizeof (connectivity_int*)*myPrimalMesh->cellNumber);
+  for (connectivity_int ii=0;ii<myPrimalMesh->cellNumber;ii++) {
+      myPrimalMesh->cellToFacesNeighbour[ii]  = NULL;//(connectivity_int * ) malloc(sizeof (connectivity_int*)*0);
+    }
+
+  myPrimalMesh->cellToFacesOwnerNumber  = (connectivity_int * ) malloc(sizeof (connectivity_int)*myPrimalMesh->cellNumber);
+  memset(myPrimalMesh->cellToFacesOwnerNumber,0,myPrimalMesh->cellNumber*sizeof (connectivity_int) );
+
+  myPrimalMesh->cellToFacesNeighbourNumber  = (connectivity_int * ) malloc(sizeof (connectivity_int)*myPrimalMesh->cellNumber);
+  memset(myPrimalMesh->cellToFacesNeighbourNumber,0,myPrimalMesh->cellNumber*sizeof (connectivity_int) );
+
+
+  //    myPrimalMesh->cellToFacesNeighbour = realloc(myPrimalMesh->cellToFacesNeighbour,sizeof (connectivity_int*)*(myPrimalMesh->cellNumber));
+  //    myPrimalMesh->cellToFacesOwner = realloc(myPrimalMesh->cellToFacesOwner,sizeof (connectivity_int*)*(myPrimalMesh->cellNumber));
+
+  connectivity_int facesNeighbourCount = 0;
+  connectivity_int facesOwnerCount = 0;
+
+
+  for(connectivity_int cellAi=0;cellAi<myPrimalMesh->cellNumber;cellAi++)
+    {
+      if(cellAi % 1000 == 0 && cellAi != 0)
+        release_print( "%-40s :  (%ld)\n ","CELLS", cellAi);
+
+      for (connectivity_int faceAi=0;faceAi<HEXAHEDRON_FACES;faceAi++)
+        {
+
+          for (connectivity_int vertexAi=0;vertexAi<hexaedron_localNodeListNumbers[faceAi];vertexAi++)
+            {
+              vertexListInverted[vertexAi] = myPrimalMesh->cellToVertex[cellAi][ hexaedron_localNodeList[faceAi][hexaedron_localNodeListNumbers[faceAi] -1 - vertexAi] ];
+              vertexListBase[vertexAi] = myPrimalMesh->cellToVertex[cellAi][ hexaedron_localNodeList[faceAi][vertexAi] ];
+            }
+
+          position = findMinInList(vertexListInverted,hexaedron_localNodeListNumbers[faceAi]);
+          sortList(&vertexListInverted, hexaedron_localNodeListNumbers[faceAi], position);
+
+          position = findMinInList(vertexListBase,hexaedron_localNodeListNumbers[faceAi]);
+          sortList(&vertexListBase, hexaedron_localNodeListNumbers[faceAi], position);
+
+          //            if( cellTest[celli]==0)
+          {
+
+            for(connectivity_int cellBi=0;cellBi<myPrimalMesh->cellToCellsNumbers[cellAi];cellBi++)
+              {
+
+                selectedCell    = myPrimalMesh->cellToCells[cellAi][cellBi];
+                numberOfVertex  = myPrimalMesh->cellToVertexNumber[selectedCell];
+
+
+                for (connectivity_int faceBi=0;faceBi<HEXAHEDRON_FACES;faceBi++)
+                  {
+
+                    for (connectivity_int vertexBi=0;vertexBi<hexaedron_localNodeListNumbers[faceBi];vertexBi++)
+                      {
+                        vertexList[vertexBi] = myPrimalMesh->cellToVertex[selectedCell][ hexaedron_localNodeList[faceBi][vertexBi] ];
+                      }
+
+                    position = findMinInList(vertexList,hexaedron_localNodeListNumbers[faceBi]);
+                    sortList(&vertexList, hexaedron_localNodeListNumbers[faceBi], position);
+
+                    if(memcmp(vertexListBase,vertexList,hexaedron_localNodeListNumbers[faceBi]*sizeof (connectivity_int)) == 0)
+                      {
+
+                        if(cellFaceTest[selectedCell][faceBi]==0)
+                          {
+                            cellFaceTest[selectedCell][faceBi]=1;
+
+                            facesOwnerCount = (connectivity_int) myPrimalMesh->cellToFacesOwnerNumber[selectedCell];
+
+                            myPrimalMesh->faces = (connectivity_int**) realloc(myPrimalMesh->faces,sizeof (connectivity_int*)*(myPrimalMesh->faceNumber+1));
+                            myPrimalMesh->faces[myPrimalMesh->faceNumber] =(connectivity_int*)  malloc(hexaedron_localNodeListNumbers[faceBi]*sizeof (connectivity_int) );
+
+                            memcpy( myPrimalMesh->faces[myPrimalMesh->faceNumber], vertexList,hexaedron_localNodeListNumbers[faceBi]*sizeof (connectivity_int) );
+
+                            myPrimalMesh->cellToFacesOwner[selectedCell] = (connectivity_int *) realloc(myPrimalMesh->cellToFacesOwner[selectedCell], (facesOwnerCount+1)*sizeof (connectivity_int) );
+
+                            myPrimalMesh->cellToFacesOwner[selectedCell][facesOwnerCount] = myPrimalMesh->faceNumber;
+                            myPrimalMesh->cellToFacesOwnerNumber[selectedCell]++;
+
+                            myPrimalMesh->faceNumber++;
+
+                          }
+                      }
+                    else
+                      {
+                        if(memcmp(vertexListInverted,vertexList,hexaedron_localNodeListNumbers[faceBi]*sizeof (connectivity_int)) == 0)
+                          {
+                            if(cellFaceTest[selectedCell][faceBi]==0)
+                              {
+                                cellFaceTest[selectedCell][faceBi]=-1;
+
+                                facesNeighbourCount = (connectivity_int) myPrimalMesh->cellToFacesNeighbourNumber[selectedCell];
+
+                                //                                    debug_print("%ld\n",facesNeighbourCount);
+
+                                if(myPrimalMesh->cellToFacesNeighbour[selectedCell]==NULL)
+                                  myPrimalMesh->cellToFacesNeighbour[selectedCell] = (connectivity_int*) malloc((facesNeighbourCount+1)*sizeof (connectivity_int) );
+                                else
+                                  myPrimalMesh->cellToFacesNeighbour[selectedCell] = (connectivity_int*) realloc(myPrimalMesh->cellToFacesNeighbour[selectedCell], ((facesNeighbourCount+1)) *sizeof (connectivity_int) );
+
+                                connectivity_short testFaceCi = 0;
+
+                                //                                for( connectivity_int faceCi= 0; (faceCi<myPrimalMesh->faceNumber) && (testFaceCi == 0) ; faceCi++ )
+                                for( long faceCi= (long) myPrimalMesh->faceNumber-1; (faceCi>=0) && (testFaceCi == 0) ; faceCi-- )
+                                  {
+
