En 2005, une collaboration a été initiée entre l'Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) et des organisations de paysans comme le Réseau Semences Paysannes (RSP). Le but était (1) d'étudier la gestion de la diversité cultivée à la ferme (2) de mettre en place un programme de sélection participative impliquant les paysans et les chercheurs, pour développer des variétés-populations adaptées à l'Agriculture Biologique (AB).
Dans ce projet, les chercheurs ont besoin de tracer l'histoire des lots de semences formant ainsi des réseaux. Les reproductions, sélections, croisements ou les diffusions de lots de semences produisent des données de phénotypage ou de pratiques culturales. Toutes ces informations ont besoin d'être centralisées et stockées.
Nous avons donc développé SHiNeMaS (Seeds History and Network Management System) une base de données et son interface web, dédiée à la gestion de l'histoire des lots de semences et aux données associées.

SHiNeMaS est un outil flexible et supporte de multiples espèces. Le schéma est centré sur le lot de semences. Plusieurs types de relations entre lot de semences sont gérés : multiplications, croisements, sélections intra-variétale, mélanges et diffusions. Pour chaque type d'événement, l'utilisateur peut définir des variables (caractères, pratiques culturales) qui sont mesurées selon une méthode définie. Les informations sur les stocks de lot de semences sont également pris en charge.
SHiNeMaS propose des interfaces pour charger massivement les données avec des fichiers au format tabulé ou bien ponctuellement via l'interface web. Un format de fichier a été définit pour chaque type d'événement et contient les informations minimum pour décrire cet événement. SHiNeMaS propose également des outils pour corriger les données déjà enregistrées.

Un outil a été développé dans SHiNeMaS offrant à l'utilisateur un assistant à la création des fichiers de chargement. SHiNeMaS propose également des interfaces de requêtes pour extraire les données. Les profiles de lots de semences et des variétés-population sont également accessibles.