+                                    if(memcmp(vertexListBase,myPrimalMesh->faces[faceCi],QUAD*sizeof (connectivity_int))==0)
+                                      {
+                                        testFaceCi = 1;
+                                        myPrimalMesh->cellToFacesNeighbour[selectedCell][facesNeighbourCount]=faceCi;
+                                        myPrimalMesh->cellToFacesNeighbourNumber[selectedCell]++;
+                                      }
+                                  }
+
+                              }
+                          }
+                      }
+                  }
+
+              }
+          }
+
+
+
+
+
+
+        }
+    }
+
+  free(vertexList);
+  free(vertexListBase);
+  free(vertexListInverted);
+  free(cellTest);
+  free(vertexListInvertedTwo);
+
+  for(connectivity_int celli=0;celli<myPrimalMesh->cellNumber;celli++)
+    free(cellFaceTest[celli]);
+  free(cellFaceTest);
+
+
+  for(connectivity_int k=0;k<myPrimalMesh->faceNumber;k++)
+    {
+      debug_print( "%-40s : %ld ( ","myPrimalMesh->faces", k);
+
+      for(connectivity_int ii=0;ii<QUAD;ii++)
+        {
+          debug_print( "%ld " , myPrimalMesh->faces[k][ii]);
+        }
+      debug_print(")\n");
+    }
+
+
+  for(connectivity_int celli=0;celli<myPrimalMesh->cellNumber;celli++)
+    {
+      debug_print( "%-40s : %ld ( ","myPrimalMesh->cellToFacesOwner", celli);
+
+      for(connectivity_int faceAi=0;faceAi<myPrimalMesh->cellToFacesOwnerNumber[celli];faceAi++)
+        {
+          debug_print( "%ld " , myPrimalMesh->cellToFacesOwner[celli][faceAi]);
+        }
+      debug_print(")\n");
+    }
+
+
+  for(connectivity_int k=0;k<myPrimalMesh->cellNumber;k++)
+    {
+      debug_print( "%-40s : %ld ( ","myPrimalMesh->cellToFacesNeighbour", k);
+
+      for(connectivity_int ii=0;ii<myPrimalMesh->cellToFacesNeighbourNumber[k];ii++)
+        {
+          debug_print( "%ld " , myPrimalMesh->cellToFacesNeighbour[k][ii] );
+        }
+      debug_print(")\n");
+    }
+
+
+  endFunction(__FUNCTION__, t);
+
+}
+
+
+void setHexahedreSegments(struct primalMesh * myPrimalMesh)
+{
+
+  clock_t t=startFunction(__FUNCTION__);
+  affiche("\n");
+  affiche("REFAIRE CETTE FONCTION EN UTILISANT CELLTOFACE PUIS REDUIRE LA RECHERCHE DANS SEGMENTS EN INTRODUISANT PAR EXEMPLE CELLTOSEGMENTS\n");
+
+  connectivity_int * vertexList         = (connectivity_int * ) malloc(sizeof (connectivity_int)*SEGMENTVERTEX);
+  connectivity_int * vertexListInverted = (connectivity_int * ) malloc(sizeof (connectivity_int)*SEGMENTVERTEX);
+  connectivity_int * copyFace           = (connectivity_int * ) malloc(sizeof (connectivity_int)*(QUAD+1));
+
+  connectivity_int testSegment = 0;
+
+  myPrimalMesh->segments  = (connectivity_int ** ) realloc(myPrimalMesh->segments, sizeof (connectivity_int*)*(myPrimalMesh->cellNumber*6));
+  for (connectivity_int segmentAi=0;segmentAi<(myPrimalMesh->cellNumber*6);segmentAi++)
+    myPrimalMesh->segments[segmentAi]  = (connectivity_int * ) malloc(sizeof (connectivity_int)*SEGMENTVERTEX);
+
+  for (connectivity_int faceAi=0;faceAi<myPrimalMesh->faceNumber;faceAi++)
+    //  for (long faceAi=(long)(myPrimalMesh->faceNumber-1);faceAi>=0;faceAi--)
+    {
+
+      if(faceAi % 1000 == 0 && faceAi != 0)
+        release_print( "%-40s :  (%ld)\n ","FACE", faceAi);
+
+
+      memcpy(copyFace,myPrimalMesh->faces[faceAi],sizeof (connectivity_int)*(QUAD));
+      copyFace[QUAD] = copyFace[0];
+
+      for (connectivity_int vertexAi=0;vertexAi<QUAD;vertexAi++)
+        {
+
+          vertexList[0] = copyFace[vertexAi];
+          vertexList[1] = copyFace[(vertexAi+1) % QUAD];
+
+          vertexListInverted[0] = vertexList[1];
+          vertexListInverted[1] = vertexList[0];
+
+          testSegment = 0;
+
+          for (connectivity_int segmentAi=0;segmentAi<myPrimalMesh->segmentNumber  && testSegment == 0;segmentAi++)
+            //          for ( long segmentAi=(long)(myPrimalMesh->segmentNumber-1);(segmentAi>=0)  && (testSegment == 0);segmentAi--)
+            {
+
+              //char * toto = (char*) vertexList;
+              //char * titi = (char*) (myPrimalMesh->segments[segmentAi]);
+              //char * tata = (char*) vertexListInverted;
+              //int count = (int) sizeof(connectivity_int)*(SEGMENTVERTEX)-1;
+
+              //              if( memcmp(vertexList,(myPrimalMesh->segments[segmentAi]), sizeof(char)) == 0 )
+              //              if( memcmp( &(toto[count]), &(titi[count]), sizeof(char)) == 0 )
+              //              if( memcmp( &(vertexList[0]), &((myPrimalMesh->segments[segmentAi][0])), sizeof(connectivity_int)) == 0 )
+              if( vertexList[0] == myPrimalMesh->segments[segmentAi][0])
+                {
+                  if( vertexList[1] == myPrimalMesh->segments[segmentAi][1])
+                    //                  if( memcmp(vertexList,(myPrimalMesh->segments[segmentAi]), sizeof(connectivity_int)*SEGMENTVERTEX) == 0 )
+                    {
+                      testSegment = 1;
+                    }
+                }
+              else
+                //                  if( memcmp(vertexListInverted,(myPrimalMesh->segments[segmentAi]), sizeof(char)) == 0 )
+                //                if( memcmp( &(tata[count]), &(titi[count]), sizeof(char)) == 0 )
+                //                if( memcmp( &(vertexListInverted[0]), &((myPrimalMesh->segments[segmentAi][0])), sizeof(connectivity_int)) == 0 )
+                if( vertexListInverted[0] == myPrimalMesh->segments[segmentAi][0])
+                  {
+                    if( vertexListInverted[1] == myPrimalMesh->segments[segmentAi][1])
+
+                      //                    if( memcmp(vertexListInverted,(myPrimalMesh->segments[segmentAi]), sizeof(connectivity_int)*SEGMENTVERTEX) == 0 )
+                      {
+                        testSegment = 2;
+                      }
+                  }
+            }
+
+          if(testSegment == 0)
+            {
+              if(myPrimalMesh->cellNumber*6<=myPrimalMesh->segmentNumber)
+                {
+                  myPrimalMesh->segments  = (connectivity_int ** ) realloc(myPrimalMesh->segments, sizeof (connectivity_int*)*(myPrimalMesh->segmentNumber+1));
+                  myPrimalMesh->segments[myPrimalMesh->segmentNumber]  = (connectivity_int * ) malloc(sizeof (connectivity_int)*SEGMENTVERTEX);
+                }
+              memcpy(myPrimalMesh->segments[myPrimalMesh->segmentNumber], vertexList, sizeof(connectivity_int)*SEGMENTVERTEX);
+
+              myPrimalMesh->segmentNumber++;
+            }
+
+
+
+
+        }
+    }
+
+  for(connectivity_int segmentAi=0;segmentAi<myPrimalMesh->segmentNumber;segmentAi++)
+    {
+      debug_print( "%-40s : %ld ( ","myPrimalMesh->segments", segmentAi);
+
+      for(connectivity_int vertexAi=0;vertexAi<SEGMENTVERTEX;vertexAi++)
+        {
+          debug_print( "%ld " , myPrimalMesh->segments[segmentAi][vertexAi] );
+        }
+      debug_print(")\n");
+    }
+
+  free(copyFace);
+  free(vertexList);
+  free(vertexListInverted);
+
+
+  endFunction(__FUNCTION__, t);
+
+}
+
+
+
+
+void setHexahedreVertexToSegments(struct primalMesh * myPrimalMesh)
+{
+
+  clock_t t=startFunction(__FUNCTION__);
+  affiche("\n");
+
+  connectivity_int * vertexList         = (connectivity_int * ) malloc(sizeof (connectivity_int)*SEGMENTVERTEX);
+  connectivity_int * vertexListInverted = (connectivity_int * ) malloc(sizeof (connectivity_int)*SEGMENTVERTEX);
+  connectivity_int * copyFace           = (connectivity_int * ) malloc(sizeof (connectivity_int)*(QUAD+1));
+
+  //connectivity_int testSegment = 0;
+
+  myPrimalMesh->vertexToSegmentOwner  = (connectivity_int ** ) malloc(sizeof (connectivity_int*)*myPrimalMesh->vertexNumber);
+  for (connectivity_int ii=0;ii<myPrimalMesh->vertexNumber;ii++) {
+      myPrimalMesh->vertexToSegmentOwner[ii]  =  NULL;//(connectivity_int * ) malloc(sizeof (connectivity_int*)*0);
+    }
+
+  myPrimalMesh->vertexToSegmentOwnerNumber  = (connectivity_int * ) malloc(sizeof (connectivity_int)*myPrimalMesh->vertexNumber);
+  memset(myPrimalMesh->vertexToSegmentOwnerNumber, 0, myPrimalMesh->vertexNumber*sizeof(connectivity_int));
+
+  myPrimalMesh->vertexToSegmentNeighbour  = (connectivity_int ** ) malloc(sizeof (connectivity_int*)*myPrimalMesh->vertexNumber);
+  for (connectivity_int ii=0;ii<myPrimalMesh->vertexNumber;ii++) {
+      myPrimalMesh->vertexToSegmentNeighbour[ii]  =  NULL;//(connectivity_int * ) malloc(sizeof (connectivity_int*)*0);
+    }
+
+  myPrimalMesh->vertexToSegmentNeighbourNumber  = (connectivity_int * ) malloc(sizeof (connectivity_int)*myPrimalMesh->vertexNumber);
+  memset(myPrimalMesh->vertexToSegmentNeighbourNumber, 0, myPrimalMesh->vertexNumber*sizeof(connectivity_int));
+
+
+  connectivity_int pointOwner = 0;
+  connectivity_int pointNeighbour = 0;
+
+  for (connectivity_int segmentAi=0;segmentAi<myPrimalMesh->segmentNumber;segmentAi++)
+    {
+      if(segmentAi % 1000 == 0 && segmentAi!=0)
+        release_print( "%-40s :  (%ld)\n ","SEGMENTS", segmentAi);
+
+      pointOwner = myPrimalMesh->segments[segmentAi][1];
+
+      myPrimalMesh->vertexToSegmentOwner[pointOwner] = (connectivity_int *) realloc(myPrimalMesh->vertexToSegmentOwner[pointOwner],(myPrimalMesh->vertexToSegmentOwnerNumber[pointOwner]+1)*sizeof (connectivity_int));
+      myPrimalMesh->vertexToSegmentOwner[pointOwner][myPrimalMesh->vertexToSegmentOwnerNumber[pointOwner]] = segmentAi;
+      myPrimalMesh->vertexToSegmentOwnerNumber[pointOwner]++;
+
+      pointNeighbour = myPrimalMesh->segments[segmentAi][0];
+
+      myPrimalMesh->vertexToSegmentNeighbour[pointNeighbour] = (connectivity_int *) realloc(myPrimalMesh->vertexToSegmentNeighbour[pointNeighbour],(myPrimalMesh->vertexToSegmentNeighbourNumber[pointNeighbour]+1)*sizeof (connectivity_int));
+      myPrimalMesh->vertexToSegmentNeighbour[pointNeighbour][myPrimalMesh->vertexToSegmentNeighbourNumber[pointNeighbour]] = segmentAi;
+      myPrimalMesh->vertexToSegmentNeighbourNumber[pointNeighbour]++;
+
+    }
+
+  for(connectivity_int vertexAi=0;vertexAi<myPrimalMesh->vertexNumber;vertexAi++)
+    {
+
+      debug_print( "%-40s : %ld ( ","myPrimalMesh->vertexToSegmentOwner", vertexAi);
+
+      for(connectivity_int segmentAi=0;segmentAi<myPrimalMesh->vertexToSegmentOwnerNumber[vertexAi];segmentAi++)
+        {
+          debug_print( "%ld " , myPrimalMesh->vertexToSegmentOwner[vertexAi][segmentAi] );
+        }
+
+      debug_print(")\n");
+
+    }
+
+  for(connectivity_int vertexAi=0;vertexAi<myPrimalMesh->vertexNumber;vertexAi++)
+    {
+
+      debug_print( "%-40s : %ld ( ","myPrimalMesh->vertexToSegmentNeighbour", vertexAi);
+
+      for(connectivity_int segmentAi=0;segmentAi<myPrimalMesh->vertexToSegmentNeighbourNumber[vertexAi];segmentAi++)
+        {
+          debug_print( "%ld " , myPrimalMesh->vertexToSegmentNeighbour[vertexAi][segmentAi] );
+        }
+
+      debug_print(")\n");
+
+    }
+
+
+  free(copyFace);
+  free(vertexList);
+  free(vertexListInverted);
+
+
+  endFunction(__FUNCTION__, t);
+
+}
+
+
+void setHexahedreSegmentToFaces(struct primalMesh * myPrimalMesh)
+{
+
+  clock_t t=startFunction(__FUNCTION__);
+  affiche("\n");
+
+  connectivity_int * vertexList         = (connectivity_int * ) malloc(sizeof (connectivity_int)*SEGMENTVERTEX);
+  connectivity_int * vertexListInverted = (connectivity_int * ) malloc(sizeof (connectivity_int)*SEGMENTVERTEX);
+  connectivity_int * copyFace           = (connectivity_int * ) malloc(sizeof (connectivity_int)*(QUAD+1));
+
+  //connectivity_int testSegment = 0;
+
+
+  myPrimalMesh->segmentToFaceOwner  = (connectivity_int ** ) malloc(sizeof (connectivity_int*)*myPrimalMesh->segmentNumber);
+  for (connectivity_int ii=0;ii<myPrimalMesh->segmentNumber;ii++) {
+      myPrimalMesh->segmentToFaceOwner[ii]  =  NULL;//(connectivity_int * ) malloc(sizeof (connectivity_int*)*0);
+    }
+
+  myPrimalMesh->segmentToFaceOwnerNumber  = (connectivity_int * ) malloc(sizeof (connectivity_int)*myPrimalMesh->segmentNumber);
+  memset(myPrimalMesh->segmentToFaceOwnerNumber, 0, myPrimalMesh->segmentNumber*sizeof(connectivity_int));
+
+
+  myPrimalMesh->segmentToFaceNeighbour  = (connectivity_int ** ) malloc(sizeof (connectivity_int*)*myPrimalMesh->segmentNumber);
+  for (connectivity_int ii=0;ii<myPrimalMesh->segmentNumber;ii++) {
+      myPrimalMesh->segmentToFaceNeighbour[ii]  =  NULL;//(connectivity_int * ) malloc(sizeof (connectivity_int*)*0);
+    }
+
+  myPrimalMesh->segmentToFaceNeighbourNumber  = (connectivity_int * ) malloc(sizeof (connectivity_int)*myPrimalMesh->segmentNumber);
+  memset(myPrimalMesh->segmentToFaceNeighbourNumber, 0, myPrimalMesh->segmentNumber*sizeof(connectivity_int));
+
+
+  for (connectivity_int faceAi=0;faceAi<myPrimalMesh->faceNumber;faceAi++)
+    {
+      if(faceAi % 1000 == 0 && faceAi!=0)
+        release_print( "%-40s :  (%ld)\n ","FACES", faceAi);
+
+      memcpy(copyFace,myPrimalMesh->faces[faceAi],sizeof (connectivity_int)*(QUAD));
+      copyFace[QUAD] = copyFace[0];
+
+      for (connectivity_int vertexAi=0;vertexAi<QUAD;vertexAi++)
+        {
+          connectivity_int testSegment=0;
+          for (connectivity_int segmentAi=0 ; segmentAi<myPrimalMesh->segmentNumber && testSegment==0 ;segmentAi++)
+            //            for (long segmentAi=(long) (myPrimalMesh->segmentNumber-1);segmentAi>=0 && testSegment==0;segmentAi--)
+            {
+
+              vertexListInverted[0]=myPrimalMesh->segments[segmentAi][1];
+              vertexListInverted[1]=myPrimalMesh->segments[segmentAi][0];
+
+              if(memcmp(&(copyFace[vertexAi]),(myPrimalMesh->segments[segmentAi]),sizeof (connectivity_int)*SEGMENTVERTEX)==0)
+                {
+
+                  myPrimalMesh->segmentToFaceOwner[segmentAi] = (connectivity_int *) realloc(myPrimalMesh->segmentToFaceOwner[segmentAi], (myPrimalMesh->segmentToFaceOwnerNumber[segmentAi]+1)*sizeof (connectivity_int));
+                  myPrimalMesh->segmentToFaceOwner[segmentAi][myPrimalMesh->segmentToFaceOwnerNumber[segmentAi]] = faceAi;
+                  myPrimalMesh->segmentToFaceOwnerNumber[segmentAi]++;
+                  testSegment=1;
+                }
+              else
+                if(memcmp(&(copyFace[vertexAi]),(vertexListInverted),sizeof (connectivity_int)*SEGMENTVERTEX)==0)
+                  {
+
+                    myPrimalMesh->segmentToFaceNeighbour[segmentAi] = (connectivity_int *) realloc(myPrimalMesh->segmentToFaceNeighbour[segmentAi], (myPrimalMesh->segmentToFaceNeighbourNumber[segmentAi]+1)*sizeof (connectivity_int));
+                    myPrimalMesh->segmentToFaceNeighbour[segmentAi][myPrimalMesh->segmentToFaceNeighbourNumber[segmentAi]] = faceAi;
+                    myPrimalMesh->segmentToFaceNeighbourNumber[segmentAi]++;
+                    testSegment=2;
+                  }
+            }
+        }
+    }
+
+
+
+
+
+
+  for(connectivity_int segmentAi=0;segmentAi<myPrimalMesh->segmentNumber;segmentAi++)
+    {
+
+      debug_print( "%-40s : %ld ( ","myPrimalMesh->segmentToFaceOwner", segmentAi);
+
+      for(connectivity_int faceAi=0;faceAi<myPrimalMesh->segmentToFaceOwnerNumber[segmentAi];faceAi++)
+        {
+          debug_print( "%ld " , myPrimalMesh->segmentToFaceOwner[segmentAi][faceAi] );
+        }
+
+      debug_print(")\n");
+
+    }
+
+
+
+
+
+
+  for(connectivity_int segmentAi=0;segmentAi<myPrimalMesh->segmentNumber;segmentAi++)
+    {
+
+      debug_print( "%-40s : %ld ( ","myPrimalMesh->segmentToFaceNeighbour", segmentAi);
+
+      for(connectivity_int faceAi=0;faceAi<myPrimalMesh->segmentToFaceNeighbourNumber[segmentAi];faceAi++)
+        {
+          debug_print( "%ld " , myPrimalMesh->segmentToFaceNeighbour[segmentAi][faceAi] );
+        }
+
+      debug_print(")\n");
+
+    }
+
+
+  free(copyFace);
+  free(vertexList);
+  free(vertexListInverted);
+
+
+  endFunction(__FUNCTION__, t);
+
+}
+
+
+void setHexahedreSortFaceToVertex(struct primalMesh * myPrimalMesh)
+{
+  //////////////////// TRIE LES NOEUDS
+
+  clock_t t=startFunction(__FUNCTION__);
+
+  //    connectivity_int actualPoint;
+  //    connectivity_int nextPoint;
+
+  // on trie les noeund dans les faces
+  for(connectivity_int k=0;k<myPrimalMesh->faceNumber;k++)
+    {
+      connectivity_int              position=0;
+
+
+      for(connectivity_int ii=1;ii<myPrimalMesh->faceToVertexNumber[k];ii++)
+        {
+          if(myPrimalMesh->faceToVertex[k][position]>myPrimalMesh->faceToVertex[k][ii])
+            {
+              position=ii;
+            }
+        }
+      //            debug_print("TROUVE     : %ld %ld \n",k,position);
+
+      for(connectivity_int ii=0;ii<position;ii++)
+        rotate(myPrimalMesh->faceToVertex[k], myPrimalMesh->faceToVertexNumber[k]);
+
+      //            position=0;
+      //            for(connectivity_int ii=1;ii<myPrimalMesh->faceToVertexNumber[k];ii++)
+      //            {
+      //                if(myPrimalMesh->faceToVertex[k][position]>myPrimalMesh->faceToVertex[k][ii])
+      //                {
+      //                    position=ii;
+      //                }
+      //            }
+      //            debug_print("TROUVE BIS : %ld %ld \n",k,position);
+
+    }
+
+
+
+
+  //        for(conctivity_int k=0;k<myPrimalMesh->faceNumber;k++)
+  //        {
+  //            conctivity_int it_surface=0;
+  //            int             bool=0;
+  //            do
+  //            {
+  //                for(conctivity_int ii=0;ii<myPrimalMesh->faceToVertexNumber[k];ii++)
+  //                {
+  //                    //     ((ii + 1) % myPrimalMesh->faceToVertexNumber[k]) ;
+
+  //                    if(myPrimalMesh->faceToVertex[k][ii] == myPrimalMesh->faceToVertex[it_surface][0])
+  //                    {
+  //                        bool = 1;
+  //                        debug_print("TROUVE : (%ld) myPrimalMesh->faceToVertex[%ld][%ld] = %ld\n", it_surface,k,ii,myPrimalMesh->faceToVertex[k][ii])
+  //                    }
+  //                }
+  //                it_surface++;
+  //            }
+  //            while( (it_surface<myPrimalMesh->faceNumber) && (bool == 0) );
+  //        }
+  endFunction(__FUNCTION__, t);
+
+}
+
+
+void setHexahedreAllocVertexToSegment(struct primalMesh * myPrimalMesh)
+{
+
+
+  clock_t t=startFunction(__FUNCTION__);
+
+
+
+  myPrimalMesh->vertexToSegments = (connectivity_int **) malloc(myPrimalMesh->vertexNumber * sizeof(connectivity_int*));
+  for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->vertexNumber; i++)
+    {
+      myPrimalMesh->vertexToSegments[i] = (connectivity_int *) malloc( myPrimalMesh->vertexToSegmentNumber[i] * sizeof(connectivity_int));
+      memset(myPrimalMesh->vertexToSegments[i], 0.0, QUAD*sizeof(connectivity_int));
+    }
+
+
+
+  for(connectivity_int i=0;i<myPrimalMesh->vertexNumber;i++)
+    {
+
+      debug_print("%-40s : %ld (%ld)\n",
+                  "myPrimalMesh->vertexToSegmentNumber",
+                  i,
+                  myPrimalMesh->vertexToSegmentNumber[i]
+                  );
+    }
+
+  endFunction(__FUNCTION__, t);
+}
+
+
+
+void setHexahedreFaceCentersAreas(struct primalMesh * myPrimalMesh)
+{
+
+  clock_t t=startFunction(__FUNCTION__);
+
+  connectivity_int actualPoint;
+  connectivity_int nextPoint;
+
+  dataType *fC;
+
+
+  fC =(dataType *) calloc(DIM3D, sizeof(dataType));
+
+  myPrimalMesh->faceCentres = (dataType **) malloc(myPrimalMesh->faceNumber * sizeof(dataType *));
+  for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->faceNumber; i++)
+    {
+      myPrimalMesh->faceCentres[i] = (dataType *) malloc(DIM3D * sizeof(dataType));
+      memset(myPrimalMesh->faceCentres[i], 0.0, DIM3D*sizeof(dataType));
+    }
+
+  myPrimalMesh->faceAreas = (dataType **) malloc(myPrimalMesh->faceNumber * sizeof(dataType*));
+  for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->faceNumber; i++)
+    {
+      myPrimalMesh->faceAreas[i] = (dataType *) malloc(DIM3D * sizeof(dataType));
+      memset(myPrimalMesh->faceAreas[i], 0.0, DIM3D*sizeof(dataType));
+    }
+
+
+  for(connectivity_int faceAi=0;faceAi<myPrimalMesh->faceNumber;faceAi++)
+    {
+
+      zeroVector(&fC);
+
+      for(connectivity_int vertexAi=0;vertexAi<QUAD;vertexAi++)
+        {
+          actualPoint = myPrimalMesh->faces[faceAi][vertexAi];
+
+          sumTwoVectors(&fC,fC,myPrimalMesh->vertex[actualPoint]);
+
+        }
+
+
+      scalarDivVector(&(myPrimalMesh->faceCentres[faceAi]), QUAD,fC);
+
+      debug_print( "%-40s : %ld %d ( ","myPrimalMesh->faceCentres Estimated", faceAi, QUAD);
+
+      for(connectivity_int ii=0;ii<DIM3D;ii++)
+        {
+          debug_print( "%lf " , myPrimalMesh->faceCentres[faceAi][ii]);
+        }
+
+      debug_print(")\n");
+      if(QUAD==3) {
+
+          // Triangle
+          affiche("NON IMPLEMENTED ...");
+          exit(1);
+
+        }
+      else
+        { //https://github.com/OpenFOAM/OpenFOAM-dev/blob/master/src/OpenFOAM/meshes/primitiveMesh/primitiveMeshFaceCentresAndAreas.C
+          dataType *sumN;
+          dataType sumA       = ZEROSCALAR;
+          dataType *sumAc;
+
+          dataType *c;
+          dataType a          = ZEROSCALAR;
+          dataType * n       ;
+
+          dataType *result1;
+          dataType *result2;
+
+
+          result1 =(dataType *) calloc(DIM3D, sizeof(dataType));
+          sumN =(dataType *) calloc(DIM3D, sizeof(dataType));
+          sumAc =(dataType *) calloc(DIM3D, sizeof(dataType));
+          c =(dataType *) calloc(DIM3D, sizeof(dataType));
+          n =(dataType *) calloc(DIM3D, sizeof(dataType));
+          result2 =(dataType *) calloc(DIM3D, sizeof(dataType));
+
+
+
+          for(connectivity_int vertexAi=0;vertexAi<QUAD;vertexAi++) {
+
+              actualPoint = myPrimalMesh->faces[faceAi][vertexAi];
+              nextPoint = myPrimalMesh->faces[faceAi][(vertexAi + 1) % QUAD];
+
+              sumThreeVectors(&c, (myPrimalMesh->vertex[actualPoint]), (myPrimalMesh->vertex[nextPoint]), (myPrimalMesh->faceCentres[faceAi]) );
+
+              subTwoVectors(&result1, (myPrimalMesh->vertex[nextPoint]), (myPrimalMesh->vertex[actualPoint]));
+              subTwoVectors(&result2, (myPrimalMesh->faceCentres[faceAi]), (myPrimalMesh->vertex[actualPoint]));
+
+              crossProduct(&n, result1, result2);
+              mag(&(a), n);
+
+              sumTwoVectors(&sumN, sumN, n);
+
+              sumA+=a;
+              scalarDotVector(&result1, a, c);
+              sumTwoVectors(&sumAc, sumAc, result1);
+            }
+
+          if (sumA < SMALL)
+            {
+              zeroVector( &(myPrimalMesh->faceAreas[faceAi]) );
+            }
+          else
+            {
+              scalarDotVector(&(myPrimalMesh->faceCentres[faceAi]), 1.0/(3.0*sumA), sumAc); //correct faceCentres after estimating them
+              scalarDotVector(&(myPrimalMesh->faceAreas[faceAi]), 0.5, sumN);
+            }
+          debug_print( "%-40s : %ld %d ( ","myPrimalMesh->faceCentres", faceAi, QUAD);
+
+          for(connectivity_int ii=0;ii<DIM3D;ii++)
+            {
+              debug_print( "%lf " , myPrimalMesh->faceCentres[faceAi][ii]);
+            }
+
+          debug_print(")\n");
+
+          debug_print( "%-40s : %ld ( ","myPrimalMesh->faceAreas", faceAi);
+
+          for(connectivity_int ii=0;ii<DIM3D;ii++)
+            {
+              debug_print( "%lf " , myPrimalMesh->faceAreas[faceAi][ii]);
+            }
+
+          debug_print(")\n");
+
+          free(sumN);
+          free(sumAc);
+          free(c);
+          free(n)       ;
+          free(result1);
+          free(result2);
+
+        }
+
+    }
+
+  free(fC);
+  endFunction(__FUNCTION__, t);
+
+}
+
+
+void setHexahedreEstimateVolumeCentroid(struct primalMesh * myPrimalMesh)
+{
+
+  clock_t t=startFunction(__FUNCTION__);
+
+
+  dataType *result;
+
+  // vertex number on faces
+
+  connectivity_int it_faceOwner,it_faceNeighbour;
+
+  result =(dataType *) calloc(DIM3D, sizeof(dataType));
+
+  myPrimalMesh->volumeCentroid = (dataType **) malloc(myPrimalMesh->cellNumber * sizeof(dataType*));
+  for(connectivity_int i=0; i<myPrimalMesh->cellNumber; i++)
+    {
+      myPrimalMesh->volumeCentroid[i] = (dataType *) malloc(DIM3D * sizeof(dataType));
+      memset(myPrimalMesh->volumeCentroid[i], 0.0, DIM3D*sizeof(dataType));
+    }
+
+  //    myPrimalMesh->cellToFacesNumber = (connectivity_short*) malloc(myPrimalMesh->cellNumber * sizeof(connectivity_short));
+
+
+  myPrimalMesh->volume  = (dataType *) malloc(myPrimalMesh->cellNumber * sizeof(dataType));
+  memset(myPrimalMesh->volume, 0.0, myPrimalMesh->cellNumber*sizeof(dataType));
+
+
+  for(connectivity_int celli=0;celli<myPrimalMesh->cellNumber;celli++)
+    {
+
+      zeroVector(&result);
+
+      for (connectivity_int ii=0;ii<myPrimalMesh->cellToFacesOwnerNumber[celli];ii++)
+        {
+          it_faceOwner = myPrimalMesh->cellToFacesOwner[celli][ii];
+
+
+          sumTwoVectors(&result, result, (myPrimalMesh->faceCentres[it_faceOwner]) );
+
+        }
+
+      for (connectivity_int ii=0;ii<myPrimalMesh->cellToFacesNeighbourNumber[celli];ii++)
+        {
+          it_faceNeighbour = myPrimalMesh->cellToFacesNeighbour[celli][ii];
+
+          sumTwoVectors(&result, result, (myPrimalMesh->faceCentres[it_faceNeighbour]) );
+
+        }
+      scalarDivVector(&(myPrimalMesh->volumeCentroid[celli]) , myPrimalMesh->cellToFacesNeighbourNumber[celli]+myPrimalMesh->cellToFacesOwnerNumber[celli], result);
+
+    }
+
+  for(connectivity_int celli=0;celli<myPrimalMesh->cellNumber;celli++)
+    {
+
+
+      debug_print("%-40s : %ld (%lf %lf %lf)\n",
+                  "myPrimalMesh->volumeCentroid Estimated",
+                  celli,
+                  myPrimalMesh->volumeCentroid[celli][0],
+          myPrimalMesh->volumeCentroid[celli][1],
+          myPrimalMesh->volumeCentroid[celli][2]
+          );
+    }
+
+
+  free(result);
+  endFunction(__FUNCTION__, t);
+
+}
+
+
+void setHexahedreVolumeCentroid(struct primalMesh * myPrimalMesh)
+{
+  clock_t t=startFunction(__FUNCTION__);
+
+  connectivity_int  it_cell=0;
+  dataType        *cellCentroid;
+  dataType        pyr3Vol=0.0;
+  dataType        *result1;
+  dataType        *result2;
+  dataType        *result3;
+
+  result1 =(dataType *) calloc(DIM3D, sizeof(dataType));
+  result2 =(dataType *) calloc(DIM3D, sizeof(dataType));
+  result3 =(dataType *) calloc(DIM3D, sizeof(dataType));
+  cellCentroid  =(dataType *) calloc(DIM3D, sizeof(dataType));
+
+  // vertex number on faces
+  connectivity_int it_face;
+
+
+  for(connectivity_int celli=0;celli<myPrimalMesh->cellNumber;celli++)
+    {
+
+      equalVector(&cellCentroid, myPrimalMesh->volumeCentroid[celli]);
+
+      zeroVector(&(myPrimalMesh->volumeCentroid[celli]));
+
+      for (connectivity_int faceAi=0;faceAi<myPrimalMesh->cellToFacesOwnerNumber[celli];faceAi++)
+        {
+          it_face = myPrimalMesh->cellToFacesOwner[celli][faceAi];
+
+          subTwoVectors( &result1, myPrimalMesh->faceCentres[it_face], cellCentroid );
+
+          dotProduct(&pyr3Vol,myPrimalMesh->faceAreas[it_face], result1);
+
+          scalarDotVector(&result1, 3.0/4.0, myPrimalMesh->faceCentres[it_face]); //
+          scalarDotVector(&result2, 1.0/4.0, cellCentroid); //
+
+          sumTwoVectors(&result3,result1,result2);
+
+          scalarDotVector(&result1,pyr3Vol,result3);
+
+          sumTwoVectors(&(myPrimalMesh->volumeCentroid[celli]),myPrimalMesh->volumeCentroid[celli],result1);
+
+          (myPrimalMesh->volume[celli])+=pyr3Vol;
+
+        }
+
+      for (connectivity_int faceAi=0;faceAi<myPrimalMesh->cellToFacesNeighbourNumber[celli];faceAi++)
+        {
+          it_face = myPrimalMesh->cellToFacesNeighbour[celli][faceAi];
+
+          subTwoVectors( &result1, cellCentroid , myPrimalMesh->faceCentres[it_face]);
+
+          dotProduct(&pyr3Vol,myPrimalMesh->faceAreas[it_face], result1);
+
+          scalarDotVector(&result1, 3.0/4.0, myPrimalMesh->faceCentres[it_face]); //
+          scalarDotVector(&result2, 1.0/4.0, cellCentroid); //
+
+          sumTwoVectors(&result3,result1,result2);
+
+          scalarDotVector(&result1,pyr3Vol,result3);
+
+          sumTwoVectors(&(myPrimalMesh->volumeCentroid[celli]),myPrimalMesh->volumeCentroid[celli],result1);
+
+          (myPrimalMesh->volume[celli])+=pyr3Vol;
+
+        }
+
+
+
+      dataType fVol = fabs(myPrimalMesh->volume[celli]);
+      if (fVol > VSMALL)
+        {
+          scalarDivVector(&(myPrimalMesh->volumeCentroid[celli]),myPrimalMesh->volume[celli],myPrimalMesh->volumeCentroid[celli]);
+        }
+      else
+        {
+          equalVector(&(myPrimalMesh->volumeCentroid[celli]), cellCentroid);
+        }
+
+
+      myPrimalMesh->volume[celli] *= (1.0/3.0);
+
+      debug_print("%-40s : %ld (%lf) (%lf %lf %lf)\n",
+                  "myPrimalMesh->volumeCentroid",
+                  it_cell,
+                  myPrimalMesh->volume[celli],
+                  myPrimalMesh->volumeCentroid[celli][0],
+          myPrimalMesh->volumeCentroid[celli][1],
+          myPrimalMesh->volumeCentroid[celli][2]
+          );
+
+    }
+
+  free(result1);
+  free(result2);
+  free(result3);
+  free(cellCentroid);
+
+  endFunction(__FUNCTION__, t);
+
+}
+
+void writeVTK(struct primalMesh * myPrimalMesh, struct readWriteVTK * myReadWriteVTK)
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Ecriture dans un fichier VTK du PRIMAL
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+{
+
+  clock_t t=startFunction(__FUNCTION__);
+
+  myReadWriteVTK->dataName = "Ma Simulation TEST";
+
+  myReadWriteVTK->handle = fopen("test.vtk", "wt");
+
+  fprintf(myReadWriteVTK->handle, "# vtk DataFile Version 2.0\n");
+  fprintf(myReadWriteVTK->handle, "%s\n\n", myReadWriteVTK->dataName);
+
+  fprintf(myReadWriteVTK->handle, "ASCII\n");
+
+  fprintf(myReadWriteVTK->handle, "DATASET UNSTRUCTURED_GRID\n");
+
+  fprintf(myReadWriteVTK->handle, "POINTS %ld FLOAT\n",myPrimalMesh->vertexNumber);
+
+  for (connectivity_int i=0;i<myPrimalMesh->vertexNumber;i++)
+    {
+      fprintf(myReadWriteVTK->handle,"%f %f %f\n"
+              ,myPrimalMesh->vertex[i][0]
+          ,myPrimalMesh->vertex[i][1]
+          ,myPrimalMesh->vertex[i][2]
+          );
+    }
+
+  fprintf(myReadWriteVTK->handle, "\n");
+
+  connectivity_int count = 0;
+  for (connectivity_int i=0;i<myPrimalMesh->cellNumber;i++)
+    count +=(myPrimalMesh->cellToVertexNumber[i]+1); // +1 = column of line count
+
+  fprintf(myReadWriteVTK->handle, "CELLS %ld %ld\n",myPrimalMesh->cellNumber, count);
+
+  for (connectivity_int i=0;i<myPrimalMesh->cellNumber;i++)
+    {
+
+      fprintf(myReadWriteVTK->handle,"%ld ",myPrimalMesh->cellToVertexNumber[i]);
+      for (connectivity_int j=0;j<myPrimalMesh->cellToVertexNumber[i];j++)
+        fprintf(myReadWriteVTK->handle,"%ld ",myPrimalMesh->cellToVertex[i][j]);
+      fprintf(myReadWriteVTK->handle,"\n");
+
+    }
+
+  fprintf(myReadWriteVTK->handle, "CELL_TYPES %ld\n",myPrimalMesh->cellNumber);
+  for (connectivity_int i=0;i<myPrimalMesh->cellNumber;i++)
+    {
+
+      if(myPrimalMesh->cellToVertexNumber[i]==HEXAHEDRON)
+        fprintf(myReadWriteVTK->handle,"%d\n",VTK_HEXAHEDRON);
+      else
+        fprintf(myReadWriteVTK->handle,"???\n");
+
+
+    }
+
+
+  fclose(myReadWriteVTK->handle);
+
+  endFunction(__FUNCTION__, t);
+
+}
+
+
+int main (void)
+{
+
+  // Primal Mesh
+  struct simulationData mySimulationData;
+
+  struct primalMesh myPrimalMesh;
+  struct readWriteVTK myReadWriteVTK;
+
+  myReadWriteVTK.mySimulationData = &mySimulationData;
+
+  mySimulationData.simulationName = "Ma simulation";
+
+  myPrimalMesh.L = 2; // cell number on X
+  myPrimalMesh.l = 2; // cell number on Y
+  myPrimalMesh.H = 2; // cell number on Z
+
+#ifdef DEBUG
+
+  myPrimalMesh.M = 2; // cell number on X
+  myPrimalMesh.N = 1; // cell number on Y
+  myPrimalMesh.P = 1; // cell number on Z
+
+#else
+
+  myPrimalMesh.M = 2; // cell number on X
+  myPrimalMesh.N = 2; // cell number on Y
+  myPrimalMesh.P = 20; // cell number on Z
+
+#endif
+  myPrimalMesh.vertex                 = NULL;
+  myPrimalMesh.cellToVertexNumber     = NULL;
+  myPrimalMesh.cellToVertex           = NULL;
+  myPrimalMesh.faceToVertex           = NULL;
+  myPrimalMesh.faceToVertexNumber     = NULL;
+  myPrimalMesh.faceCentres            = NULL;
+  myPrimalMesh.faceAreas              = NULL;
+  myPrimalMesh.cellToFaces            = NULL;
+  myPrimalMesh.volumeCentroid         = NULL;
+  myPrimalMesh.cellToFacesNumber      = NULL;
+  myPrimalMesh.volume                 = NULL;
+  myPrimalMesh.segmentToVertex        = NULL;
+  myPrimalMesh.faceToSegments         = NULL;
+  myPrimalMesh.vertexToSegmentNumber  = NULL;
+  myPrimalMesh.vertexToSegments       = NULL;
+  myPrimalMesh.cellToCells            = NULL;
+  myPrimalMesh.cellToCellsNumbers     = NULL;
+
+  // FACES
+  myPrimalMesh.faces                  = NULL;
+  myPrimalMesh.cellToFacesOwner       = NULL;
+  myPrimalMesh.cellToFacesNeighbour   = NULL;
+
+  //  SEGMENTS
+  myPrimalMesh.segments                       = NULL;
+  myPrimalMesh.vertexToSegmentOwner           = NULL;
+  myPrimalMesh.vertexToSegmentOwnerNumber     = NULL;
+  myPrimalMesh.vertexToSegmentNeighbour       = NULL;
+  myPrimalMesh.vertexToSegmentNeighbourNumber = NULL;
+
+  myPrimalMesh.segmentToFaceOwner            = NULL;
+  myPrimalMesh.segmentToFaceOwnerNumber      = NULL;
+  myPrimalMesh.segmentToFaceNeighbour        = NULL;
+  myPrimalMesh.segmentToFaceNeighbourNumber  = NULL;
+
+  // Rectangular mesh with an ...
+  myPrimalMesh.cellNumber   = myPrimalMesh.M * myPrimalMesh.N * myPrimalMesh.P;
+  myPrimalMesh.vertexNumber = (myPrimalMesh.M+1) * (myPrimalMesh.N+1) * (myPrimalMesh.P+1);
+  myPrimalMesh.faceNumber = 0;//HEXAHEDRON_FACES*myPrimalMesh.cellNumber;//(myPrimalMesh.M+1) * (myPrimalMesh.N+1) * (myPrimalMesh.P+1);
+  myPrimalMesh.segmentNumber = 0;//QUAD*myPrimalMesh.faceNumber;//HEXAHEDRON_SEGMENTS * myPrimalMesh.cellNumber;; //2*(myPrimalMesh.M+1) * (myPrimalMesh.N+1) * (myPrimalMesh.P+1);
+
+
+  // création de **vertex
+  setHexahedreVertex(&myPrimalMesh);
+
+  // nombre de vertex par cellules **cellToVertexNumber
+  setHexahedreCellToVertexNumber(&myPrimalMesh);
+
+  // création du lien cellules vers vertex **cellToVertex
+  setHexahedreCellToVertex(&myPrimalMesh);
+
+  // lien vertex vers cellules
+  setHexahedreVertexToCellNumbers(&myPrimalMesh);
+
+  setHexahedreVertexToCells(&myPrimalMesh);
+
+
+  // cell to cells
+  setHexahedreCellToCells(&myPrimalMesh);
+
+  setHexahedrecellToFacesOwnerNeighbour(&myPrimalMesh);
+
+  setHexahedreSegments(&myPrimalMesh);
+
+  setHexahedreVertexToSegments(&myPrimalMesh);
+
+  setHexahedreSegmentToFaces(&myPrimalMesh);
+
+  // centres
+  setHexahedreFaceCentersAreas(&myPrimalMesh);
+
+  setHexahedreEstimateVolumeCentroid(&myPrimalMesh);
+
+  setHexahedreVolumeCentroid(&myPrimalMesh);
+
+  fflush(stderr);
+  fflush(stdout);
+
+  affiche("%-40s : %ld\n","Cell number",myPrimalMesh.cellNumber);
+  affiche("%-40s : %ld\n","Vertex number",myPrimalMesh.vertexNumber);
+  affiche("%-40s : %ld\n","Surface number",myPrimalMesh.faceNumber);
+  affiche("%-40s : %ld\n","Segment number",myPrimalMesh.segmentNumber);
+
+  freeMemory(&myPrimalMesh);
+
+}
+
diff --git a/src/mmd.h b/src/mmd.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..8d35d56
--- /dev/null
+++ b/src/mmd.h
@@ -0,0 +1,180 @@
+#ifndef INIT_H
+#define INIT_H
+
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+
+#include <math.h>
+#include <quadmath.h>
+
+#include <malloc.h>
+#include <memory.h>
+
+#include <time.h>
+
+#include <vtkCellType.h>
+
+
+#define DIM3D 3
+
+
+//typedef __float128 dataType; // attention aux opérations
+typedef double dataType;
+typedef unsigned char connectivity_short;
+typedef unsigned long connectivity_int;
+typedef unsigned long count_int;
+
+static dataType SMALL   = 1.0E-16;
+static dataType VSMALL  = 1.0E-30;
+
+
+#define ZEROVECTOR  {0.0, 0.0, 0.0}
+#define ZEROSCALAR    0.0
+
+
+#define HEXAHEDRON 8
+#define HEXAHEDRON_FACES 6
+#define HEXAHEDRON_SEGMENTS 12
+#define QUAD 4
+#define SEGMENTVERTEX 2
+
+extern connectivity_int  hexaedron_localNodeList[HEXAHEDRON_FACES][QUAD];
+
+extern connectivity_int  hexaedron_localNodeListNumbers[HEXAHEDRON_FACES];
+
+extern connectivity_int  hexaedron_localSegmentList[HEXAHEDRON_SEGMENTS][SEGMENTVERTEX];
+
+extern connectivity_int  hexaedron_localSegmentsListNumbers[HEXAHEDRON_SEGMENTS];
+
+
+struct primalMesh {
+
+
+    // structrured Mesh
+    connectivity_int M; dataType L;
+    connectivity_int N; dataType l;
+    connectivity_int P; dataType H;
+
+    // Element Number
+    count_int vertexNumber;  // vertex number
+    count_int segmentNumber;  // segment number
+    count_int faceNumber; //surface number
+    count_int cellNumber;  // cell number
+
+    // Cells
+    connectivity_int            **         cellToCells; // done
+    connectivity_int            *          cellToCellsNumbers; // done
+
+
+    // Vertex
+    dataType                    **         vertex;
+    connectivity_int            **         cellToVertex; // done
+    connectivity_int            **         vertexToCells;
+    connectivity_int            *          vertexToCellNumbers;
+
+    connectivity_int            **         vertexToSegments; // done
+    connectivity_int          *          vertexToSegmentNumber; // done
+    connectivity_int          *          cellToVertexNumber; // done
+
+
+
+    // Segments
+    connectivity_int **     segmentToVertex;
+    connectivity_int **     faceToSegment;
+
+    connectivity_int **     segments;
+
+
+    // Surfaces
+    connectivity_int **     faces;
+    connectivity_int **     cellToFaces;
+    connectivity_int **     cellToFacesOwner;
+    connectivity_int **     cellToFacesNeighbour;
+    connectivity_int *      cellToFacesOwnerNumber;
+    connectivity_int *      cellToFacesNeighbourNumber;
+    connectivity_int **     vertexToFaces;
+    connectivity_int *      vertexToFacesNumber;
+    connectivity_int **     vertexToSegmentOwner;
+    connectivity_int *      vertexToSegmentOwnerNumber;
+    connectivity_int **     vertexToSegmentNeighbour;
+    connectivity_int *      vertexToSegmentNeighbourNumber;
+
+    connectivity_int **     segmentToFaceOwner;
+    connectivity_int *      segmentToFaceOwnerNumber;
+    connectivity_int **     segmentToFaceNeighbour;
+    connectivity_int *      segmentToFaceNeighbourNumber;
+
+
+    connectivity_int    *      cellToFacesNumber;
+    connectivity_int    *      faceToVertexNumber; // done
+    connectivity_int **     faceToVertex; // vertexToFaces -> facesTo
+    connectivity_int **     faceToSegments;
+    dataType       **       faceCentres;
+    dataType       **       faceAreas;
+
+
+    dataType       **   volumeCentroid;
+    dataType        *   volume;
+
+    // boundaries
+
+};
+
+struct simulationData {
+
+    char *     simulationName;
+    connectivity_int   iteration;
+    double     time;
+    int                dimension;
+};
+
+
+struct readWriteVTK {
+    char *     fileName;
+    FILE *     handle;
+    int                binary;
+    char *     dataName;
+
+    struct simulationData * mySimulationData;
+
+};
+
+
+#ifdef DEBUG
+#define DEBUG_TEST 1
+#else
+#define DEBUG_TEST 0
+#endif // DEBUG
+
+
+#define debug_print(...) \
+    do { if (DEBUG_TEST) fprintf(stderr, __VA_ARGS__); } while (0)
+
+#define release_print(...) \
+    do {  printf( __VA_ARGS__); } while (0)
+
+/*
+#define debug_print(...) \
+    { if (DEBUG_TEST) printf( __VA_ARGS__); }
+*/
+/*
+#define debug_print(fmt, ...) \
+        do { if (DEBUG) fprintf(stderr, "%s:%d:%s(): " fmt, __FILE__, \
+                                __LINE__, __func__, __VA_ARGS__); } while (0)
+*/
+
+#define ERROR_TEST(x) \
+{ \
+    do { \
+    if (!x) { \
+    fprintf(stderr, "Internal error ERROR_TEST: FILE %s at LINE %d in FUNCTION %s : " x "\n", __FILE__, __LINE__, __FUNCTION__); \
+    exit(1);\
+    } \
+    } while (0)
+
+#define affiche(...) \
+{ printf( __VA_ARGS__); }
+
+
+
+#endif // INIT_H
diff --git a/src/tensor.c b/src/tensor.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..8e0ff82
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,115 @@
+#include "tensor.h"
+#include <math.h>
+
+
+void sumTwoVectors(dataType  **result, dataType * V1, dataType * V2)
+{
+
+    (*result)[0] = V1[0]+V2[0];
+    (*result)[1] = V1[1]+V2[1];
+    (*result)[2] = V1[2]+V2[2];
+
+}
+
+void subTwoVectors(dataType  **result, dataType * V1, dataType * V2)
+{
+
+    (*result)[0] = V1[0]-V2[0];
+    (*result)[1] = V1[1]-V2[1];
+    (*result)[2] = V1[2]-V2[2];
+
+}
+
+void sumThreeVectors(dataType  **result, dataType * V1, dataType * V2, dataType * V3)
+{
+
+    (*result)[0] = V1[0]+V2[0]+V3[0];
+    (*result)[1] = V1[1]+V2[1]+V3[1];
+    (*result)[2] = V1[2]+V2[2]+V3[2];
+
+}
+
+
+void crossProduct(dataType  **result, dataType * V1, dataType * V2)
+{
+
+    (*result)[0] = V1[1]*V2[2]-V1[2]*V2[1];
+    (*result)[1] = V1[2]*V2[0]-V1[0]*V2[2];
+    (*result)[2] = V1[0]*V2[1]-V1[1]*V2[0];
+
+}
+
+void dotProduct(dataType  *result, dataType * V1, dataType * V2)
+{
+/*
+    long double test1 = ( (long double) V1[0]) *( (long double) V2[0]);
+    long double test2 = ( (long double) V1[1])*( (long double) V2[1]);
+    long double test3 = ( (long double) V1[2])*( (long double) V2[2]);
+
+    (*result) = ( (dataType) (test1 + test2 +test3));
+ */
+    (*result) = V1[0]*V2[0]+V1[1]*V2[1]+V1[2]*V2[2];
+
+
+}
+
+void mag(dataType  * result, dataType * V1)
+{
+
+    *result = sqrt(V1[0]*V1[0]+V1[1]*V1[1]+V1[2]*V1[2]);
+
+
+}
+
+
+void scalarDotVector(dataType  **result, dataType  s, dataType * V)
+{
+
+    (*result)[0] = s*V[0];
+    (*result)[1] = s*V[1];
+    (*result)[2] = s*V[2];
+
+}
+
+
+void scalarDivVector(dataType  **result, dataType  s, dataType * V)
+{
+
+    (*result)[0] =  V[0]/s;
+    (*result)[1] =  V[1]/s;
+    (*result)[2] =  V[2]/s;
+
+}
+
+void equalVector(dataType  **result, dataType * V1)
+{
+
+    (*result)[0] = V1[0];
+    (*result)[1] = V1[1];
+    (*result)[2] = V1[2];
+
+
+}
+
+void zeroVector(dataType  **result)
+{
+
+    (*result)[0] = 0.0;
+    (*result)[1] = 0.0;
+    (*result)[2] = 0.0;
+
+
+}
+
+
+void oneVector(dataType  **result)
+{
+
+    (*result)[0] = 1.0;
+    (*result)[1] = 1.0;
+    (*result)[2] = 1.0;
+
+
+}
+
+
diff --git a/src/tensor.h b/src/tensor.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..f612fc1
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,29 @@
+#ifndef TENSOR_H
+#define TENSOR_H
+
+#include "mmd.h"
+#include <math.h>
+
+
+void sumTwoVectors(dataType  **result, dataType * V1, dataType * V2);
+void subTwoVectors(dataType  **result, dataType * V1, dataType * V2);
+
+void sumThreeVectors(dataType  **result, dataType * V1, dataType * V2, dataType * V3);
+
+void crossProduct(dataType  **result, dataType * V1, dataType * V2);
+
+void dotProduct(dataType  *result, dataType * V1, dataType * V2);
+
+void mag(dataType  *result, dataType * V1);
+
+void scalarDotVector(dataType  **result, dataType  s, dataType * V);
+
+void scalarDivVector(dataType  **result, dataType  s, dataType * V);
+
+void equalVector(dataType  **result, dataType * V1);
+
+void zeroVector(dataType  **result);
+
+void oneVector(dataType  **result);
+
+#endif // TENSOR_H